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- PDB-3ikw: Structure of Heparinase I from Bacteroides thetaiotaomicron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ikw
タイトルStructure of Heparinase I from Bacteroides thetaiotaomicron
要素Heparin lyase I
キーワードLYASE / Heparin / polysaccharide lyase / beta-jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
duf1285 like fold - #20 / Polysaccharide lyase / Polysaccharide lyase / duf1285 like fold / Jelly Rolls - #200 / Jelly Rolls / Roll / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Garron, M.L. / Cygler, M. / Shaya, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural snapshots of heparin depolymerization by heparin lyase I.
著者: Han, Y.H. / Garron, M.L. / Kim, H.Y. / Kim, W.S. / Zhang, Z. / Ryu, K.S. / Shaya, D. / Xiao, Z. / Cheong, C. / Kim, Y.S. / Linhardt, R.J. / Jeon, Y.H. / Cygler, M.
履歴
登録2009年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparin lyase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7418
ポリマ－42,3291
非ポリマー4127
水6,864381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.263, 110.494, 44.158
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Heparin lyase I


分子量: 42328.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_4675 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89YQ6, heparin lyase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22.5% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl, 0.8 mM CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月3日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si(220) sagittal focusing, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 172703 / Num. obs: 91220 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.3-1.353.50.59985320.86494
1.35-1.44.20.52489720.89198.5
1.4-1.464.40.490580.90499.2
1.46-1.544.40.26890570.91699.4
1.54-1.644.40.18690911.00999.4
1.64-1.764.40.13391471.12799.7
1.76-1.944.50.09291581.186100
1.94-2.224.50.07692161.153100
2.22-2.84.70.07393271.065100
2.8-509.50.08196621.04999.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
153.32986.66410.416S201
238.645108.66718.532S200.814
365.472110.2425.062S200.766
467.91294.226-5.037S200.515
574.23497.8733.35S200.479
663.22776.7853.453S200.087
775.529104.488-2.36S200.032

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→44.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.217 / WRfactor Rwork: 0.196 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.858 / SU B: 0.876 / SU ML: 0.037 / SU R Cruickshank DPI: 0.054 / SU Rfree: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 4565 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 91118 99 %-
all-119357 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.4 Å2 / Biso mean: 18.697 Å2 / Biso min: 9.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→44.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3060 0 25 381 3466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3211.9444341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3085416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42524.379153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.52215508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3791516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7311.51946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29423162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90231234
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9564.51162
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.336 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 299 -
Rwork0.285 5962 -
all-6261 -
obs--92.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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