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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3icb | |||||||||
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タイトル | THE REFINED STRUCTURE OF VITAMIN D-DEPENDENT CALCIUM-BINDING PROTEIN FROM BOVINE INTESTINE. MOLECULAR DETAILS, ION BINDING, AND IMPLICATIONS FOR THE STRUCTURE OF OTHER CALCIUM-BINDING PROTEINS | |||||||||
要素 | CALCIUM-BINDING PROTEIN | |||||||||
キーワード | CALCIUM-BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin D binding / calcium-dependent protein binding / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / extracellular space / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Szebenyi, D.M.E. / Moffat, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: The refined structure of vitamin D-dependent calcium-binding protein from bovine intestine. Molecular details, ion binding, and implications for the structure of other calcium-binding proteins. 著者: Szebenyi, D.M. / Moffat, K. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1981 タイトル: Structure of Vitamin D-Dependent Calcium-Binding Protein from Bovine Intestine 著者: Szebenyi, D.M.E. / Obendorf, S.K. / Moffat, K. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975 タイトル: Preliminary Crystallographic Data for a Calcium Binding Protein from Bovine Intestine 著者: Moffat, K. / Fullmer, C.H. / Wasserman, R.H. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1981 タイトル: The Amino Acid Sequence of Bovine Intestinal Calcium-Binding Protein 著者: Fullmer, C.S. / Wasserman, R.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3icb.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3icb.ent.gz | 17.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3icb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3icb_validation.pdf.gz | 422.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3icb_full_validation.pdf.gz | 424.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3icb_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3icb_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3icb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3icb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8510.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02633 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE MOLECULE CONTAINS TWO CALCIUM BINDING LOOPS - I-II (CB1) AND III-IV (CB2) COMPRISING RESIDUES ...THE MOLECULE CONTAINS TWO CALCIUM BINDING LOOPS - I-II (CB1) AND III-IV (CB2) COMPRISING | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 |
溶液の組成 | *PLUS 一般名: ammonium sulfate |
-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→9 Å / Rfactor Rwork: 0.178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 2350 / Rfactor obs: 0.178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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