PDB-3ipb: Human Transthyretin (TTR) complexed with a palindromic bivalent a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ipb

タイトル

Human Transthyretin (TTR) complexed with a palindromic bivalent amyloid inhibitor (11 carbon linker).

要素

Transthyretin

キーワード

HORMONE / Amyloid / Inhibitor / Palindrome / Amyloidosis / Disease mutation / Gamma-carboxyglutamic acid / Glycoprotein / Neuropathy / Secreted / Thyroid hormone / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kolstoe, S.E. / Wood, S.P. / Pepys, M.B.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Trapping of palindromic ligands within native transthyretin prevents amyloid formation.
著者: Kolstoe, S.E. / Mangione, P.P. / Bellotti, V. / Taylor, G.W. / Tennent, G.A. / Deroo, S. / Morrison, A.J. / Cobb, A.J. / Coyne, A. / McCammon, M.G. / Warner, T.D. / Mitchell, J. / Gill, R. / ...

履歴

登録	2009年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ipb.cif.gz	61.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ipb.ent.gz	47 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ipb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ipb_validation.pdf.gz	767.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ipb_full_validation.pdf.gz	776.6 KB	表示
XML形式データ	3ipb_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	3ipb_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/3ipb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/3ipb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ipeC 3m1oC 3ipg PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7acu-1 6xtk-1 1soq-3 5tzl-1 4y9e-1 4y9c-1 4qrf-1 3kgt-1 4pwh-1 1tz8-3 5cr1-1 1u21-1 6e6z-1 5u4b-1 6e77-1 4n85-1 3gs4-1 3djr-1 6gon-d 2g9k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (13) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (10) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (13)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (10)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.958, 84.681, 62.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-128- JZD
2	1	A-128- JZD
3	1	A-128- JZD
4	1	A-128- JZD
5	1	A-128- JZD
6	1	A-128- JZD
7	1	B-129- JZD
8	1	B-129- JZD
9	1	B-129- JZD
10	1	B-129- JZD
11	1	B-129- JZD
12	1	B-129- JZD

#1: タンパク質	Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-JZD / 2,2'-{undecane-1,11-diylbis[oxy(3,5-dichlorobenzene-4,1-diyl)imino]}dibenzoic acid 分子量: 748.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₃₈Cl₄N₂O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25- 32% v/v PEG550-monomethyl ether, 70 mM NaAc buffer pH 4-5 and 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→38 Å / Num. obs: 20908 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0090	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 6.884 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22909	954	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20094	-	-	-
obs	0.20245	17552	98.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.643 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1778	0	98	61	1937

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.232	2	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.025	3.007	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.355	5	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.531	23.803	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.824	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.859	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.482	1.5	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.487	1.5	448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.619	2	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.896	3	759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.207	4.5	745
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.947 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	51	-
R_work	0.264	1170	-
obs	-	-	89.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	16.8573	12.8312	10.5807	13.8274	9.4917	7.1586	-0.2227	0.6661	-0.0093	-0.3851	0.223	0.0281	-0.1971	0.3122	-0.0003	0.1143	-0.013	0.0289	0.0877	0.0126	0.0452	25.405	36.347	34.986
2	4.8898	3.1741	0.9745	7.1169	1.1067	1.056	0.191	-0.0374	-0.5186	0.1872	-0.1973	-0.197	0.0696	-0.1024	0.0064	0.0896	0.0155	-0.004	0.0814	-0.0333	0.0881	23.239	25.226	36.861
3	5.886	2.5784	-0.7013	9.5052	-1.1086	3.0774	-0.054	0.1633	-0.2286	-0.0376	0.0563	-0.0753	0.0476	0.0171	-0.0023	0.0832	0.0291	-0.0159	0.0839	-0.0524	0.0443	24.284	26.384	32.58
4	6.0993	2.4994	1.4345	2.3297	0.6701	2.0843	-0.0237	0.1826	-0.0584	-0.1261	-0.0071	0.0188	0.028	-0.105	0.0308	0.094	0.0246	0.0012	0.0496	-0.057	0.1187	16.761	24.631	32.98
5	3.8794	1.926	-3.9771	4.1023	-1.6403	7.0865	-0.0008	0.0259	-0.4874	0.0741	-0.0993	-0.4491	0.1099	0.1338	0.1001	0.0243	0.0078	-0.0279	0.0608	-0.001	0.1346	33.419	30.393	45.646
6	2.613	1.1676	1.3008	2.5415	0.9187	2.6168	-0.0597	0.1235	-0.0453	-0.2423	-0.0833	0.309	-0.0634	-0.1837	0.1431	0.0816	0.0128	-0.009	0.0816	-0.04	0.0965	16.063	33.334	38.562
7	15.4964	8.1027	-6.9119	15.4058	-0.9248	3.7337	-0.0723	-0.3287	-0.0734	0.5001	0.0432	-0.0637	0.1492	0.1803	0.0291	0.1191	0.0403	0.0056	0.1484	-0.0248	0.0376	16.828	36.931	59.218
8	3.4893	-2.9612	0.5593	10.7814	-0.6992	1.4566	0.143	-0.1214	-0.302	-0.2578	-0.1763	0.1731	0.1914	-0.0599	0.0333	0.0761	-0.0139	0.0271	0.0828	0.0092	0.0548	15.598	28.347	58.155
9	7.5226	-7.2338	-0.8323	19.1506	-0.3434	3.3155	0.0224	-0.1242	-0.3686	-0.4575	-0.0725	0.1387	0.2003	-0.0667	0.05	0.0695	-0.0327	-0.0023	0.0966	0.0369	0.0304	16.441	26.446	61.225
10	6.5929	-3.1976	1.5136	2.6542	-1.2805	1.942	0.0199	-0.2148	-0.1543	0.1408	-0.121	-0.0541	0.2543	0.1018	0.1011	0.1024	-0.0166	0.013	0.0643	0.0618	0.099	24.277	24.37	61.636
11	2.1697	0.1172	-2.2359	2.8001	0.6761	6.9357	-0.0288	-0.066	-0.1517	-0.1244	-0.0377	0.464	0.2112	-0.0548	0.0665	0.03	-0.0073	-0.045	0.0324	-0.0089	0.1318	8.151	32.194	48.658
12	3.5655	-1.2215	1.7108	3.2429	-1.4493	2.8481	-0.0572	-0.1883	-0.1077	0.297	-0.142	-0.2905	-0.0746	0.2713	0.1992	0.0546	-0.0189	-0.0033	0.1039	0.0388	0.0814	24.482	33.575	55.062

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	41 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	56 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	76 - 92
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	93 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	10 - 21
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	22 - 35
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	41 - 54
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	55 - 74
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	75 - 92
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	93 - 122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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