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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ia8 | ||||||
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タイトル | The structure of the C-terminal heme nitrobindin domain of THAP domain-containing protein 4 from Homo sapiens | ||||||
要素 | THAP domain-containing protein 4 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / beta barrel / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG / Heme / THAP domain / THAP4 / DNA-binding / Metal-binding / Phosphoprotein / Zinc-finger | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peroxynitrite isomerase activity / Isomerases; Other isomerases / nitrate metabolic process / tyrosine metabolic process / nitric oxide binding / heme binding / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.792 Å | ||||||
データ登録者 | Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2011 タイトル: Structure of the C-terminal heme-binding domain of THAP domain containing protein 4 from Homo sapiens. 著者: Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Phillips, G.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ia8.cif.gz | 83.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ia8.ent.gz | 67 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ia8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ia8_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ia8_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3ia8_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ia8_validation.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3ia8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3ia8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18671.322 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 415-577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THAP4, CGI-36, PP238 / プラスミド: PVP68K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q8WY91 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein Solution (10 mg/ml MSE protein, 0.05 M NaCl, 0.0003 M TCEP, 0.005 M HEPES pH 5) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (55% Polypropylene glycol 400, 0.1 M Triethanolamine pH 7.5) ...詳細: Protein Solution (10 mg/ml MSE protein, 0.05 M NaCl, 0.0003 M TCEP, 0.005 M HEPES pH 5) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (55% Polypropylene glycol 400, 0.1 M Triethanolamine pH 7.5). Cryoprotected with 55% Polypropylene glycol 400, 0.1 M Triethanolamine pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 18.16 / 数: 173743 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.18 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 29918 / % possible obs: 95.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 29918 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 19.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.182 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 29829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.792→35.113 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.54 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.45 Å2 / Biso mean: 24.305 Å2 / Biso min: 11.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.792→35.113 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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