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- PDB-3ihr: Crystal Structure of Uch37 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ihr
タイトルCrystal Structure of Uch37
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L5
キーワードHYDROLASE / Center for Eukaryotic Structural Genomics / Uch37 / UCH-L5 / ubiquitin hydrolase / Homo sapiens / ubiquitin / proteasome / ino80 / smad7 / rpn13 / PSI / Protein structure initiative / CESG / structural genomics / Protease / Thiol protease / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral ventricle development / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / forebrain morphogenesis / Ino80 complex / cytosolic proteasome complex / positive regulation of smoothened signaling pathway / protein deubiquitination / midbrain development / endopeptidase inhibitor activity ...lateral ventricle development / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / forebrain morphogenesis / Ino80 complex / cytosolic proteasome complex / positive regulation of smoothened signaling pathway / protein deubiquitination / midbrain development / endopeptidase inhibitor activity / proteasome binding / regulation of chromosome organization / regulation of DNA replication / regulation of embryonic development / regulation of DNA repair / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of DNA repair / telomere maintenance / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / UCH proteinases / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA recombination / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / DNA repair / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #860 / Ubiquitinyl hydrolase, UCH37 type / Ubiquitinyl hydrolase-L5 / Peptidase C12, C-terminal domain / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases / Ubiquitin C-terminal Hydrolase UCH-l3 / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase superfamily / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1 / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #860 / Ubiquitinyl hydrolase, UCH37 type / Ubiquitinyl hydrolase-L5 / Peptidase C12, C-terminal domain / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases / Ubiquitin C-terminal Hydrolase UCH-l3 / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase superfamily / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1 / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of human Uch37.
著者: Burgie, S.E. / Bingman, C.A. / Soni, A.B. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2009年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月10日Group: Database references
改定 1.32013年1月9日Group: Database references
改定 1.42013年1月23日Group: Database references
改定 1.52013年6月19日Group: Database references
改定 1.62017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.72021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.82023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0174
ポリマ－37,9021
非ポリマー1153
水18010
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L5
ヘテロ分子

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L5
ヘテロ分子

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L5
ヘテロ分子

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,06716
ポリマ－151,6074
非ポリマー46012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
Buried area12600 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area55120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.092, 98.736, 154.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細biological unit is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations 1; 2 x,0,0; 2 0,y,0; 2 0,0,z

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L5 / UCH-L5 / Ubiquitin thioesterase L5 / Ubiquitin C-terminal hydrolase UCH37


