PDB-3ia8: The structure of the C-terminal heme nitrobindin domain of THAP d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ia8

タイトル

The structure of the C-terminal heme nitrobindin domain of THAP domain-containing protein 4 from Homo sapiens

要素

THAP domain-containing protein 4

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / beta barrel / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG / Heme / THAP domain / THAP4 / DNA-binding / Metal-binding / Phosphoprotein / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxynitrite isomerase activity / Isomerases; Other isomerases / nitrate metabolic process / tyrosine metabolic process / nitric oxide binding / heme binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.792 Å

データ登録者

Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structure of the C-terminal heme-binding domain of THAP domain containing protein 4 from Homo sapiens.
著者: Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2009年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3ia8.ent.gz	66.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ia8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ia8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3ia8_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	3ia8_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3ia8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3ia8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jet-2 6fu9-1 4b0y-d 5fie-d 1j7j-1 4al2-3 5iqw-d 1zdr-1 5tfn-2 1dk0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.102407

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: THAP domain-containing protein 4

B: THAP domain-containing protein 4

ヘテロ分子

38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THAP domain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: THAP domain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.933, 74.694, 103.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	THAP domain-containing protein 4 分子量: 18671.322 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 415-577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THAP4, CGI-36, PP238 / プラスミド: PVP68K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q8WY91
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein Solution (10 mg/ml MSE protein, 0.05 M NaCl, 0.0003 M TCEP, 0.005 M HEPES pH 5) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (55% Polypropylene glycol 400, 0.1 M Triethanolamine pH 7.5) ...詳細: Protein Solution (10 mg/ml MSE protein, 0.05 M NaCl, 0.0003 M TCEP, 0.005 M HEPES pH 5) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (55% Polypropylene glycol 400, 0.1 M Triethanolamine pH 7.5). Cryoprotected with 55% Polypropylene glycol 400, 0.1 M Triethanolamine pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.54 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein Solution (10 mg/ml MSE protein, 0.05 M NaCl, 0.0003 M TCEP, 0.005 M HEPES pH 5) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (55% Polypropylene glycol 400, 0.1 M Triethanolamine pH 7.5) ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 18.16 / 数: 173743 / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.18 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 29918 / % possible obs: 95.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.44	50	99.6	1	0.05	1.523	5.6
3.52	4.44	100	1	0.051	1.544	6
3.08	3.52	100	1	0.065	1.223	6.1
2.8	3.08	100	1	0.091	1.15	6.1
2.6	2.8	100	1	0.121	1.19	6.1
2.44	2.6	100	1	0.139	1.213	6.1
2.32	2.44	100	1	0.155	1.15	6.1
2.22	2.32	100	1	0.173	1.103	6.1
2.13	2.22	100	1	0.201	1.153	6.1
2.06	2.13	100	1	0.236	1.103	5.9
2	2.06	97.7	1	0.264	1.078	5.8
1.94	2	94.4	1	0.302	1.113	5.5
1.89	1.94	87.4	1	0.355	1.079	5.4
1.84	1.89	82.3	1	0.416	0.922	5.1
1.8	1.84	76.2	1	0.457	0.935	4.8

反射

解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 29918 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.182 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.79-1.84	4.8	0.457	1557	0.935	76.2
1.84-1.89	5.1	0.416	1673	0.922	82.3
1.89-1.94	5.4	0.355	1795	1.079	87.4
1.94-2	5.5	0.302	1944	1.113	94.4
2-2.06	5.8	0.264	1973	1.078	97.7
2.06-2.13	5.9	0.236	2060	1.103	100
2.13-2.22	6.1	0.201	2074	1.153	100
2.22-2.32	6.1	0.173	2045	1.103	100
2.32-2.44	6.1	0.155	2055	1.15	100
2.44-2.6	6.1	0.139	2081	1.213	100
2.6-2.8	6.1	0.121	2084	1.19	100
2.8-3.08	6.1	0.091	2069	1.15	100
3.08-3.52	6.1	0.065	2121	1.223	100
3.52-4.44	6	0.051	2120	1.544	100
4.44-50	5.6	0.05	2267	1.523	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

