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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ift
タイトルCrystal structure of glycine cleavage system protein H from Mycobacterium tuberculosis, using X-rays from the Compact Light Source.
要素Glycine cleavage system H protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / NIAID / DECODE / UW / SBRI / GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Lipoyl / methylamine binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycine cleavage system H-protein, subgroup / Glycine cleavage system H-protein / Glycine cleavage system H-protein/Simiate / Glycine cleavage H-protein / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif ...Glycine cleavage system H-protein, subgroup / Glycine cleavage system H-protein / Glycine cleavage system H-protein/Simiate / Glycine cleavage H-protein / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine cleavage system H protein / Glycine cleavage system H protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Staker, B. / Mayer, C. / Phan, I. / Kelley, A. / Analau, E. / Leibly, D. / Rifkin, J. / Loewen, R. ...Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Staker, B. / Mayer, C. / Phan, I. / Kelley, A. / Analau, E. / Leibly, D. / Rifkin, J. / Loewen, R. / Ruth, R.D. / Stewart, L.J. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2010
タイトル: X-ray structure determination of the glycine cleavage system protein H of Mycobacterium tuberculosis using an inverse Compton synchrotron X-ray source.
著者: Abendroth, J. / McCormick, M.S. / Edwards, T.E. / Staker, B. / Loewen, R. / Gifford, M. / Rifkin, J. / Mayer, C. / Guo, W. / Zhang, Y. / Myler, P. / Kelley, A. / Analau, E. / Hewitt, S.N. / ...著者: Abendroth, J. / McCormick, M.S. / Edwards, T.E. / Staker, B. / Loewen, R. / Gifford, M. / Rifkin, J. / Mayer, C. / Guo, W. / Zhang, Y. / Myler, P. / Kelley, A. / Analau, E. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Kuhn, P. / Ruth, R.D. / Stewart, L.J.
履歴
登録2009年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine cleavage system H protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2451
ポリマ－15,2451
非ポリマー00
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Glycine cleavage system H protein

A: Glycine cleavage system H protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4892
ポリマ－30,4892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.450, 51.010, 32.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glycine cleavage system H protein


分子量: 15244.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: GCHV, gcvH, MT1874, MTCY1A11.17c, Rv1826 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50607, UniProt: P9WN55*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 1.5M SODIUM CITRATE, 50MM BISTRIS PH 6.3; MYTUD.01046.A AT 27MG/ML, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 0.81836 / 波長: 0.81836 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81836 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 9535 / Num. obs: 9535 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 10.17
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 710 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3hgb

3hgb


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 4.539 / SU ML: 0.129 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE riding position
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 459 4.8 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.185 9535 98.9 %-
all-9535 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20.21 Å2
2--0.76 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数999 0 0 161 1160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.9591405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85831526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1825137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.10325.58143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.98815145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.186154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9191.5676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2111.5278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66821089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3523346
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6774.5315
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 28 -
Rwork0.21 676 -
obs--99.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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