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Yorodumi- PDB-3ihm: Structure of the oxygenase component of a Pseudomonas styrene mon... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ihm | ||||||
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Title | Structure of the oxygenase component of a Pseudomonas styrene monooxygenase | ||||||
Components | Styrene monooxygenase A | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / anti-parallel beta strands / dimer / cavity | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIRAS, molecular replacement / MIRAS / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Rosenzweig, A.C. / Ukaegbu, U.E. / Gassner, G. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2010 Title: Structure and ligand binding properties of the epoxidase component of styrene monooxygenase Authors: Ukaegbu, U.E. / Kantz, A. / Beaton, M. / Gassner, G.T. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ihm.cif.gz | 179.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ihm.ent.gz | 140.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ihm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ihm_validation.pdf.gz | 435.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ihm_full_validation.pdf.gz | 442.6 KB | Display | |
Data in XML | 3ihm_validation.xml.gz | 34.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3ihm_validation.cif.gz | 51.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/3ihm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/3ihm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48115.219 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (bacteria) / Strain: S12 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O33471*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 30% (w/v) PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 8 % / Av σ(I) over netI: 30.88 / Number: 168337 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.94 / D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 21093 / % possible obs: 98.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.27→50 Å / Num. obs: 48378 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.204 / Net I/σ(I): 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing |
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Phasing MR | Rfactor: 34.2 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Phasing MIR der | Resolution: 0→0.24 Å / Power acentric: 0.11 / Power centric: 3.02 / Reflection acentric: 18 / Reflection centric: 3 | |||||||||
Phasing MIR der shell | Highest resolution: 0 Å / Lowest resolution: 0.24 Å / Power acentric: 0.42 / Power centric: 8.92 / Reflection acentric: 2 / Reflection centric: 12 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIRAS, molecular replacement / Resolution: 2.3→42.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.233 / WRfactor Rwork: 0.196 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 14.625 / SU ML: 0.161 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.228 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.37 Å2 / Biso mean: 18.854 Å2 / Biso min: 2.06 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→42.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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