分子量: 37901.652 Da / 分子数: 1 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AD-019, CGI-70, UCH37, UCHL5 / プラスミド: pVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 pRARE2 / 参照: UniProt: Q9Y5K5, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN SEQUENCE MATCHES UNP ENTRY Q9Y5K5 ISOFORM 3 Q9Y5K5-3, AND DOES NOT MATCH THE ISOFORM 1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Total volume 4 ul; 5 mg/ml Uch37, 1.3 M sodium formate, 100 mM Tris, 2.5 mM BisTris, 0.15 mM TCEP, pH 8.5, hanging drop, batch, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97949, 0.97973
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979491
20.979731
Reflection冗長度: 11.4 % / Av σ(I) over netI: 33.6 / 数: 178965 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.49 / D res high: 2.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15698 / % possible obs: 86.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.925099.710.0563.34211.7
4.75.9210010.0691.70812.3
4.114.710010.0661.25512.4
3.734.1110010.0811.25812.5
3.463.7399.910.1141.12112.1
3.263.4695.410.1491.14410.9
3.13.2681.610.2171.07910.6
2.963.169.110.2781.01510.3
2.852.9660.110.3910.97210.1
2.752.8552.710.470.9388.7
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 15698 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.488 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 936 / Χ2: 0.938 / % possible all: 52.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.7545.0600140031693
ISO_22.7545.060.970.996135951665
ANO_12.7545.062.0150135080
ANO_22.7545.060.7940133700
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_111.89-45.060016595
ISO_18.55-11.890030599
ISO_17.03-8.550042095
ISO_16.1-7.030049799
ISO_15.47-6.100568103
ISO_15-5.470062995
ISO_14.63-500684102
ISO_14.34-4.630075396
ISO_14.09-4.340078097
ISO_13.88-4.090085099
ISO_13.7-3.880088798
ISO_13.55-3.70093196
ISO_13.41-3.550095897
ISO_13.28-3.410097385
ISO_13.17-3.280092676
ISO_13.07-3.170082864
ISO_12.98-3.070079057
ISO_12.9-2.980072553
ISO_12.82-2.90070146
ISO_12.75-2.820063341
ANO_111.89-45.064.96901640
ANO_18.55-11.894.76203050
ANO_17.03-8.555.54704200
ANO_16.1-7.035.38504970
ANO_15.47-6.14.44405680
ANO_15-5.473.7106290
ANO_14.63-53.06606840
ANO_14.34-4.632.61307530
ANO_14.09-4.341.98607800
ANO_13.88-4.091.69608500
ANO_13.7-3.881.46208870
ANO_13.55-3.71.02809310
ANO_13.41-3.550.79409460
ANO_13.28-3.410.68909210
ANO_13.17-3.280.58708470
ANO_13.07-3.170.48807740
ANO_12.98-3.070.45207290
ANO_12.9-2.980.38706730
ANO_12.82-2.90.32706220
ANO_12.75-2.820.25405280
ISO_211.89-45.062.4361.96516595
ISO_28.55-11.892.3641.98230599
ISO_27.03-8.552.2441.73842095
ISO_26.1-7.032.0641.549799
ISO_25.47-6.11.8031.39568103
ISO_25-5.471.4670.99462995
ISO_24.63-51.2090.699684102
ISO_24.34-4.631.0350.66475396
ISO_24.09-4.340.8650.51378097
ISO_23.88-4.090.7610.55185099
ISO_23.7-3.880.6740.39188798
ISO_23.55-3.70.5410.28793196
ISO_23.41-3.550.4270.2795396
ISO_23.28-3.410.3360.21394582
ISO_23.17-3.280.3070.18884570
ISO_23.07-3.170.260.15276860
ISO_22.98-3.070.2110.09773555
ISO_22.9-2.980.1870.12868546
ISO_22.82-2.90.1630.07664444
ISO_22.75-2.820.1350.10455138
ANO_211.89-45.063.23601640
ANO_28.55-11.893.10803050
ANO_27.03-8.553.60104200
ANO_26.1-7.033.49404970
ANO_25.47-6.12.55505680
ANO_25-5.472.05606290
ANO_24.63-51.56406840
ANO_24.34-4.631.32207530
ANO_24.09-4.340.93207800
ANO_23.88-4.090.67208500
ANO_23.7-3.880.54908870
ANO_23.55-3.70.38809310
ANO_23.41-3.550.30509440
ANO_23.28-3.410.24609140
ANO_23.17-3.280.21208250
ANO_23.07-3.170.16807570
ANO_22.98-3.070.14707040
ANO_22.9-2.980.13606350
ANO_22.82-2.90.11206100
ANO_22.75-2.820.09805130
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
120.7361.04-38.76SE95.291.45
23.76710.176-33.344SE76.671.07
33.965-11.156-42.506SE82.191.08
48.40513.682-24.407SE1011.09
537.467-44.047-68.382SE206.741.72
626.465-14.079-50.777SE94.730.79
713.272-14.598-60.73SE244.870.94
8-8.815-5.983-146.931SE284.671.65
9-26.65-23.542-24.61SE155.50.61
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 15695
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
9.43-100520.851507
7.4-9.4348.20.925503
6.44-7.449.80.9504
5.83-6.4452.40.898506
5.4-5.8349.20.902503
5.07-5.452.40.903520
4.8-5.0752.20.907517
4.57-4.855.10.907557
4.37-4.5756.30.918588
4.19-4.3761.70.888593
4.04-4.1964.10.875628
3.89-4.0464.40.874634
3.77-3.89670.851662
3.65-3.7772.20.84694
3.55-3.6579.40.82705
3.45-3.5575.90.808740
3.36-3.4581.40.757732
3.28-3.3681.50.787703
3.2-3.2881.50.757659
3.13-3.280.20.778666
3.07-3.13840.779620
3-3.0786.40.775578
2.94-382.80.774541
2.89-2.9487.90.75516
2.84-2.8985.30.714505
2.75-2.8489.50.696814

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.95→45.56 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / SU ML: -0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS refinement was included
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 682 4.94 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 13796 92.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.343 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 344.77 Å2 / Biso mean: 107.038 Å2 / Biso min: 41.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.611 Å2-0 Å20 Å2
2---14.279 Å2-0 Å2
3---26.329 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→45.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2273 0 7 10 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0923141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.634874
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.1780.2781270.2481959208671
3.178-3.4970.2671410.2152575271693
3.497-4.0030.1991340.17727962930100
4.003-5.0430.2131370.15428372974100
5.043-45.5650.251430.21929473090100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.78832.05470.58061.186-0.57712.3298-0.69390.24960.249-0.52290.5125-0.1195-0.62240.31530.22840.71210.00510.01910.44880.03380.687582.317888.594435.0592
23.9588-1.60687.93512.38020.04426.22082.6093-1.3311.23590.08511.2132-2.21981.54970.0178-3.95751.13260.0701-0.00531.4816-0.15051.630994.903870.235734.4067
32.91472.4722-1.66352.59991.46484.5624-0.4990.1507-0.631-0.14340.2680.50740.6608-0.20540.21980.6674-0.02170.05060.50930.04410.869173.603375.912831.4822
45.03932.36733.18575.7594-0.5411.61060.0389-0.186-1.07850.7222-0.3258-0.57240.3164-0.04640.24510.72110.0919-0.02070.6220.05770.761886.58777.344343.3157
51.5159-2.0645-0.45832.59122.27451.9874-0.20260.1313-0.5199-0.4262-0.03320.233-0.3663-0.24360.17370.42670.0488-0.0340.29710.13150.703178.1351104.811842.3369
61.2854-1.0548-8.48983.60242.17267.3023-0.3666-1.92740.58061.50581.29020.61951.26852.6499-0.70931.86810.4128-0.17321.25750.05390.643391.940694.30997.2298
78.09421.4977-3.76735.0016-1.3714-2.54611.55811.46680.0368-1.6392-2.0605-0.17131.93783.62640.57451.17390.47650.01252.5179-0.2390.6795104.64596.9035-6.962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 7:56)A7 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 57:65)A57 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 66:163)A66 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 164:216)A164 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 217:284)A217 - 284
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 285:302)A285 - 302
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 303:311)A303 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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