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- PDB-3ia0: Ethanolamine Utilization Microcompartment Shell Subunit, EutS-G39... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ia0
タイトルEthanolamine Utilization Microcompartment Shell Subunit, EutS-G39V mutant
要素Ethanolamine utilization protein eutS
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / protein hexamerization / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment shell protein EutS/PduU/CutR / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / BMC (bacterial microcompartment) domain / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment shell protein EutS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structure and Mechanisms of a Protein-Based Organelle in Escherichia coli.
著者: Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
履歴
登録2009年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年5月11日Group: Other
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
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改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine utilization protein eutS
B: Ethanolamine utilization protein eutS
C: Ethanolamine utilization protein eutS
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6496
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30given(0.473792, 0.27867, 0.835383), (0.012361, -0.950623, 0.310102), (0.88055, -0.136598, -0.453842)64.8153, 37.1712, -41.369801
31given(0.999908, 0.009101, 0.010104), (0.006132, -0.964938, 0.262405), (0.012137, -0.262319, -0.964905)36.1366, 17.024599, 14.9968
32given(0.504922, 0.16341, 0.847556), (-0.17534, -0.942027, 0.28608), (0.845168, -0.293058, -0.446998)33.307301, 15.3096, 24.608299
33given(-0.484467, 0.263824, 0.834079), (-0.277189, -0.950608, 0.13968), (0.829733, -0.163527, 0.533668)23.4841, 13.9564, 26.952
34given(-0.976497, 0.211705, -0.040421), (-0.21125, -0.977313, -0.015261), (-0.042735, -0.006364, 0.999066)16.0681, 14.2897, 19.4224
35given(-0.478287, 0.053401, -0.876579), (-0.027326, -0.998571, -0.045923), (-0.877778, 0.001989, 0.479063)18.9076, 15.892, 9.87586
36given(0.516448, -0.043895, -0.855193), (0.081153, -0.991682, 0.099908), (-0.852465, -0.120999, -0.508589)28.9643, 17.3549, 7.60698
37given(0.508954, 0.038251, 0.859943), (0.082535, 0.992241, -0.092983), (-0.856827, 0.1183, 0.501848)82.825996, -86.040001, 73.076698
38given(0.999934, -0.011385, 0.001751), (0.01144, 0.963695, -0.26676), (0.001349, 0.266763, 0.963761)0.103685, -96.457603, 75.910301
39given(0.508815, -0.169149, -0.844095), (-0.158715, 0.945267, -0.285095), (0.846119, 0.279031, 0.45412)-45.095402, -91.669296, 7.5483
40given(-0.485136, -0.252163, -0.837291), (-0.264968, 0.954893, -0.134055), (0.833328, 0.15682, -0.530069)-9.37491, -76.782898, -65.731796
41given(-0.978507, -0.203871, 0.030996), (-0.203242, 0.978875, 0.022288), (-0.034885, 0.015509, -0.999271)74.3741, -67.1577, -69.563202
42given(-0.482133, -0.051437, 0.874587), (-0.022085, 0.998671, 0.04656), (-0.875819, 0.003133, -0.482629)119.733002, -71.740997, -0.657814
43given(-0.512996, -0.18669, -0.837844), (-0.07487, 0.982074, -0.172987), (0.85512, -0.026013, -0.517778)21.547501, -78.379799, 10.3853
44given(-0.999968, -0.005151, 0.006145), (-0.00521, 0.99994, -0.009641), (-0.006095, -0.009673, -0.999935)23.352699, -75.966797, -5.56874
45given(-0.502873, 0.07091, 0.861446), (0.169155, 0.985432, 0.017629), (-0.847647, 0.154583, -0.507542)38.348099, -73.183701, -11.801
46given(0.478727, -0.027802, 0.877523), (0.289001, 0.948786, -0.127603), (-0.829035, 0.314693, 0.462244)51.174702, -73.014702, -3.13729
47given(0.977953, -0.207849, 0.020178), (0.204963, 0.936874, -0.283297), (0.039979, 0.281187, 0.95882)49.163399, -75.964302, 14.4507
48given(0.482565, -0.28422, -0.828462), (0.020623, 0.949309, -0.313667), (0.875617, 0.13428, 0.463965)34.3241, -78.413803, 19.3016

-
要素

#1: タンパク質 ...
Ethanolamine utilization protein eutS


分子量: 12774.759 Da / 分子数: 48 / 変異: G39V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2462, eutS, JW2446, ypfE / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P63746

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1M sodium/potassium phosphate, 12% PEG3000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.463
反射解像度: 2.5→60 Å / Num. obs: 173054 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Χ2: 1.329 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.592.60.645176670.57192.7
2.59-2.692.70.553176840.595193.1
2.69-2.822.70.396176990.715192.7
2.82-2.962.70.338176260.821192.3
2.96-3.152.70.267174071.043191.8
3.15-3.392.70.226174211.25191.4
3.39-3.732.80.185172541.748190.5
3.73-4.272.80.155170332.089189.6
4.27-5.382.80.135168042.304188.1
5.38-602.90.109164592.094186.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.2 Å58.88 Å
Translation4.2 Å58.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
PHENIX1.4_4精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I96

3i96


解像度: 2.5→58.881 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.756 / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 2011 1.3 %
Rwork0.217 --
obs0.217 154545 80.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 75.988 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.98 Å2 / Biso mean: 68.008 Å2 / Biso min: 37.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.763 Å21.573 Å2-0.625 Å2
2--57.742 Å211.539 Å2
3----30.979 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→58.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39312 0 0 0 39312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00539840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92653904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0536624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0026816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.34414400
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
12B819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
13C819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
14D819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
15E819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
16F819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
17G819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
18H819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
19I819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
110J819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
111K819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
112L819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
113M819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
114N819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
115O819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
116P819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
117Q819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
118R819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
119S819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
120T819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
121U819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
122V819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
123W819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
124X819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
125Y819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
126Z819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
127a819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
128b819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
129c819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
130d819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
131e819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
132f819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
133g819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
134h819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
135i819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
136j819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
137k819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
138l819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
139m819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
140n819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
141o819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
142p819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
143q819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
144r819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
145s819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
146t819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
147u819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
148v819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.5720.4351130.361106091072267
2.572-2.6550.3951270.356111311125870
2.655-2.750.3911260.303117301185674
2.75-2.860.3171510.308121051225676
2.86-2.990.3461530.284124471260079
2.99-3.1480.3141600.263128751303581
3.148-3.3450.2731480.245131781332683
3.345-3.6020.2131640.225135361370086
3.602-3.9640.231470.2138171396487
3.964-4.5360.1711480.161138391398787
4.536-5.7060.211560.174137181387486
5.706-28.0020.1461360.174135161365285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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