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- PDB-3ig9: Small outer capsid protein (SOC) of bacteriophage RB69 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ig9
タイトルSmall outer capsid protein (SOC) of bacteriophage RB69
要素Soc small outer capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Alpha/Beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, decoration
類似検索 - 分子機能
Small outer capsid protein Soc / Small outer capsid protein / Small outer capsid protein superfamily / Small outer capsid protein / Outer Surface Protein A; domain 3 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Small outer capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, Q. / Fokine, A. / O'Donnell, E. / Rao, V.B. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Small Outer Capsid Protein, Soc: A Clamp for Stabilizing Capsids of T4-like Phages
著者: Qin, L. / Fokine, A. / O'Donnell, E. / Rao, V.B. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2009年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soc small outer capsid protein
B: Soc small outer capsid protein
C: Soc small outer capsid protein
D: Soc small outer capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5308
ポリマ－34,2544
非ポリマー2764
水5,567309
1
A: Soc small outer capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6332
ポリマ－8,5641
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Soc small outer capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6332
ポリマ－8,5641
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Soc small outer capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6332
ポリマ－8,5641
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Soc small outer capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6332
ポリマ－8,5641
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.128, 49.128, 198.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細Authors state that the protein forms trimers in virus but is monomer in solution.

-
要素

#1: タンパク質
Soc small outer capsid protein


分子量: 8563.533 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
遺伝子: soc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Y5B1
#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 8000; 0.1 M imidazole; 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→32 Å / Num. all: 21202 / Num. obs: 21202 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 33.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→32.312 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2293 1135 5.35 %RANDOM
Rwork0.1811 ---
obs0.1837 21200 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.332 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2348 0 20 309 2677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7643313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.091834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.98650.27881640.20722455X-RAY DIFFRACTION99
1.9865-2.09120.27551280.18412509X-RAY DIFFRACTION100
2.0912-2.22220.23141220.17852537X-RAY DIFFRACTION99
2.2222-2.39370.2381440.18322473X-RAY DIFFRACTION99
2.3937-2.63450.25761680.18992503X-RAY DIFFRACTION100
2.6345-3.01540.26241400.19822519X-RAY DIFFRACTION100
3.0154-3.79820.22821380.16332537X-RAY DIFFRACTION100
3.7982-32.31670.1661310.1642532X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.4141-0.5662-0.62640.9094-0.46141.4036-0.09160.2432-0.02580.01770.0395-0.11340.03790.1477-0.02360.0591-0.04380.00920.1954-0.07190.0941-8.26721.4511110.1074
22.21740.0134-0.39321.25170.90160.5707-0.15390.11590.12890.22670.18710.27250.0249-0.3541-0.13210.1780.11080.04810.22130.08250.1473
32.7279-1.1131-0.5791.41280.42350.92310.0986-0.0382-0.20420.026-0.10860.2543-0.1155-0.07870.03390.08950.01620.01820.0954-0.00970.1251
41.0083-0.60991.0461.5675-0.44020.29060.11230.10970.1391-0.0181-0.1639-0.21-0.00120.15390.00850.1414-0.0050.03190.11840.01760.1095
精密化 TLSグループSelection details: chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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