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- PDB-3ipj: The crystal structure of one domain of the PTS system, IIabc comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ipj
タイトルThe crystal structure of one domain of the PTS system, IIabc component from Clostridium difficile
要素PTS system, IIabc component
キーワードTRANSFERASE / PTS system / IIabc component / PSI / Structural genomics / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Cell membrane / Kinase / Membrane / Phosphotransferase system / Sugar transport / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-phosphocysteine-trehalose phosphotransferase system transporter activity / protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase / trehalose transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Glucose permease domain IIB / Phosphotransferase system, IIB component, type 1 / Phosphotransferase system, EIIC component, type 1 / Phosphotransferase system EIIB, cysteine phosphorylation site / Glucose permease domain IIB / phosphotransferase system, EIIB / PTS EIIB domains cysteine phosphorylation site signature. / PTS_EIIB type-1 domain profile. / PTS_EIIC type-1 domain profile. ...: / Glucose permease domain IIB / Phosphotransferase system, IIB component, type 1 / Phosphotransferase system, EIIC component, type 1 / Phosphotransferase system EIIB, cysteine phosphorylation site / Glucose permease domain IIB / phosphotransferase system, EIIB / PTS EIIB domains cysteine phosphorylation site signature. / PTS_EIIB type-1 domain profile. / PTS_EIIC type-1 domain profile. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIC / Phosphotransferase system, EIIC / Duplicated hybrid motif / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system, sucrose-specific IIABC component
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Zhang, R. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of one domain of the PTS system, IIabc component from Clostridium difficile
著者: Zhang, R. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS system, IIabc component
B: PTS system, IIabc component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7044
ポリマ－21,5732
非ポリマー1312
水4,630257
1
A: PTS system, IIabc component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7871
ポリマ－10,7871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PTS system, IIabc component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9173
ポリマ－10,7871
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.635, 34.734, 72.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PTS system, IIabc component


分子量: 10786.523 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 2-93 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD0469, GI:115249482 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q188R0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.005M Cobalt Chloride, 0.05M Nickel Chloride, 0.05M Cadmium Chloride, 0.05M Magnesium Chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.496
反射解像度: 1.2→37.635 Å / Num. all: 58676 / Num. obs: 52533 / % possible obs: 89.53 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 45.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
CNS精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→37.635 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.86 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1699 2791 5.31 %
Rwork0.1334 --
obs0.1352 52533 89.53 %
all-58676 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.696 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2501 Å2-0 Å20.9217 Å2
2--1.9165 Å20 Å2
3----2.1995 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→37.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1508 0 2 257 1767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0241510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9092008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.211580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.22070.2821590.27671264X-RAY DIFFRACTION98
1.2207-1.24290.2559620.24981501X-RAY DIFFRACTION98
1.2429-1.26690.2571810.23741732X-RAY DIFFRACTION98
1.2669-1.29270.24531130.22621956X-RAY DIFFRACTION98
1.2927-1.32080.24741200.21882321X-RAY DIFFRACTION98
1.3208-1.35150.20881500.20492573X-RAY DIFFRACTION98
1.3515-1.38530.21341540.19372725X-RAY DIFFRACTION98
1.3853-1.42280.19481390.18122677X-RAY DIFFRACTION98
1.4228-1.46470.20131370.18992695X-RAY DIFFRACTION98
1.4647-1.5120.18381400.17022749X-RAY DIFFRACTION98
1.512-1.5660.19631480.16292714X-RAY DIFFRACTION98
1.566-1.62870.18021570.15992714X-RAY DIFFRACTION98
1.6287-1.70280.18181350.16362746X-RAY DIFFRACTION98
1.7028-1.79260.18171550.15462748X-RAY DIFFRACTION98
1.7926-1.90490.19511490.14482768X-RAY DIFFRACTION98
1.9049-2.0520.18571420.13432801X-RAY DIFFRACTION98
2.052-2.25840.15151630.10932757X-RAY DIFFRACTION98
2.2584-2.58520.14531640.10642790X-RAY DIFFRACTION98
2.5852-3.25680.16681430.10132836X-RAY DIFFRACTION98
3.2568-37.65350.12121470.08792808X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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