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万見
- PDB-3inj: Human Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase complexed with agonist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3inj
タイトルHuman Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase complexed with agonist Alda-1
要素Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDH / E487K / Rossmann fold / Alda-1 / activator / Mitochondrion / NAD / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / carboxylesterase activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BXB / GUANIDINE / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.688 Å
データ登録者Perez-Miller, S. / Hurley, T.D.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Alda-1 is an agonist and chemical chaperone for the common human aldehyde dehydrogenase 2 variant.
著者: Perez-Miller, S. / Younus, H. / Vanam, R. / Chen, C.H. / Mochly-Rosen, D. / Hurley, T.D.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Activation of Aldehyde Dehydrogenase-2 Reduces Ischemic Damage to the Heart
著者: Chen, C.H. / Budas, G.R. / Churchill, E.N. / Disatnik, M.H. / Hurley, T.D. / Mochly-Rosen, D.
履歴
登録2009年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
C: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
E: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
G: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,29949
ポリマ－435,9978
非ポリマー4,30241
水72,2224009
1
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
C: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,18225
ポリマ－217,9994
非ポリマー2,18321
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24760 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area57640 Å2
手法PISA
2
E: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
G: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,11724
ポリマ－217,9994
非ポリマー2,11820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24400 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area57760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.916, 176.839, 102.464
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / ALDH class 2 / ALDHI / ALDH-E2


分子量: 54499.629 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: lacks mitochondrial leader sequence / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH2, ALDM / プラスミド: pT-7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05091, aldehyde dehydrogenase (NAD+)

-
非ポリマー , 5種, 4050分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#5: 化合物
ChemComp-BXB / N-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-2,6-dichlorobenzamide / Alda-1


分子量: 324.159 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11Cl2NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4
詳細: 100 MM ACES (N-[2-ACETAMIDO]-2-AMINOETHANE SULFONIC ACID), 10MM MGCL2, 100 MM GUANIDINE HCL, 16-17% W/V PEG 6000, 8MM DTT, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月23日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.278
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 375531 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0.2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 36519 / Χ2: 0.863 / % possible all: 90.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
PHENIX1.4_4精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.688→46.357 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.07 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 2113 5.8 %In phenix, using lattice symmetry
Rwork0.179 ---
obs0.18 363986 90.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.071 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 70.56 Å2 / Biso mean: 19.786 Å2 / Biso min: 9.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.616 Å2-0 Å21.295 Å2
2---9.076 Å2-0 Å2
3---4.025 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.688→46.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30393 0 276 4009 34678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00831588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00242826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0624676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.32411347
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.688-1.7310.3361150.27822541226562265678
1.731-1.7770.2961210.266247502487186
1.777-1.830.2891540.254252912544588
1.83-1.8890.2161410.243257202586189
1.889-1.9560.2381360.232259952613191
1.956-2.0340.2041320.22263732650592
2.034-2.1270.2431580.211265202667892
2.127-2.2390.2211380.202265472668592
2.239-2.3790.2231410.193266872682893
2.379-2.5630.2051390.188266852682493
2.563-2.820.2041510.179266282677993
2.82-3.2280.2031430.155265532669692
3.228-4.0640.1561430.127261502629391
4.064-25.0190.1491500.132255132566388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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