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- PDB-3iag: CSL (RBP-Jk) bound to HES-1 nonconsensus site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iag
タイトルCSL (RBP-Jk) bound to HES-1 nonconsensus site
要素
  • 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'
  • Recombining binding protein suppressor of hairless
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / signaling / transcription / Notch / Activator / Alternative splicing / DNA-binding / Notch signaling pathway / Nucleus / Repressor / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


determination of heart left/right asymmetry / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / regulation of generation of precursor metabolites and energy / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / secondary heart field specification ...determination of heart left/right asymmetry / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / regulation of generation of precursor metabolites and energy / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / secondary heart field specification / pulmonary valve development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / sebaceous gland development / endocardium morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / aortic valve development / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of transcription of Notch receptor target / Notch-HLH transcription pathway / heart induction / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac left ventricle morphogenesis / epidermal cell fate specification / pituitary gland development / endocardium development / atrioventricular canal development / hair follicle maturation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / regulation of epithelial cell proliferation / myeloid dendritic cell differentiation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of ossification / negative regulation of cold-induced thermogenesis / artery morphogenesis / labyrinthine layer blood vessel development / ventricular septum morphogenesis / heart looping / outflow tract morphogenesis / somatic stem cell population maintenance / hemopoiesis / negative regulation of cell differentiation / humoral immune response / epithelial to mesenchymal transition / blood vessel remodeling / cell fate commitment / somitogenesis / negative regulation of stem cell proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / B cell differentiation / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / protein-DNA complex / stem cell proliferation / neuron differentiation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell population proliferation / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain ...LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain / LAG1, DNA binding / Beta-trefoil DNA-binding domain / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / p53-like transcription factor, DNA-binding / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylitol / DNA / DNA (> 10) / Recombining binding protein suppressor of hairless
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Friedmann, D.R. / Kovall, R.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Thermodynamic and structural insights into CSL-DNA complexes.
著者: Friedmann, D.R. / Kovall, R.A.
履歴
登録2009年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*T)-3'
B: 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'
C: Recombining binding protein suppressor of hairless
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,57010
ポリマ－57,0463
非ポリマー5257
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area25840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.451, 93.137, 112.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*T)-3'


分子量: 4527.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'


分子量: 4648.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質 Recombining binding protein suppressor of hairless / J kappa-recombination signal-binding protein / RBP-J kappa


分子量: 47869.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igkjrb1, Igkrsbp, RBP-Jk, Rbpj, Rbpsuh / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31266
#5: 糖 ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol / キシリト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O5

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非ポリマー , 2種, 164分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: under oil microbatch
詳細: Magnesium Formate, PEG 3350, Xylitol, under oil microbatch, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 44865 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2-2.075.60.337100
2.07-2.155.60.252100
2.15-2.255.70.2100
2.25-2.375.70.15699.9
2.37-2.525.70.113100
2.52-2.715.70.088100
2.71-2.995.60.066100
2.99-3.425.40.05498.9
3.42-4.315.20.04598.7
4.31-304.90.03893.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.3.0020精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→24.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.821 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24336 2258 5 %RANDOM
Rwork0.19706 ---
obs0.19931 42562 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.379 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3394 609 34 158 4195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224186
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.462.1545784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5995437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.97924.125160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.14715629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9691523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.280.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21543
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4121.52198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15123453
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.81832484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.934.52323
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 148 -
Rwork0.215 2753 -
obs--87.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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