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万見
- PDB-3iom: Crystal structure of Purine Nucleoside Phosphorylase from Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iom
タイトルCrystal structure of Purine Nucleoside Phosphorylase from Mycobacterium tuberculosis in complex with 2'-Deoxyguanosine
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase / Mycobacterium tuberculosis / 2 -deoxyguanosine / Glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyguanosine catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative purine nucleotide phosphorylase / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXY-GUANOSINE / Purine nucleoside phosphorylase / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者de Azevedo Jr., W.F. / Basso, L.A. / Santos, D.S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystallographic and docking studies of purine nucleoside phosphorylase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Ducati, R.G. / Basso, L.A. / Santos, D.S. / de Azevedo, W.F.
履歴
登録2009年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
B: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9266
ポリマ－55,1992
非ポリマー7274
水3,765209
1
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8889
ポリマ－82,7983
非ポリマー1,0906
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
2
B: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

B: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

B: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8889
ポリマ－82,7983
非ポリマー1,0906
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.480, 113.480, 85.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細2

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要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase / PNP / Inosine phosphorylase


分子量: 27599.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis
遺伝子: deoD, MT3406, MTV016.06, punA, punA (deoD) (Rv3307) (MT3406) (MTV016.06), Rv3307
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A538, UniProt: P9WP01*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GNG / 2'-DEOXY-GUANOSINE / デオキシグアノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: The protein was cocrystallized with a 1:0.5:1 stoichiometry of 500 mM Na2SO4 (Merck) and 3 mM 2dGuo (Fluka Biochemika), respectively, by hanging-drop vapor diffusion at 18 C. MtPNP protein (1 ...詳細: The protein was cocrystallized with a 1:0.5:1 stoichiometry of 500 mM Na2SO4 (Merck) and 3 mM 2dGuo (Fluka Biochemika), respectively, by hanging-drop vapor diffusion at 18 C. MtPNP protein (1 L of 25 mg mL-1 in 50 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris) pH 7.6) had been previously mixed with an equal volume of the reservoir solution containing 100 mM Tris pH 8.0, 25% poly(ethylene glycol) (PEG) 3350, and 25 mM MgCl2 and hanging drops (3.5 L) were equilibrated against 400 L of the reservoir solution. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.428 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.428 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→28.69 Å / Num. all: 22411 / Num. obs: 22163 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.642 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 625 / Rsym value: 0.138 / % possible all: 81.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G2O

1g2o


解像度: 2.14→28.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24894 1134 5.1 %RANDOM
Rwork0.17545 ---
all0.1792 22163 --
obs0.1792 21023 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.181 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→28.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3792 0 48 209 4049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0213914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9761.9925362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2055522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.7522.74146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.84915556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8741534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.22228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.22684
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0231.52598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7824132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.90431316
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5634.51230
LS精密化 シェル解像度: 2.143→2.198 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 81 -
Rwork0.169 1406 -
obs--90.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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