PDB-3ijr: 2.05 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ijr

タイトル

2.05 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehydrogenase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' in complex with NAD+

要素

Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Gordon, E. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.05 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehydrogenase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' in complex with NAD+
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Gordon, E. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ijr.cif.gz	471 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ijr.ent.gz	390.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ijr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ijr_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ijr_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	3ijr_validation.xml.gz	50.5 KB	表示
CIF形式データ	3ijr_validation.cif.gz	77.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/3ijr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/3ijr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3i3oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3i3o-1 3r3s-d 5jyd-2 2c07-1 3ai2-1 4eds-3 1zjz-1 3i3o-2 1zk0-1 6d9y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP02499

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

C: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

D: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

E: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

F: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

G: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

H: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

ヘテロ分子

262 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

C: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

D: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

F: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

G: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

H: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	112.749, 123.203, 169.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-331- HOH

#1: タンパク質	Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family 分子量: 31911.139 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌) 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS0712, BA_0748, GBAA0748, GBAA_0748 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: Q81UV8, UniProt: A0A6L8PL20*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 932 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 10mm NAD+. Paratone-N used as a cryoprotectant , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日 / 詳細: Beryllium Lenses/Diamond Laue Mono
放射	モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 284777 / Num. obs: 284777 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.19
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / Num. unique all: 14257 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3I3O

3i3o

解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 8.861 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. The Friedel pairs were used in phasing. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 3. Authors used TLS in refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19348	7373	5 %	RANDOM
R_work	0.15709	-	-	-
all	0.15891	139930	-	-
obs	0.15891	139930	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.358 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.42 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17344	0	430	932	18706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	18481
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12101
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.99	25207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.818	3	29923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.199	5	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.31	26.233	815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.923	15	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.355	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	20681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.966	1.5	11484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.332	1.5	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.54	2	18603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.838	3	6997
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.146	4.5	6604

