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- PDB-3ij3: 1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of Cytosol Aminopeptida... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ij3
タイトル1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of Cytosol Aminopeptidase from Coxiella burnetii
要素Cytosol aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Cytosol Aminopeptidase / pepb / Peptidase M17 family / idp01962 / Aminopeptidase / Manganese / Metal-binding / Protease / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / M17 aminopeptidase, N-terminal domain / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase ...: / M17 aminopeptidase, N-terminal domain / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Cytosol aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of Cytosol Aminopeptidase from Coxiella burnetii
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,38617
ポリマ－53,6881
非ポリマー1,69816
水7,332407
1
A: Cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,318102
ポリマ－322,1296
非ポリマー10,18896
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+11
crystal symmetry operation6_766-x+2,-x+y+1,-z+11
Buried area43430 Å2
ΔGint-621 kcal/mol
Surface area98000 Å2
手法PISA
2
A: Cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子

A: Cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子

A: Cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,15951
ポリマ－161,0653
非ポリマー5,09448
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area15660 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area55050 Å2
手法PISA
3
A: Cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子

A: Cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,77334
ポリマ－107,3762
非ポリマー3,39632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area6880 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area39900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.803, 112.803, 78.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-462-

SO4

21A-462-

SO4

31A-872-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytosol aminopeptidase


分子量: 53688.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 / 遺伝子: CBU_0572, pepB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q83DX0, leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 8種, 423分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution at 7.0 mg/mL, 0.5M Sodium cloride, Screen solution JCSG+D7, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris, 40% v/v PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 53424 / Num. obs: 53424 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 2656 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LAM

1lam


解像度: 1.8→28.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.861 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17685 2711 5.1 %RANDOM
Rwork0.14705 ---
all0.14855 50601 --
obs0.14855 50601 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.878 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3581 0 105 407 4093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5081.9915472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90236810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.525509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.03724.111180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.84315669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6571528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.111.52450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.341.5975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95823971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.94931577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.754.51501
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 211 -
Rwork0.168 3700 -
obs-3700 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7835-0.7890.60781.0954-0.50840.5330.0628-0.0498-0.108-0.03280.01550.02040.0769-0.0086-0.07830.13810.0136-0.00410.12870.0190.154968.563852.291729.945
20.5293-0.13490.04921.0730.05680.38580.00960.0185-0.008-0.0879-0.01020.00730.0466-0.01840.00050.0362-0.00770.00080.0246-0.00050.000845.930577.232114.2004
30.5341-0.24140.01340.66850.02750.5637-0.0379-0.0477-0.03060.07030.03460.0320.0429-0.00930.00330.0627-0.00770.01340.05540.01020.041542.327671.267329.2207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2A160 - 341
3X-RAY DIFFRACTION3A342 - 458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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