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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ikb | ||||||
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タイトル | The structure of a conserved protein from Streptococcus mutans UA159. | ||||||
要素 | uncharacterized conserved protein | ||||||
キーワード | structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / APC63946 / conserved protein / Streptococcus mutans UA159 / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Streptococcus mutans (ストレプトコッカス・ミュータンス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Hatzos, C. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The structure of a conserved protein from Streptococcus mutans UA159. 著者: Tan, K. / Hatzos, C. / Buck, K. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ikb.cif.gz | 100.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ikb.ent.gz | 83.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ikb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/3ikb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/3ikb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | authors state that the biological unit is experimentally unknown. The protein is likely monomeric. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23141.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans (ストレプトコッカス・ミュータンス) 株: UA159 / 遺伝子: SMU_1238c, Streptococcus mutans / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q8DTT5 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M Tris-sodium citrate, 20%w/v PEG6000, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月8日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97937 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→47 Å / Num. all: 51476 / Num. obs: 51476 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 32.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.873 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2507 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.67→46.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.437 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.054 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→46.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.667→1.71 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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