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- PDB-3ihy: Human PIK3C3 crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ihy
タイトルHuman PIK3C3 crystal structure
要素Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
キーワードTRANSFERASE / Alpha/Beta protein / Structural Genomics / SGC Stockholm / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Kinase / Manganese / Nucleotide-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein lipidation / postsynaptic endosome / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / host-mediated activation of viral genome replication / presynaptic endosome ...positive regulation of protein lipidation / postsynaptic endosome / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / host-mediated activation of viral genome replication / presynaptic endosome / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / response to L-leucine / early endosome to late endosome transport / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to lysosome / endosome organization / pexophagy / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Macroautophagy / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autolysosome / PI3K Cascade / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / synaptic vesicle endocytosis / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / regulation of macroautophagy / cellular response to glucose starvation / autophagosome / regulation of cytokinesis / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / GABA-ergic synapse / protein processing / autophagy / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / peroxisome / late endosome / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / protein kinase activity / endosome / regulation of autophagy / cell division / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / glutamatergic synapse / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Siponen, M.I. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Siponen, M.I. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kotzsch, A. / Kragh Nielsen, T. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Roos, A.K. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Schutz, P. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Human PIK3C3 crystal structure
著者: Siponen, M.I. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / ...著者: Siponen, M.I. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kotzsch, A. / Kragh Nielsen, T. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Roos, A.K. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Schutz, P. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P.
履歴
登録2009年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
B: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
C: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
D: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
E: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,7825
ポリマ－342,7825
非ポリマー00
水181
1
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5561
ポリマ－68,5561
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5561
ポリマ－68,5561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5561
ポリマ－68,5561
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5561
ポリマ－68,5561
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5561
ポリマ－68,5561
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.297, 96.491, 150.679
Angle α, β, γ (deg.)107.77, 91.75, 92.41
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / ...PtdIns-3-kinase type 3 / PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit


分子量: 68556.336 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 282-879 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C3, PIK3C3A / プラスミド: pNIC Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: Q8NEB9, phosphatidylinositol 3-kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.84 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 14.662 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25505 4076 5 %RANDOM
Rwork0.18663 ---
obs0.19006 77091 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.483 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20.01 Å20.01 Å2
2---0.01 Å2-0.01 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.285 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21669 0 0 1 21670
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02222121
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0215313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.98229894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96337483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.26552665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.524.7541056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.63154153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.47815130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.23344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0224136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.25444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.215933
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.210898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.211901
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0640.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2770.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1081.517162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0831.55336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.018221670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.818310048
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.614.58224
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 275 -
Rwork0.282 5633 -
obs--98.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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