[日本語] English
万見
- PDB-3iab: Crystal structure of RNase P /RNase MRP proteins Pop6, Pop7 in a ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iab
タイトルCrystal structure of RNase P /RNase MRP proteins Pop6, Pop7 in a complex with the P3 domain of RNase MRP RNA
要素
  • P3 domain of the RNA component of RNase MRP
  • Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
  • Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
キーワードHYDROLASE/RNA / RNase P / RNase MRP / Ribonuclease P / Ribonuclease MRP / Pop6 / Pop6p / Pop7 / Pop7p / P3 / NME1 / yeast / tRNA / pre-tRNA / rRNA / Ribozyme / PROTEIN-RNA COMPLEX / ALBA / heterodimer / Coiled coil / Hydrolase / Nucleus / rRNA processing / tRNA processing / Phosphoprotein / HYDROLASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / rRNA primary transcript binding / tRNA 5'-leader removal / telomerase holoenzyme complex / maturation of 5.8S rRNA ...nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / rRNA primary transcript binding / tRNA 5'-leader removal / telomerase holoenzyme complex / maturation of 5.8S rRNA / tRNA processing / rRNA processing / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / Alba-like domain / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Perederina, A. / Esakova, O.A. / Quan, C. / Khanova, E. / Krasilnikov, A.S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Eukaryotic ribonucleases P/MRP: the crystal structure of the P3 domain
著者: Perederina, A. / Esakova, O. / Quan, C. / Khanova, E. / Krasilnikov, A.S.
履歴
登録2009年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
B: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
R: P3 domain of the RNA component of RNase MRP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4516
ポリマ－49,2543
非ポリマー1963
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
2
A: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
B: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
R: P3 domain of the RNA component of RNase MRP
ヘテロ分子

A: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
B: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
R: P3 domain of the RNA component of RNase MRP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,90112
ポリマ－98,5096
非ポリマー3926
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+3/21
Buried area17150 Å2
ΔGint-283 kcal/mol
Surface area35380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.514, 126.514, 76.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-141-

ZN

-
要素

#1: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / RNA-processing protein POP6 / RNases P/MRP 18.2 kDa subunit


分子量: 18440.576 Da / 分子数: 1 / 断片: Pop6 / 変異: L141M / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Co-expression with Pop7
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POP6, YGR030C / プラスミド: 762 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: P53218, ribonuclease P
#2: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / RNA-processing protein POP7 / RNases P/MRP 15.8 kDa subunit


分子量: 15984.972 Da / 分子数: 1 / 断片: Pop7 / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Co-expression with Pop6
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POP7, RPP2, YBR1219, YBR167C / プラスミド: 762 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: P38291, ribonuclease P
#3: RNA鎖 P3 domain of the RNA component of RNase MRP


分子量: 14828.875 Da / 分子数: 1 / 断片: P3 domain
変異: circular permutation; A49C, A50C, U59G, U60G (yeast sequence numbering). See important note regarging nucleotide numbering in the model.
由来タイプ: 合成
詳細: In vitro transcription; circular permutation of naturally occurring sequence.
参照: ribonuclease P
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE MODEL INCLUDES NUCLEOTIDES 29-50 AND 59-79 OF THE ORIGINAL YEAST P3 DOMAIN. THE CRYSTALLIZED ...THE MODEL INCLUDES NUCLEOTIDES 29-50 AND 59-79 OF THE ORIGINAL YEAST P3 DOMAIN. THE CRYSTALLIZED CONSTRUCT CONTAINS A GAAA LINKER CONNECTING G78 AND C29 (YEAST NUMBERING). IN THE MODEL, THE NUMBERING OF NUCLEOTIDES 59 TO 78 MATCHES THAT IN YEAST; THE MODEL NUCLEOTIDES 79-82 ARE THE LINKER; THE NUMBERING OF NUCLEOTIDES 83-104 IS SHIFTED RELATIVE TO THAT IN YEAST BY 54 (YEAST NUCLEOTIDE 29 IS CALLED 83 IN THE MODEL, ETC).

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 2M Ammonium Sulfate, 200 mM Potassium Chloride, 2% PEG 400, 5% D-trehalose, 2 mM Zinc Chloride, 5 mM Magnesium Chloride, 100 mM HEPES-Na, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 17601 / Num. obs: 16350 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 82.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 934 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: none

解像度: 2.7→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues 1-3, 122-128 in Pop6 (chain A) and residues 1-13, 105-124 in Pop7 (chain B) are disordered
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 821 -RANDOM
Rwork0.25 ---
all0.25 17659 --
obs0.25 16346 92.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 89.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.219 Å20 Å20 Å2
2---10.219 Å20 Å2
3---20.437 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.68 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 985 3 50 3087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.054
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.14
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.774 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 44 -
Rwork0.355 --
obs-970 92.7 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る