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.11 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	494	-
R_work	0.176	9811	-
obs	-	9811	95.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5855	-0.2296	1.6232	2.3309	-0.46	2.3427	0.1784	0.2331	-0.2814	-0.1007	-0.1049	-0.6036	0.2541	0.4549	-0.0736	0.1858	-0.1439	0.0453	0.3804	0.0032	0.5366	0.7159	39.0319	-72.1767
2	1.4269	0.7951	-0.0367	1.2522	-0.3147	1.18	0.1536	-0.1283	0.0115	0.1844	-0.1327	-0.2079	-0.1022	0.2069	-0.0209	0.1905	-0.2191	-0.028	0.2704	-0.0156	0.3543	-5.9838	48.791	-61.647
3	1.6933	1.3222	-0.1348	1.6429	-0.2212	2.1925	0.1464	-0.0945	0.1353	0.0522	-0.1131	0.0286	-0.0052	-0.0383	-0.0333	0.1683	-0.1893	0.0136	0.2435	-0.0292	0.2818	-19.0582	42.8914	-62.7327
4	3.6935	2.3121	1.7665	2.8131	2.3981	3.1537	0.2745	-0.3214	-0.5449	0.3403	-0.1627	-0.6701	0.3823	0.1686	-0.1118	0.2847	-0.1218	-0.0783	0.3784	0.0583	0.6145	-0.9837	27.4958	-63.7186
5	2.1694	0.7952	-0.092	2.2614	-0.1904	1.1844	-0.0299	0.1222	-0.1097	-0.0451	0.0612	-0.2328	0.09	0.064	-0.0313	0.1351	-0.157	0.009	0.2123	-0.0205	0.2518	-15.0717	36.5661	-73.4873
6	3.7026	0.2784	0.2659	2.5768	0.6589	1.5447	-0.2724	0.3233	0.6085	-0.3619	0.1916	0.5202	-0.2752	-0.3688	0.0808	0.337	-0.1414	-0.0653	0.3869	0.1645	0.3784	-33.2566	44.361	-89.3682
7	2.4066	0.8394	-0.2061	2.778	0.4064	1.8309	-0.3862	0.5923	0.2171	-0.6395	0.3395	0.1963	-0.2221	-0.2292	0.0467	0.3395	-0.2908	-0.0373	0.4108	0.0641	0.1356	-26.7781	35.488	-94.9008
8	1.5393	0.972	-0.2732	1.426	-0.1896	1.742	-0.1964	0.3724	-0.0283	-0.3459	0.2487	-0.0102	0.1289	-0.1598	-0.0523	0.2507	-0.2409	0.0018	0.3083	-0.0081	0.2027	-29.9153	26.0215	-87.1098
9	6.5618	4.8224	3.3406	3.5462	2.4649	2.1832	-0.1511	-0.2522	1.0275	-0.1438	-0.1832	0.7638	0.0886	-0.7384	0.3343	0.385	-0.1866	-0.1333	0.7903	0.1609	0.7335	-43.1824	42.2192	-80.8105
10	1.6449	0.8096	-0.5472	2.4549	0.2024	1.278	-0.0574	0.1758	0.1752	-0.1029	0.0705	0.1035	-0.0845	-0.1202	-0.013	0.1285	-0.1469	-0.0085	0.2068	0.0187	0.1932	-24.2158	38.9743	-77.8765
11	5.1029	-3.5645	1.6881	6.1564	-0.9348	0.7776	0.4271	-0.0421	-1.0389	0.1846	0.0074	-0.4037	0.3694	0.2702	-0.4345	0.7618	-0.0835	-0.1626	0.6452	-0.0231	0.7297	-30.042	-1.908	-60.5726
12	1.3365	0.6184	-0.3135	1.6176	-0.0827	0.9629	0.1119	-0.0875	-0.2167	0.08	-0.0342	-0.0952	0.3016	-0.1541	-0.0776	0.3198	-0.3025	-0.0322	0.3213	-0.0026	0.2847	-44.7667	5.9653	-63.2107
13	2.1709	1.1064	-0.3292	1.8969	-0.0255	1.7123	-0.0081	0.0576	-0.0163	-0.0305	0.0323	0.0145	0.1936	-0.1585	-0.0242	0.2111	-0.2285	-0.017	0.2523	0.0027	0.2247	-39.5912	18.206	-69.265
14	2.0566	0.5448	-0.0468	2.2166	-0.1638	0.9516	0.1674	0.0389	-0.5597	-0.0607	-0.1219	-0.679	0.3726	0.1541	-0.0455	0.3816	-0.1853	-0.0442	0.3245	0.0091	0.513	-25.5178	6.4351	-60.748
15	2.7798	0.2383	-0.4202	1.932	-0.2188	0.5371	0.1886	-0.076	-0.0783	0.1563	-0.1525	-0.0223	0.0597	-0.0998	-0.0361	0.2114	-0.2356	-0.0142	0.2731	-0.0115	0.1864	-34.3639	22.6382	-56.4783
16	2.4282	0.2735	0.3567	4.6983	0.5649	0.8834	0.2899	-0.3236	0.361	0.4836	-0.2519	0.5191	-0.0918	-0.3229	-0.038	0.4001	-0.2608	0.1615	0.5101	-0.1238	0.3336	-43.2735	38.3754	-38.8397
17	1.8034	0.7169	-0.1773	1.6306	-0.4292	1.5358	0.3638	-0.6156	-0.0103	0.559	-0.3617	-0.0594	0.0084	-0.0184	-0.0022	0.4594	-0.4308	-0.0309	0.5123	-0.01	0.1446	-29.4499	28.037	-32.4896
18	1.4641	0.962	-0.1551	2.0328	-0.2313	1.4844	0.3169	-0.357	0.0641	0.3964	-0.3054	-0.0884	-0.0499	-0.0153	-0.0115	0.2589	-0.2824	-0.0113	0.3278	-0.0227	0.2063	-23.2653	35.1411	-47.512
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20	2.1214	0.6987	-0.0187	2.1566	-0.2698	0.2765	0.2021	-0.1979	-0.0921	0.3047	-0.2423	-0.0501	0.0383	-0.0407	0.0402	0.2332	-0.2474	-0.0064	0.27	-0.013	0.1583	-31.3821	22.7598	-53.5007
21	2.655	0.9888	2.074	1.9787	0.9972	4.1715	0.0334	-0.3003	-0.202	0.1252	-0.1524	0.6804	-0.0516	-1.2315	0.1191	0.5638	0.296	0.1412	0.8696	-0.0404	0.7867	-106.0883	49.0758	-13.001
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26	1.6211	-0.09	-0.3301	2.1031	0.2577	1.7502	-0.0982	-0.1534	0.3601	0.2825	0.1972	-0.3943	-0.2707	0.4065	-0.099	0.5969	0.1894	-0.0234	0.45	-0.082	0.3409	-70.705	47.1402	1.2639
27	1.1156	-0.6402	-0.8246	1.4352	0.9959	2.097	-0.221	-0.2947	0.0156	0.6826	0.2185	0.0152	0.1423	0.1991	0.0025	0.6628	0.3486	0.0554	0.3867	0.0127	0.153	-78.0712	36.3184	10.7812
