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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3igh
タイトル
Crystal structure of an uncharacterized metal-dependent hydrolase from pyrococcus horikoshii ot3
要素
UNCHARACTERIZED METAL-DEPENDENT HYDROLASE
キーワード
HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / AMIDOHYDROLASE / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報
endodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds 類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #70 / YtcJ like / TatD deoxyribonuclease family signature 1. / Deoxyribonuclease, TatD-related, conserved site / Amidohydrolase 3 / Amidohydrolase family / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily ...Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #70 / YtcJ like / TatD deoxyribonuclease family signature 1. / Deoxyribonuclease, TatD-related, conserved site / Amidohydrolase 3 / Amidohydrolase family / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
Amidohydro_3 domain-containing protein 類似検索 - 構成要素
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 56472 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 35.634 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELXD
位相決定
REFMAC
5.3.0034
精密化
DENZO
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.91 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21234
1742
3.1 %
RANDOM
Rwork
0.17812
-
-
-
obs
0.17915
54563
99.85 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK