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- PDB-3ioq: Crystal structure of the Carica candamarcensis cysteine protease ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ioq
タイトルCrystal structure of the Carica candamarcensis cysteine protease CMS1MS2 in complex with E-64.
要素CMS1MS2
キーワードHYDROLASE / Caricaceae / cysteine protease / E-64 / papain family
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Papain-like cysteine endopeptidase / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Papain-like cysteine endopeptidase / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E64 / Cysteine proteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Carica candamarcensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Gomes, M.T.R. / Teixeira, R.D. / Salas, C.E. / Nagem, R.A.P.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Carica candamarcensis cysteine protease CMS1MS2 in complex with E-64
著者: Gomes, M.T.R. / Teixeira, R.D. / Salas, C.E. / Nagem, R.A.P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Purufication, crystallization and preliminary X-ray analysis of CMS1MS2: a cysteine proteinase from Carica candamarcensis latex
著者: Gomes, M.T.R. / Teixeira, R.D. / Ribeiro, H.A.L. / Turchetti, A.P. / Junqueira, C.F. / Lopes, M.T.P. / Salas, C.E. / Nagem, R.A.P.
履歴
登録2009年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMS1MS2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,77720
ポリマ－23,0271
非ポリマー1,75019
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.639, 73.639, 118.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

SO4

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要素

#1: タンパク質 CMS1MS2


分子量: 23027.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Isolated from Carica candamarcensis (Vasconcellea cundinamarcensis) latex
由来: (天然) Carica candamarcensis (植物) / 参照: UniProt: Q84XA1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE


分子量: 360.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N5O5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月7日
詳細: Vertical Collimating Mirror, DCM, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→62.6 Å / Num. all: 27792 / Num. obs: 27792 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 28.1 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 1.87→1.93 Å / 冗長度: 27.8 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 17 / Num. unique all: 2270 / Χ2: 0.998 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model predicted by SwissModel using the primary structure of CMS1MS2 and the structures of caricain (PDBID 1MEG), chymopapain (PDBID 1YAL) and papain (PDBID 1PPN)

1meg

1yal

1ppn


解像度: 1.87→62.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 1.909 / SU ML: 0.059 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 1395 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
all0.164 27739 --
obs0.164 27714 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.07 Å2 / Biso mean: 22.258 Å2 / Biso min: 10.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→62.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1689 0 110 216 2015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9882474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6375235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98522.89283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.41215286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5841519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21226
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2381.51120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45821745
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4883808
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6594.5718
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 92 -
Rwork0.191 1908 -
all-2000 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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