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- PDB-3idv: Crystal structure of the a0a fragment of ERp72 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3idv
タイトルCrystal structure of the a0a fragment of ERp72
要素Protein disulfide-isomerase A4
キーワードISOMERASE / thioredoxin-like fold / Disulfide bond / Endoplasmic reticulum / Redox-active center
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity => GO:0015035 / protein disulfide-isomerase / protein disulfide isomerase activity / protein secretion / chaperone-mediated protein folding / response to endoplasmic reticulum stress / cell redox homeostasis / melanosome / protein folding / endoplasmic reticulum lumen ...protein-disulfide reductase activity => GO:0015035 / protein disulfide-isomerase / protein disulfide isomerase activity / protein secretion / chaperone-mediated protein folding / response to endoplasmic reticulum stress / cell redox homeostasis / melanosome / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Protein disulphide-isomerase A4 / Protein disulfide-isomerase A4, TRX-like domain b / Protein disulphide isomerase / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain ...Protein disulphide-isomerase A4 / Protein disulfide-isomerase A4, TRX-like domain b / Protein disulphide isomerase / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein disulfide-isomerase A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kozlov, G. / Gehring, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Catalytic a(0)a Fragment of the Protein Disulfide Isomerase ERp72.
著者: Kozlov, G. / Azeroual, S. / Rosenauer, A. / Maattanen, P. / Denisov, A.Y. / Thomas, D.Y. / Gehring, K.
履歴
登録2009年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein disulfide-isomerase A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0044
ポリマ－26,8371
非ポリマー1663
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.883, 54.883, 166.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Protein disulfide-isomerase A4 / Protein ERp-72 / ERp72


分子量: 26837.305 Da / 分子数: 1 / 断片: a0a catalytic domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDIA4, ERP70, ERP72 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P13667, protein disulfide-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.01M zinc chloride, 20% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9995 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 18326 / Num. obs: 18308 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 1284 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2b5e

2b5e


解像度: 1.95→45.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.057 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24577 990 5.1 %RANDOM
Rwork0.2064 ---
obs0.20841 18308 99.87 %-
all-18326 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.472 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 3 71 1928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.9812584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2755233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.63125.23386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.88215324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.067158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2818
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21302
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2440.287
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1350.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2690.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9351.51210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57321918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4523788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0764.5666
LS精密化 シェル解像度: 1.954→2.004 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 77 -
Rwork0.188 1284 -
obs--98.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.760.73830.31582.76770.861.801-0.01190.02910.0213-0.10340.0564-0.0197-0.0445-0.052-0.04450.0630.02390.00030.04490.02450.047512.4165-24.742819.9515
22.81920.6673-0.58125.1850.60472.64670.09940.1830.01360.07610.0734-0.7018-0.03240.0653-0.1729-0.01350.0016-0.030.0411-0.01170.0721-14.6925-14.241831.3842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A54 - 176
2X-RAY DIFFRACTION2A177 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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