PDB-3iik: The structure of hCINAP-SO4 complex at 1.95 angstroms resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iik

タイトル

The structure of hCINAP-SO4 complex at 1.95 angstroms resolution

要素

Coilin-interacting nuclear ATPase protein

キーワード

PROTEIN BINDING / TRANSFERASE / Alpha and beta proteins (a/b) / phosphotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside monophosphate kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Cajal body / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / nuclear speck / centrosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Zographos, S.E. / Drakou, C.E. / Leonidas, D.D.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: hCINAP is an atypical mammalian nuclear adenylate kinase with an ATPase motif: Structural and functional studies.
著者: Drakou, C.E. / Malekkou, A. / Hayes, J.M. / Lederer, C.W. / Leonidas, D.D. / Oikonomakos, N.G. / Lamond, A.I. / Santama, N. / Zographos, S.E.

履歴

登録	2009年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月5日	Group: Advisory / Database references
改定 1.3	2011年11月23日	Group: Database references
改定 1.4	2012年1月18日	Group: Database references
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iik.cif.gz	56.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iik.ent.gz	40.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3iik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3iik	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3iijC 3iilC 3iimC 1rkbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rkb-d 3iij-d 3iil-d 3iim-d 1z4l-d 5jzv-d 7e16-2 5una-3 4f0e-3 4rqb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coilin-interacting nuclear ATPase protein

ヘテロ分子

21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.670, 98.670, 57.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Coilin-interacting nuclear ATPase protein / Coilin-interacting nuclear ATPase protein / TAF9 RNA polymerase II / TATA box binding protein (TBP)- ...Coilin-interacting nuclear ATPase protein / TAF9 RNA polymerase II / TATA box binding protein (TBP)-associated factor / 32kDa / isoform CRA_b / human adenylate kinase 6 分子量: 20867.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CINAP, TAF9, hCG_37060 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5F2S9, UniProt: Q9Y3D8*PLUS, adenylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.5 M Li2SO4, 0.2 M NaCl, 0.5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.04498 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月17日 / 詳細: Rh Coated mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator with sagittal focussing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04498 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→85.4 Å / Num. all: 23468 / Num. obs: 23444 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 34.2 Å² / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 25.8
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / R_sym value: 0.449 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RKB

1rkb

解像度: 1.95→24.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.601 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20559	1202	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17977	-	-	-
all	0.18107	23444	-	-
obs	0.18107	22238	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.198 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1441	0	25	199	1665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.113	1.978	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.896	5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.816	25.765	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.523	15	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.399	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.499	1.5	886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.946	2	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.583	3	635
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.659	4.5	624

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	89	-
R_work	0.231	1648	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.5266	-3.5611	-2.4991	12.7422	6.503	11.586	-0.1414	-1.2451	1.2751	0.9325	-0.0188	0.554	-1.2248	-1.1271	0.1602	0.4611	0.1508	0.0325	0.5637	-0.2642	0.5495	-43.7582	17.3413	-9.2689
2	0.9085	0.0784	-0.0439	1.6862	-0.4799	1.3016	-0.0949	-0.0933	0.161	0.221	0.0337	-0.1052	-0.1836	0.0352	0.0612	0.1613	0.0039	-0.0039	0.1208	-0.019	0.1507	-35.6967	2.5772	1.3983
3	6.1521	3.0586	-1.5597	1.5511	-0.7108	4.146	0.3153	-0.5202	-0.1273	0.2381	-0.2304	-0.0187	0.032	-0.0299	-0.0849	0.2896	0.0616	0.0679	0.1458	0.0245	0.139	-49.2947	-2.6392	10.0971
4	7.1903	-3.6869	-3.2439	5.0338	3.1681	4.4321	-0.0477	-0.0051	-0.7742	0.9117	0.308	-0.7008	1.0773	1.3556	-0.2603	0.5325	0.4356	-0.1701	0.6907	-0.0922	0.8616	-48.0823	-17.3934	13.0969
5	4.4886	0.4636	-2.0296	6.8818	-3.7387	5.7393	-0.1718	0.0785	0.1036	0.1031	0.2162	0.528	0.005	-0.464	-0.0444	0.1294	0.0208	0.0244	0.1868	-0.0032	0.1556	-52.2417	-0.4587	-0.6358
6	1.486	-0.2287	-0.1482	1.175	-0.2311	0.9442	-0.071	-0.0032	-0.0857	-0.0231	0.0613	0.0628	0.0703	-0.1299	0.0097	0.1588	-0.002	0.0135	0.1278	-0.0014	0.1279	-40.7648	-3.8983	-3.6791
7	5.405	-1.5545	-1.6095	3.6229	-1.9292	5.2906	-0.1776	-0.5614	0.2394	0.5973	0.1758	-0.237	-0.2661	0.0104	0.0018	0.1976	0.0395	-0.0229	0.1564	-0.0149	0.1528	-26.7629	-12.159	11.8406
8	6.1357	-1.0049	0.003	2.4648	3.5987	10.3662	0.0048	-0.8365	-0.0622	0.6946	0.0451	0.1613	0.1548	-0.2849	-0.0499	0.4076	0.0108	0.0559	0.1905	0.0254	0.2356	-34.7473	-18.2292	13.1566
9	4.8597	-2.7294	4.554	2.9716	-1.93	4.7467	0.0787	0.0653	-0.1301	-0.235	-0.0483	-0.07	0.1668	0.055	-0.0305	0.2386	0.0054	0.0849	0.135	-0.0016	0.2003	-34.7983	-16.4164	-2.5392
10	13.0849	3.6343	-4.8748	8.1829	2.3096	13.8332	-0.1628	0.5752	-0.3786	-0.569	0.0999	-0.2505	0.4127	0.3021	0.0629	0.1815	0.008	-0.0099	0.1498	-0.0003	0.1556	-37.878	-7.0126	-13.7291
11	3.0928	-0.4659	0.8488	3.7236	-0.734	4.2815	-0.0674	-0.0346	0.0399	0.1779	-0.0629	-0.6375	-0.0922	0.5073	0.1303	0.1162	0.0035	0.0082	0.1416	0.0264	0.2141	-24.4841	-2.3032	-1.0353
12	4.8124	-0.7356	1.7489	3.5871	-0.1907	3.559	-0.0199	0.2767	0.0852	-0.2292	-0.0504	-0.1783	-0.0155	0.1302	0.0703	0.1655	-0.0252	0.0247	0.1302	0.0045	0.151	-32.7904	8.9312	-11.904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 2
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	3 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	46 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	56 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	72 - 97
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	98 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	111 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	121 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	136 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	141 - 156
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	157 - 172

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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