PDB-3imp: New crystal form of the C-terminal domain of Helicobacter pylori ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3imp

タイトル

New crystal form of the C-terminal domain of Helicobacter pylori MotB (residues 125-256)

要素

Chemotaxis protein motB

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN BINDING / BACTERIAL FLAGELLUM / CHEMOTAXIS / FLAGELLAR ROTATION / INNER MEMBRANE / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / Cell inner membrane / Cell membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum stator complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Roujeinikova, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Crystallographic and Molecular Dynamics Analysis of Loop Motions Unmasking the Peptidoglycan-Binding Site in Stator Protein MotB of Flagellar Motor
著者: Reboul, C.F. / Andrews, D.A. / Nahar, M.F. / Buckle, A.M. / Roujeinikova, A.

履歴

登録	2009年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3imp.cif.gz	651.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3imp.ent.gz	544.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3imp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cypS 3cyq S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cyp-2 3cyq-8 3cyq-5 3cyq-6 3cyq-4 3cyq-1 3cyq-2 3cyp-1 3cyq-3 3op0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Chemotaxis protein motB

C: Chemotaxis protein motB

D: Chemotaxis protein motB

E: Chemotaxis protein motB

A: Chemotaxis protein motB

F: Chemotaxis protein motB

G: Chemotaxis protein motB

H: Chemotaxis protein motB

I: Chemotaxis protein motB

J: Chemotaxis protein motB

K: Chemotaxis protein motB

L: Chemotaxis protein motB

ヘテロ分子

192 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Chemotaxis protein motB

C: Chemotaxis protein motB

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Chemotaxis protein motB

E: Chemotaxis protein motB

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Chemotaxis protein motB

F: Chemotaxis protein motB

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Chemotaxis protein motB

H: Chemotaxis protein motB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

I: Chemotaxis protein motB

J: Chemotaxis protein motB

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

K: Chemotaxis protein motB

L: Chemotaxis protein motB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.560, 100.336, 108.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chemotaxis protein motB / Motility protein B 分子量: 15939.984 Da / 分子数: 12 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 126-257 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: motB / プラスミド: PET151-D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P56427
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% PEG3350, 200mM sodium tartrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 69194 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CYP

3cyp

解像度: 2.5→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 17.848 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.483 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	3498	5.1 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.189	69176	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.06 Å² / B_iso mean: 51.788 Å² / B_iso min: 9.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.92 Å²	0 Å²	1.25 Å²
2-	-	-0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12781	0	6	433	13220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	13044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.947	17657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.062	5	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.241	24.378	683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.964	15	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.276	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	6263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	9019
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	677
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.708	1.5	8161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.191	2	12953
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.89	3	5404
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.822	4.5	4704

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	250	-
R_work	0.254	4857	-
all	-	5107	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6984	0.655	0.7164	3.0409	-0.1517	4.5157	0.0825	-0.0868	-0.0606	0.1293	-0.0397	0.1918	0.4781	-0.3279	-0.0427	-0.0828	-0.1267	0.0113	-0.0246	-0.0055	-0.1442	16.284	-11.223	32.333
2	1.8991	0.2263	1.5228	2.2148	1.05	5.4803	-0.0944	0.1826	-0.2991	-0.1004	0.117	-0.4333	0.5602	0.4638	-0.0226	-0.0534	0.0092	0.082	-0.0298	-0.0208	-0.0809	36.99	-12.511	16.796
3	3.1782	0.8523	-0.8804	3.2006	-0.0647	4.7873	0.1137	-0.1338	0.0598	0.1706	-0.1085	-0.1562	-0.5238	0.3566	-0.0053	-0.0735	-0.13	-0.048	-0.039	0.0018	-0.1516	37.593	10.99	32.351
4	1.9396	0.1116	-1.5274	2.5751	-0.9282	6.143	-0.0888	0.1564	0.2191	-0.1391	0.0627	0.4044	-0.5343	-0.3957	0.0261	-0.0656	0.0146	-0.1206	-0.0472	0.0288	-0.0626	17.069	12.245	16.806
5	4.3861	-1.1532	0.4596	5.0725	0.3546	3.7123	0.1081	-0.3606	-0.6221	1.1697	0.3801	-0.6011	0.8543	-0.0074	-0.4882	0.207	0.0915	-0.453	-0.2211	0.0199	0.0611	5.274	-8.223	-11.812
6	6.9671	2.0294	0.526	4.7172	-0.1332	3.6648	0.2601	0.8318	-0.9113	-0.3491	0.2744	-0.6734	0.5998	0.0739	-0.5345	-0.0895	0.0969	-0.1199	-0.0735	-0.1814	-0.0238	0.8	-6.633	-37.181
7	4.1414	0.3422	1.1776	2.8819	0.1842	4.326	0.0899	0.237	0.3456	-0.1162	-0.0977	-0.3308	-0.5592	0.1184	0.0078	-0.1045	0.0313	0.009	-0.0995	0.0285	-0.0658	9.122	18.455	-27.307
8	3.5441	-0.092	1.919	3.8969	-0.0418	4.4799	0.0405	-0.533	-0.0697	0.3515	0.0418	0.3646	-0.136	-0.3682	-0.0824	-0.1484	0.0721	0.0378	0.0252	0.0176	-0.1274	-13.704	11.961	-16.939
9	4.5119	-0.5866	-0.7365	4.8416	-0.3353	3.6832	0.1724	-0.3836	0.677	1.2791	0.3414	0.5911	-0.9186	0.0894	-0.5138	0.1419	0.0743	0.4685	-0.3066	-0.0345	0.0562	48.523	8.037	-11.682
10	6.4018	2.5415	-0.8511	5.7346	0.2414	3.6148	0.3161	0.8666	1.0527	-0.3458	0.266	0.6973	-0.6196	-0.1607	-0.5821	-0.1165	0.111	0.1256	-0.0513	0.184	-0.0273	52.827	6.432	-37.019
11	4.5771	0.6184	-1.9087	2.9386	-0.5047	4.9056	-0.0029	0.2797	-0.3426	-0.1218	-0.0738	0.3499	0.4698	-0.1253	0.0767	-0.0826	0.0312	-0.0597	-0.0921	-0.0483	-0.0448	44.447	-18.711	-27.311
12	3.4317	-0.1634	-2.2961	4.3187	0.3414	4.2701	0.0706	-0.4696	0.0833	0.3617	0.0682	-0.4789	0.1604	0.3372	-0.1387	-0.1222	0.0823	-0.0809	0.0135	-0.023	-0.1069	67.333	-12.178	-16.909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	119 - 251
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	119 - 251
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	119 - 250
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	119 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	119 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	119 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	119 - 250
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	119 - 250
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	119 - 250
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	119 - 250
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	119 - 250
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	119 - 250

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)