PDB-3ij5: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-deoxy-D-manno-oct...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ij5

タイトル

1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase from Yersinia pestis

要素

3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase / idp02274 / Lipopolysaccharide biosynthesis / Magnesium / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase from Yersinia pestis
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ij5.cif.gz	169.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ij5.ent.gz	133.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ij5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/3ij5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/3ij5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r8yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3n07-1 2r8x-4 2c9i-2 2r8x-6 4hq8-1 3i6b-d 3i6b-1 4dxi-d 3hyc-1 2c9i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp02274

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

92.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
185 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.597, 77.941, 96.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase / KDO 8-P phosphatase 分子量: 23063.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: kdsC, NP_407035, y0150, YPO3578, YP_3833 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 参照: UniProt: Q8ZB47, 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein solution: 7.3 mg/mL, 0.5M Sodium chloride, TRIS-HCl (pH 8.3); Screen solution: Classics II, drop D7, 0.1M BIS-TRIS (pH 6.5), 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月22日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 60372 / Num. obs: 60372 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2886 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2R8Y

2r8y

解像度: 1.95→29.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 6.834 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20236	3057	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16328	-	-	-
all	0.16527	57306	-	-
obs	0.16527	57306	98.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.078 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.89 Å²	0 Å²	-0.49 Å²
2-	-	-0.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5573	0	3	653	6229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5914
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.331	1.974	8075
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.163	5	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.398	24.607	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.753	15	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.439	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.908	1.5	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.602	2	6097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.987	3	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.776	4.5	1978

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	213	-
R_work	0.185	4109	-
obs	-	4109	96.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0382	0.1838	-0.282	1.4863	-1.0262	1.7675	0.0343	0.0654	-0.1467	-0.1533	-0.0324	-0.0104	0.2709	-0.0095	-0.0019	0.1215	0.0431	-0.0118	0.0505	-0.028	0.0371	36.3429	9.0635	15.4666
2	2.2177	0.5701	0.2394	2.6156	-0.5128	2.404	0.0657	0.0077	-0.176	-0.0672	-0.0132	0.0733	0.2355	-0.0905	-0.0525	0.0798	0.0237	-0.0193	0.0232	-0.0075	0.0223	32.565	5.1593	21.9347
3	1.6363	-0.5673	-0.7536	0.933	0.0279	1.3512	0.0693	0.0791	-0.0044	0.0283	-0.0273	0.0714	-0.0407	-0.1203	-0.042	0.0536	0.0568	0.0128	0.0743	0.0099	0.0131	22.1602	31.7498	15.7039
4	1.9076	-1.1549	-0.0896	2.0381	0.1239	1.2654	0.0016	-0.1136	0.0645	0.09	0.0082	0.0424	0.0045	-0.0721	-0.0097	0.0639	0.0665	0.0249	0.1021	0.0147	0.0164	18.5931	36.0619	21.7555
5	1.0735	0.0689	0.3728	1.4212	0.8171	1.8739	-0.055	0.0592	0.3424	-0.0498	0.0001	-0.097	-0.2959	0.0589	0.0549	0.1022	0.0422	0.0084	0.0624	0.0385	0.1496	45.484	45.9964	14.7918
6	1.913	0.1335	0.09	2.1882	0.0963	2.7202	0.0039	0.011	0.3636	0.0185	-0.0501	-0.257	-0.3301	0.1136	0.0462	0.1061	0.0205	-0.0109	0.0298	-0.013	0.1948	49.8374	50.1588	22.0899
7	1.8355	-0.1396	0.7208	0.7652	-0.0665	0.9847	0.0514	0.0872	0.148	-0.0133	-0.0725	-0.1054	0.0052	0.1086	0.0211	0.0506	0.0557	0.0258	0.0957	0.0119	0.0579	59.7937	23.3042	15.5499
8	2.1374	-0.7144	-0.2243	1.8632	0.0844	1.3665	0.0512	-0.0756	0.045	0.0058	-0.0496	-0.1163	0.0101	0.1183	-0.0016	0.037	0.0508	0.0047	0.0947	0.0042	0.0342	63.5332	18.6336	21.6908

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	101 - 187
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	99 - 187
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	4 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	102 - 182
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 98
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	99 - 184

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