ID	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	1.79	34.46	0	0	26335	3495
ANO_1	1.79	34.46	0.963	0	25799	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	7.82-34.46	0	262	169
ISO_1	5.6-7.82	0	520	182
ISO_1	4.59-5.6	0	689	180
ISO_1	3.99-4.59	0	837	177
ISO_1	3.57-3.99	0	954	182
ISO_1	3.26-3.57	0	1056	181
ISO_1	3.02-3.26	0	1168	183
ISO_1	2.83-3.02	0	1260	183
ISO_1	2.67-2.83	0	1335	180
ISO_1	2.53-2.67	0	1431	189
ISO_1	2.41-2.53	0	1504	181
ISO_1	2.31-2.41	0	1552	187
ISO_1	2.22-2.31	0	1657	176
ISO_1	2.14-2.22	0	1715	181
ISO_1	2.07-2.14	0	1771	187
ISO_1	2-2.07	0	1812	174
ISO_1	1.94-2	0	1808	175
ISO_1	1.89-1.94	0	1763	159
ISO_1	1.84-1.89	0	1677	140
ISO_1	1.79-1.84	0	1564	129
ANO_1	7.82-34.46	2.558	262	0
ANO_1	5.6-7.82	2.958	520	0
ANO_1	4.59-5.6	2.183	689	0
ANO_1	3.99-4.59	2.004	837	0
ANO_1	3.57-3.99	2.058	954	0
ANO_1	3.26-3.57	1.795	1056	0
ANO_1	3.02-3.26	1.64	1168	0
ANO_1	2.83-3.02	1.352	1260	0
ANO_1	2.67-2.83	1.253	1335	0
ANO_1	2.53-2.67	1.062	1431	0
ANO_1	2.41-2.53	0.917	1504	0
ANO_1	2.31-2.41	0.791	1552	0
ANO_1	2.22-2.31	0.659	1657	0
ANO_1	2.14-2.22	0.54	1714	0
ANO_1	2.07-2.14	0.501	1765	0
ANO_1	2-2.07	0.437	1791	0
ANO_1	1.94-2	0.38	1753	0
ANO_1	1.89-1.94	0.362	1675	0
ANO_1	1.84-1.89	0.348	1538	0
ANO_1	1.79-1.84	0.321	1338	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-0.486	33.124	75.79	SE	23.07	1.26
2	2.311	7.799	49.803	SE	23.1	1.26
3	9.365	64.364	52.514	SE	20.19	1.16
4	8.391	63.876	11.567	SE	25.9	1.2
5	6.923	65.001	24.109	SE	28.19	1.18
6	2.302	39.911	72.979	SE	29.77	1.15
7	3.003	40.029	4.511	SE	29.98	1.16
8	0.822	21.242	32.489	SE	29.57	1.17
9	9.364	13.339	26.409	SE	34.31	1.14
10	8.023	63.663	65.257	SE	21.58	0.96
11	7.279	18.893	5.541	SE	27.62	0.96
12	4.82	63.065	101.723	SE	31.37	1.04

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 29829

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
7.37-100	67.4	0.796	512
5.81-7.37	60.1	0.868	504
4.99-5.81	62.2	0.882	569
4.44-4.99	57.9	0.91	629
4.04-4.44	62.2	0.901	705
3.73-4.04	57.9	0.899	740
3.48-3.73	60.2	0.892	817
3.28-3.48	65	0.874	852
3.1-3.28	64.1	0.851	908
2.96-3.1	66.8	0.847	947
2.83-2.96	66.6	0.847	999
2.72-2.83	64.8	0.851	1023
2.62-2.72	65.7	0.849	1084
2.53-2.62	68.7	0.828	1099
2.44-2.53	66.6	0.829	1144
2.37-2.44	67.9	0.853	1182
2.3-2.37	69.3	0.838	1211
2.24-2.3	69.3	0.845	1235
2.18-2.24	70.9	0.863	1275
2.13-2.18	71.9	0.859	1316
2.08-2.13	74.2	0.86	1327
2.03-2.08	76.9	0.866	1373
1.99-2.03	78.3	0.873	1344
1.95-1.99	77.4	0.866	1366
1.91-1.95	78.1	0.859	1322
1.88-1.91	76.9	0.836	1280
1.84-1.88	78.7	0.799	1232
1.79-1.84	81	0.76	1834

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	6.1	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.792→35.113 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	1510	5.06 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.167	29830	95.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.54 Å² / k_sol: 0.349 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.45 Å² / B_iso mean: 24.305 Å² / B_iso min: 11.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.125 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.259 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.792→35.113 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2568	0	86	272	2926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2822
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.449	3883
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	496
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.337	1049

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.792-1.85	0.248	87	0.192	2017	2104	76
1.85-1.916	0.234	123	0.188	2259	2382	85
1.916-1.993	0.203	118	0.174	2490	2608	94
1.993-2.084	0.208	146	0.172	2609	2755	99
2.084-2.194	0.236	153	0.166	2648	2801	100
2.194-2.331	0.219	130	0.169	2665	2795	100
2.331-2.511	0.23	142	0.18	2654	2796	100
2.511-2.764	0.222	150	0.183	2694	2844	100
2.764-3.163	0.199	147	0.172	2685	2832	100
3.163-3.985	0.163	143	0.144	2748	2891	100
3.985-35.119	0.181	171	0.15	2851	3022	100

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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