28	0.9282	-1.0023	-0.4641	2.1926	0.614	2.5689	-0.2901	-0.2057	-0.097	0.5641	0.2507	0.1015	0.3199	0.0562	0.0394	0.4335	0.2751	0.0697	0.2494	0.0301	0.143	-77.4282	28.8976	-3.6878
29	1.8949	-3.0788	2.1761	5.523	-3.4794	7.3208	-0.2263	-0.1817	0.4898	0.5873	0.2083	-0.7988	-0.0397	0.8587	0.018	0.5396	0.2009	-0.1066	0.5419	-0.1501	0.4811	-62.4581	44.7789	-4.1932
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33	0.7917	-1.4094	-0.5939	2.517	1.0611	3.2797	-0.2419	-0.1817	0.0186	0.3791	0.2832	-0.0399	0.4842	0.291	-0.0413	0.3912	0.2997	0.0251	0.2321	0.0235	0.1458	-69.1827	22.2859	-18.1673
34	2.6736	-4.0369	2.2551	8.487	-3.7418	5.5268	-0.381	-0.3215	-0.3805	0.6809	0.3357	1.0441	0.7484	-0.9651	0.0453	0.6857	-0.0054	0.2165	0.5154	0.0413	0.6676	-89.7548	11.082	-20.3221
35	1.9128	-0.4598	-0.2427	2.038	0.7851	1.9294	-0.0477	-0.0576	-0.18	0.0873	0.0387	0.0966	0.2643	-0.0442	0.009	0.2736	0.1859	0.0266	0.1925	0.0337	0.1533	-75.1265	21.9875	-29.3351
36	1.6158	0.3357	-0.2245	3.2265	-0.0636	1.5198	0.1975	0.0873	0.1529	-0.4477	-0.0306	-0.6003	-0.3475	0.4552	-0.1669	0.4856	0.0649	0.1658	0.4091	0.001	0.3437	-62.7974	35.7987	-45.5947
37	1.03	-0.7346	-0.312	2.5257	0.8152	2.3461	0.259	0.2388	0.0784	-0.7167	-0.1828	0.0135	-0.3721	-0.1212	-0.0761	0.4554	0.2289	0.0125	0.2711	0.0601	0.1463	-78.3671	37.8335	-49.9409
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39	1.0032	-0.4441	1.4089	2.001	0.4741	2.8069	-0.1878	0.1008	0.2762	-0.2197	0.342	-0.9036	-0.7136	0.4594	-0.1542	0.6406	-0.005	0.2438	0.4781	-0.0567	0.5727	-62.9002	43.3776	-35.7679
40	1.5168	-0.2337	-0.1522	2.0067	0.7292	1.7933	-0.0234	0.0257	-0.0313	-0.0631	0.0329	0.1136	0.1239	-0.0725	-0.0094	0.2482	0.1795	0.0195	0.205	0.0402	0.1347	-76.1075	27.2811	-32.7459

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	44 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	165 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	226 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	250 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6 - 44
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	45 - 82
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	83 - 225
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	226 - 248
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	249 - 288
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	8 - 36
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	37 - 144
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	145 - 226
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	227 - 264
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	265 - 288
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	8 - 37
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	38 - 133
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	134 - 229
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	230 - 263
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	264 - 288
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	9 - 43
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	44 - 152
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	153 - 225
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	226 - 259
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	260 - 288
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	-1 - 46
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	47 - 138
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	139 - 225
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	226 - 249
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	250 - 288
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	8 - 37
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	38 - 157
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	158 - 227
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	228 - 251
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	252 - 288
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	0 - 44
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	45 - 148
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	149 - 229
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	230 - 258
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	259 - 288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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