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- PDB-3ipq: X-ray structure of GW3965 synthetic agonist bound to the LXR-alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ipq
タイトルX-ray structure of GW3965 synthetic agonist bound to the LXR-alpha
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1核内受容体コアクチベーター1
  • Oxysterols receptor LXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Nuclear receptor (核内受容体) / LXR homodimer / LXR signaling / Alternative splicing (選択的スプライシング) / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Polymorphism / Receptor / Transcription regulation / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) / Activator / Acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / Chromosomal rearrangement / Isopeptide bond / Phosphoprotein / Proto-oncogene (がん遺伝子) / Transferase (転移酵素) / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of secretion of lysosomal enzymes / sterol response element binding / negative regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / negative regulation of macrophage activation / sterol homeostasis / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway ...negative regulation of secretion of lysosomal enzymes / sterol response element binding / negative regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / negative regulation of macrophage activation / sterol homeostasis / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of lipoprotein lipase activity / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of transporter activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of lipid transport / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / triglyceride homeostasis / apoptotic cell clearance / positive regulation of female receptivity / negative regulation of cold-induced thermogenesis / cholesterol binding / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of lipid biosynthetic process / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / positive regulation of protein metabolic process / 授乳 / VLDLR internalisation and degradation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / cholesterol homeostasis / nuclear estrogen receptor binding / hippocampus development / nuclear receptor binding / negative regulation of proteolysis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / cerebral cortex development / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / cellular response to lipopolysaccharide / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / 細胞分化 / receptor complex / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / 核内受容体コアクチベーター1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator ...Liver X receptor / 核内受容体コアクチベーター1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-965 / Oxysterols receptor LXR-alpha / 核内受容体コアクチベーター1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fradera, X. / Vu, D. / Nimz, O. / Skene, R. / Hosfield, D. / Wijnands, R. / Cooke, A.J. / Haunso, A. / King, A. / Bennet, D.J. ...Fradera, X. / Vu, D. / Nimz, O. / Skene, R. / Hosfield, D. / Wijnands, R. / Cooke, A.J. / Haunso, A. / King, A. / Bennet, D.J. / McGuire, R. / Uitdehaag, J.C.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: X-ray structures of the LXRalpha LBD in its homodimeric form and implications for heterodimer signaling.
著者: Fradera, X. / Vu, D. / Nimz, O. / Skene, R. / Hosfield, D. / Wynands, R. / Cooke, A.J. / Haunso, A. / King, A. / Bennett, D.J. / McGuire, R. / Uitdehaag, J.C.
履歴
登録2009年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterols receptor LXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3514
ポリマ－35,6732
非ポリマー6782
水2,126118
1
A: Oxysterols receptor LXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子

A: Oxysterols receptor LXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7018
ポリマ－71,3454
非ポリマー1,3564
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-31.6 kcal/mol
Surface area21360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.593, 125.593, 92.405
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-802-

SO4

21A-11-

HOH

31A-27-

HOH

41A-64-

HOH

詳細BIOLOGICAL UNIT IS A DIMER

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要素

#1: タンパク質 Oxysterols receptor LXR-alpha / Liver X receptor alpha / Nuclear orphan receptor LXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 3


分子量: 32866.391 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain: UNP residues 182-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Syrrx, clone SECC-7959 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LXRA, NR1H3 / プラスミド: pSX29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10-T1r / 参照: UniProt: Q13133
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / 核内受容体コアクチベーター1 / NCoA-1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52


分子量: 2806.163 Da / 分子数: 1
断片: Steroid receptor co-activator 1: UNP residues 676-700
由来タイプ: 合成
詳細: SRC-1 peptide from MilliQ with the sequence based on UniProt entry Q15788 (NCOA1_HUMAN), residues 676-700.
参照: UniProt: Q15788, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
#3: 化合物 ChemComp-965 / [3-(3-{[2-chloro-3-(trifluoromethyl)benzyl](2,2-diphenylethyl)amino}propoxy)phenyl]acetic acid


分子量: 582.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H31ClF3NO3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM (NH4)2SO4, 40mM Tris-HCl pH 7.8, 60mM Imidazole pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月27日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→15.75 Å / Num. all: 25146 / Num. obs: 25146
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In-house LXR-alpha structure

解像度: 2→15.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.46 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23358 1279 5.1 %RANDOM
Rwork0.19912 ---
obs0.20085 23788 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.605 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1922 0 46 118 2086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.9892714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00933359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3845231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.78724.0499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40215358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6041515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.21425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1340.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2910.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.41.51535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2241.5461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50821907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5183944
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6914.5807
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 86 -
Rwork0.217 1711 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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