PDB-3ia4: Moritella profunda dihydrofolate reductase (DHFR) in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ia4

タイトル

Moritella profunda dihydrofolate reductase (DHFR) in complex with NADPH and methotrexate (MTX)

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DHFR dihydrofolate reductase / NADPH / methotrexate

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Moritella profunda (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Levy, C.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2009
タイトル: Are the Catalytic Properties of Enzymes from Piezophilic Organisms Pressure Adapted?
著者: Hay, S. / Evans, R.M. / Levy, C. / Loveridge, E.J. / Wang, X. / Leys, D. / Allemann, R.K. / Scrutton, N.S.

履歴

登録	2009年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ia4.cif.gz	168.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ia4.ent.gz	133.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ia4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ia4_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ia4_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	3ia4_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	3ia4_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3ia4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3ia4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ia5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ql3-d 4p3r-d 2inq-1 6vsg-2 3dau-d 2zza-1 6nnc-1 5uio-3 2v0u-d 5z6l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (10) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

B: Dihydrofolate reductase

C: Dihydrofolate reductase

D: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

78 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

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3

C: Dihydrofolate reductase

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4

D: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

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19.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	183.870, 44.990, 97.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 18308.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moritella profunda (バクテリア) / 遺伝子: dyrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70YQ6, dihydrofolate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト分子量: 454.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / コメント: 化学療法薬*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 963 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9696 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月13日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9696 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.3 Å / Num. all: 231614 / Num. obs: 79111 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / Num. unique all: 12422 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→44.187 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1994	3920	5.03 %	Random
R_work	0.1543	-	-	-
obs	0.1566	77880	97.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.77 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.187 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5051	0	324	963	6338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	5513
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.993	7562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.634	1985
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.148	834
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	944

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7207	0.2088	136	0.1726	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7207-1.7425	0.2244	146	0.1675	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7425-1.7655	0.2248	141	0.1667	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7655-1.7896	0.2233	126	0.168	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7896-1.8152	0.2169	161	0.1734	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8152-1.8423	0.2283	138	0.1662	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8423-1.8711	0.2269	135	0.1624	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8711-1.9018	0.2113	149	0.1572	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9018-1.9346	0.231	127	0.1527	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9346-1.9697	0.2174	127	0.156	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9697-2.0076	0.1974	134	0.147	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0076-2.0486	0.206	158	0.1496	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0486-2.0931	0.2002	139	0.1555	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0931-2.1418	0.2285	155	0.1567	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1418-2.1954	0.1957	137	0.1536	2603	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1954-2.2548	0.2222	132	0.1497	2650	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2548-2.3211	0.1783	157	0.1486	2621	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3211-2.396	0.1969	149	0.1516	2597	X-RAY DIFFRACTION	97
2.396-2.4816	0.1954	136	0.1588	2672	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4816-2.581	0.2182	135	0.1628	2590	X-RAY DIFFRACTION	96
2.581-2.6984	0.2239	131	0.1682	2646	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6984-2.8407	0.2252	131	0.1747	2636	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8407-3.0186	0.2103	130	0.1648	2589	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0186-3.2516	0.1961	145	0.1505	2584	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2516-3.5787	0.1703	133	0.1368	2587	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5787-4.0963	0.1594	154	0.1288	2571	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0963-5.1596	0.164	137	0.1245	2616	X-RAY DIFFRACTION	94
5.1596-44.2015	0.198	141	0.1739	2590	X-RAY DIFFRACTION	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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