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- PDB-3ihx: Methyltransferase domain of human PR domain-containing protein 10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ihx
タイトルMethyltransferase domain of human PR domain-containing protein 10
要素PR domain zinc finger protein 10
キーワードTRANSFERASE / PRDM10 / Methyltransferase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription repressor complex / methyltransferase activity / methylation / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PRDM10, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / Zinc-finger of C2H2 type / Beta-clip-like / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type ...PRDM10, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / Zinc-finger of C2H2 type / Beta-clip-like / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PR domain zinc finger protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Dombrovski, L. / Ni, S. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. ...Amaya, M.F. / Dombrovski, L. / Ni, S. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Methyltransferase domain of human PR domain-containing protein 10
著者: Amaya, M.F. / Dombrovski, L. / Ni, S. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2009年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR domain zinc finger protein 10
B: PR domain zinc finger protein 10
C: PR domain zinc finger protein 10
D: PR domain zinc finger protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5984
ポリマ－71,5984
非ポリマー00
水93752
1
A: PR domain zinc finger protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9001
ポリマ－17,9001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PR domain zinc finger protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9001
ポリマ－17,9001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PR domain zinc finger protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9001
ポリマ－17,9001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PR domain zinc finger protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9001
ポリマ－17,9001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.864, 94.864, 76.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
PR domain zinc finger protein 10 / PR domain-containing protein 10 / Tristanin


分子量: 17899.568 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 188 to 339 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDM10, KIAA1231, PFM7, TRIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQV6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2NH4oAC, Bis -6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器日付: 2009年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 25428

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DB5, 3EP0

3db5

3ep0


解像度: 2.5→94.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 31.521 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.46 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2978 976 4.2 %RANDOM
Rwork0.24179 ---
obs0.24407 22254 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.711 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.54 Å20 Å20 Å2
2---2.54 Å20 Å2
3---5.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→94.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3782 0 0 52 3834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.9455325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7345484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5322.988164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33115517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8921519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6121.52472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12123905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99931421
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1374.51420
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 56 -
Rwork0.373 1478 -
obs--87.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.0764-0.4136-1.9824.1975-1.29880.8901-0.0475-0.6892-0.12340.06180.20430.0340.02290.1484-0.15680.3069-0.0295-0.01670.4255-0.24380.441510.3114-64.8778-1.3956
27.8988-1.02650.00254.19330.30423.0343-0.1511-0.4809-0.47260.17870.47120.3816-0.0033-0.0378-0.32010.1565-0.02540.06140.3436-0.01870.3361-0.618-64.5819-0.1087
33.44271.18671.29015.94070.36431.9154-0.47580.5362-0.1544-0.27360.5679-0.68670.04350.1758-0.09210.1642-0.11620.01460.2658-0.06650.200221.9182-37.23244.2196
45.7508-0.0338-1.24064.0455-0.92972.1291-0.198-0.6559-0.42380.2340.23130.3218-0.3075-0.0598-0.03330.16370.01470.07330.19980.09960.2978-22.1347-57.82860.6057
514.34310.44087.18122.54341.20833.9854-1.0586-0.08141.0432-0.29650.25260.839-0.64350.04830.8060.4482-0.0645-0.22880.21060.16110.459-9.79-31.577-4.7128
613.04632.00133.70955.09680.5263.0561-0.9130.10411.0503-0.15380.46660.4454-0.33730.25450.44630.2755-0.0845-0.15850.24590.10280.14681.5703-31.7897-0.1638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2A92 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3B5 - 148
4X-RAY DIFFRACTION4C11 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5D7 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6D94 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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