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- PDB-3iev: Crystal Structure of ERA in Complex with MgGNP and the 3' End of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iev
タイトルCrystal Structure of ERA in Complex with MgGNP and the 3' End of 16S rRNA
要素
  • 5'-R(P*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*A)-3'
  • GTP-binding protein era
キーワードNucleotide binding protein/RNA / ERA / GTPase / KH domain / anti-SD / 16S rRNA / 30S ribosome assembly / GTP-binding / Nucleotide-binding / RNA-binding / Nucleotide binding protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein Era / Era-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Era-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / K homology (KH) domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 ...GTP-binding protein Era / Era-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Era-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / K homology (KH) domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / RNA / RNA (> 10) / GTPase Era
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tu, C. / Ji, X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of ERA in complex with the 3' end of 16S rRNA: implications for ribosome biogenesis
著者: Tu, C. / Zhou, X. / Tropea, J.E. / Austin, B.P. / Waugh, D.S. / Court, D.L. / Ji, X.
履歴
登録2009年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein era
D: 5'-R(P*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1585
ポリマ－38,5152
非ポリマー6433
水4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.600, 71.600, 43.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-477-

HOH

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 GTP-binding protein era


分子量: 34822.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: genomic DNA / 遺伝子: aq_1994, era, era1 / プラスミド: pBA1971 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O67800
#2: RNA鎖 5'-R(P*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*A)-3'


分子量: 3693.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The RNA has been commercially synthesized.

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非ポリマー , 4種, 248分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Cacodylate and 30% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 27880 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0057精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WF3

1wf3


解像度: 1.9→23.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.555 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22747 1428 5.1 %RANDOM
Rwork0.18321 ---
obs0.18546 26655 98.51 %-
all-27880 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.738 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20.17 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2395 224 38 245 2902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222869
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1112.133974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7975336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.84324.28698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79215519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2481518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3811.51569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72722599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.12231300
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8614.51357
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 84 -
Rwork0.271 1787 -
obs--89.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22790.37930.05581.26670.0263.11950.0119-0.1148-0.02990.1244-0.01920.03670.2268-0.15450.00730.0099-0.028-0.0807-0.22650.0133-0.0596-18.82331.109-4.358
23.14110.10780.08711.592-0.05981.06030.00290.05010.06850.0561-0.0451-0.0678-0.1554-0.01220.04220.0338-0.0021-0.1054-0.25420.0251-0.0499-13.27652.121-21.132
37.3093-3.06230.3214.4960.73290.8625-0.0869-0.11121.0472-0.0610.2641-0.3627-0.25020.1915-0.17720.0149-0.0554-0.0425-0.13290.0980.0947-6.27263.159-24.255
412.5713.510917.94166.82955.402630.7568-0.0404-0.1020.12160.10350.12450.1183-0.5182-0.2613-0.08410.036-0.0193-0.0349-0.1279-0.028-0.0239-14.33341.964-2.208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2A186 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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