PDB-3io0: Crystal structure of EtuB from Clostridium kluyveri

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3io0

タイトル

Crystal structure of EtuB from Clostridium kluyveri

要素

EtuB protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Tamdem repeat of bacterial microcompartment domain in a single polypeptide chain

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial microcompartment / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium kluyveri DSM 555 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Pickersgill, R.W. / Warren, M.J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Structure of a trimeric bacterial microcompartment shell protein, EtuB, associated with ethanol utilisation in Clostridium kluyveri.
著者: Heldt, D. / Frank, S. / Seyedarabi, A. / Ladakis, D. / Parsons, J.B. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W.

履歴

登録	2009年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3io0.cif.gz	52.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3io0.ent.gz	38.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3io0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3io0_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3io0_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	3io0_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	3io0_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/3io0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/3io0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fay-d 4i61-d 3gfh-2 6p4r-d 3e4q-d 5v75-2 1khu-1 4f3r-2 1u7v-d 3e4p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: EtuB protein

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EtuB protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.410, 173.410, 173.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

#1: タンパク質	EtuB protein / Predicted microcompartment protein 分子量: 23756.201 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 75-304 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium kluyveri DSM 555 (バクテリア) 株: ATCC8527, DSM555, NCIMB 10680 / 遺伝子: 1073 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) plysS / 参照: UniProt: A5N734
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

EtuB protein / Predicted microcompartment protein

分子量: 23756.201 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 75-304 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium kluyveri DSM 555 (バクテリア)
株: ATCC8527, DSM555, NCIMB 10680 / 遺伝子: 1073 / プラスミド: pET14b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) plysS / 参照: UniProt: A5N734

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 9.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 86.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 4M formate in water, 8mg/ml protein, equal volumes of reservoir and protein formed the drop, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月27日 / 詳細: Si (111)
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→86.7 Å / Num. all: 17475 / Num. obs: 17475 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 187378 / Observed criterion σ(I): 187378 / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 68.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 3→3.17 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2522 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 3→86.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 7.877 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20337	883	5.1 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.18877	17475	100 %	-
all	-	17475	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.849 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→86.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1657	0	0	1	1658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.823	1.969	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.112	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.939	24.386	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.236	15	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.852	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.425	1.5	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.788	2	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.117	3	577
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.979	4.5	478
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.003→3.081 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	71	-
R_work	0.306	1216	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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