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万見
- PDB-3i8z: Crystal structure of human chromobox homolog 4 (CBX4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i8z
タイトルCrystal structure of human chromobox homolog 4 (CBX4)
要素E3 SUMO-protein ligase CBX4
キーワードTRANSCRIPTION / chromobox homolog 4 / CBX4 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Alternative splicing / Chromatin regulator / Isopeptide bond / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription regulation / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex / SUMO ligase activity / PcG protein complex / SUMO binding / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...PRC1 complex / SUMO ligase activity / PcG protein complex / SUMO binding / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / protein sumoylation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Regulation of PTEN gene transcription / methylated histone binding / SUMOylation of transcription cofactors / phosphoprotein binding / transcription corepressor activity / chromatin organization / Oxidative Stress Induced Senescence / transcription cis-regulatory region binding / single-stranded RNA binding / nuclear body / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
E3 SUMO-protein ligase CBX4 / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...E3 SUMO-protein ligase CBX4 / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 SUMO-protein ligase CBX4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Zhihong, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. ...Amaya, M.F. / Zhihong, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. / Ouyang, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human chromobox homolog 4 (CBX4)
著者: Zhihong, L. / Amaya, M.F. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. / Ouyang, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2009年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 SUMO-protein ligase CBX4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8251
ポリマ－6,8251
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.606, 58.606, 32.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 E3 SUMO-protein ligase CBX4 / Chromobox protein homolog 4 / Polycomb 2 homolog / Pc2 / hPc2


分子量: 6824.825 Da / 分子数: 1 / 断片: Chromo domain: UNP residues 8-62 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O00257
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% Isopropanol, 20% PEG 4000, 0.1 M Na Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 詳細: Rh-coated Si mirror for vertical focusing
放射モノクロメーター: Bent triangular asymmetric cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40 Å / Num. obs: 8902 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 3.677 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.5-1.554.60.2247761.66286.8
1.55-1.625.80.1898861.58999.9
1.62-1.697.10.1559151.648100
1.69-1.787.30.1248962.091100
1.78-1.897.40.118942.599100
1.89-2.047.40.0969053.468100
2.04-2.247.40.0849044.065100
2.24-2.567.40.0758964.093100
2.56-3.237.40.0649144.059100
3.23-406.90.08591610.19697.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3H91

3h91


解像度: 1.51→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 1.375 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 425 4.8 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.229 8902 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.76 Å2 / Biso mean: 21.568 Å2 / Biso min: 10.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数437 0 0 59 496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.944605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.123549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.43322.08324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.4161585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.367156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9541.5256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4732406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.383229
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9854.5199
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.55 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 31 -
Rwork0.267 622 -
all-653 -
obs--98.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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