[日本語] English
万見
- PDB-3igc: Smallpox virus topoisomerase-DNA transition state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3igc
タイトルSmallpox virus topoisomerase-DNA transition state
要素
  • 5'-D(*AP*TP*TP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*GP*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*T)-3'
  • DNA topoisomerase 1
キーワードIsomerase/DNA / topoisomerase / protein-dna complex / poxvirus / isomerase / ATP-binding / DNA-binding / Late protein / Nucleotide-binding / Isomerase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / virion component / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase I, N-terminal, viral / Viral DNA topoisomerase I, N-terminal / Viral Topoisomerase I / DNA topoisomerase I domain / DNA topoisomerase I, N-terminal / Topoisomerase (Topo) IB-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase I, active site / Topoisomerase (Topo) IB-type active site signature. / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 ...DNA topoisomerase I, N-terminal, viral / Viral DNA topoisomerase I, N-terminal / Viral Topoisomerase I / DNA topoisomerase I domain / DNA topoisomerase I, N-terminal / Topoisomerase (Topo) IB-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase I, active site / Topoisomerase (Topo) IB-type active site signature. / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha-helical subdomain, eukaryotic-type / Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Variola virus (天然痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Perry, K. / Hwang, Y. / Bushman, F.D. / Van Duyne, G.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Insights from the Structure of a Smallpox Virus Topoisomerase-DNA Transition State Mimic.
著者: Perry, K. / Hwang, Y. / Bushman, F.D. / Van Duyne, G.D.
履歴
登録2009年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 1
B: 5'-D(*GP*TP*GP*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*TP*TP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4855
ポリマ－46,3704
非ポリマー1151
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.999, 103.999, 93.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-468-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 1 / DNA topoisomerase I


分子量: 36617.449 Da / 分子数: 1 / 変異: C100S,C211S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Variola virus (天然痘ウイルス)
株: Western Reserve / 遺伝子: H6R, I6R, TOP1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32989, EC: 5.99.1.2

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*GP*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*T)-3'


分子量: 3316.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide Synthesized by Yale Keck Facility
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*TP*CP*C)-3'


分子量: 1454.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide Synthesized by Yale Keck Facility
#4: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*A)-3'


分子量: 4981.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide Synthesized by Yale Keck Facility

-
非ポリマー , 2種, 427分子

#5: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 294 K / pH: 7.4
詳細: pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月7日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 27692 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H7G EXCLUDING DNA DOWNSTREAM OF CLEAVAGE SITE AND AMINO ACID RESIDUES 240-314

2h7g


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 9.758 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1490 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.18 27692 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2587 647 3 426 3663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223371
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.742.2054678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7545314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80923.667120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.87415506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2321515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7151.51569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26122570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10331802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9174.52108
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 121 -
Rwork0.203 2044 -
obs--98.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.68420.9131.77461.41970.05033.8655-0.1875-0.00960.17150.01790.13680.2210.0191-0.22650.05070.1558-0.01250.00750.02870.01790.11018.3383-13.367911.4861
24.141-1.65971.12342.3162-0.4873.0408-0.2663-0.23810.03250.24310.0355-0.1924-0.07130.31520.23080.18990.01030.01260.06820.03480.046736.9491-16.411135.3506
32.77470.33190.46025.3890.83854.8227-0.5186-0.80720.92690.79370.10590.0805-1.04-0.33310.41260.58760.2189-0.23940.2789-0.24840.381426.40734.029141.3075
45.20030.41691.01614.4763-0.42784.14920.1252-0.0078-0.187-0.255-0.2310.28430.07130.10270.10570.11470.01260.00270.0135-0.0120.041124.1357-14.639521.5881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2A75 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3A219 - 314
4X-RAY DIFFRACTION4A501 - 532

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る