PDB-3i8r: Crystal structure of the heme oxygenase from Corynebacterium diph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i8r

タイトル

Crystal structure of the heme oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO) in complex with heme binding ditiothreitol (DTT)

要素

Heme oxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / heme oxygenase / DTT

機能・相同性

機能・相同性情報

heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Matsui, T. / Unno, M. / Ikeda-Saito, M.

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2010
タイトル: Dioxygen activation for the self-degradation of heme: reaction mechanism and regulation of heme oxygenase.
著者: Matsui, T. / Iwasaki, M. / Sugiyama, R. / Unno, M. / Ikeda-Saito, M.

履歴

登録	2009年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i8r.cif.gz	240.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i8r.ent.gz	186.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i8r_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i8r_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3i8r_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	3i8r_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/3i8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/3i8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i9tC 3i9uC 1iw0S 1v8x S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v8x-2 4gpc-2 1wnv-1 1iw0-2 4gpc-1 4goh-d 1iw0-3 1wnx-1 1wnw-1 4gph-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heme oxygenase

B: Heme oxygenase

C: Heme oxygenase

ヘテロ分子

75.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heme oxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heme oxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Heme oxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.117, 62.563, 108.002
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Heme oxygenase 分子量: 24170.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) プラスミド: pMW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q54AI1
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 2.2M (NH4)2SO4, 50mM MES (pH6.1), 0.1% Dioxane, 0.25M Sodium Iodide with 50mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 113340 / Num. obs: 111073 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 45.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique all: 10120 / R_sym value: 0.378 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IW0

1iw0

解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.172 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22351	11109	10 %	RANDOM
R_work	0.19399	-	-	-
obs	0.19698	99940	98.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.139 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	0 Å²	0.37 Å²
2-	-	1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4957	0	198	484	5639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.03	0.021	5264
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.519	2.038	7156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.169	5	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.72	23.815	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.875	15	860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.162	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.181	0.2	746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.494	1.5	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.351	2	4896
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.732	3	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.639	4.5	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.501→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	736	-
R_work	0.273	6657	-
obs	-	-	89.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.439	0.1788	0.1145	0.9523	0.216	0.7175	0.0538	0.0194	0.0018	0.0078	-0.0381	-0.0321	0.022	0.0168	-0.0157	0.0105	0.0042	-0.0001	0.0041	0.0013	0.0015	23.8051	0.7795	-0.2233
2	0.6884	0.1823	-0.0836	0.4697	0.0019	0.4532	-0.0044	-0.0094	-0.0231	-0.0223	0.024	0.0047	-0.0143	-0.008	-0.0196	0.0046	0.0042	0.0027	0.0106	0.0055	0.0041	7.8083	16.0963	27.467
3	0.5173	-0.1291	-0.0102	0.2558	-0.179	0.7004	-0.0529	-0.0329	-0.0831	0.0435	-0.0273	-0.0274	0.0207	0.0071	0.0803	0.0134	-0.0011	0.0063	0.0234	0.019	0.0305	29.3197	5.7669	51.3382
4	3.182	4.6721	-4.3679	6.8601	-6.4135	5.9962	-0.0417	0.0758	0.0472	-0.0614	0.1108	0.0698	0.0609	-0.102	-0.0691	0.0447	0.0227	-0.0467	0.0146	-0.0236	0.0488	24.3598	-9.3286	0.6909
5	6.1052	3.5864	3.056	4.1536	1.4812	1.5779	-0.1421	0.176	0.0866	-0.1818	0.1012	0.0705	-0.0564	0.0886	0.041	0.008	-0.004	-0.003	0.0051	0.0025	0.0014	5.4372	19.354	17.9902
6	5.9503	-3.0814	-2.2928	2.9804	-1.6544	6.7154	-0.6986	-0.066	0.261	0.2911	0.0542	-0.499	0.4118	-0.0192	0.6444	0.0851	0.0066	-0.0122	0.0011	-0.0086	0.107	31.523	1.0668	60.0712
7	59.9612	25.9415	55.6629	11.2233	24.0819	51.6727	0.3708	-1.0873	0.119	0.1622	-0.4759	0.0512	0.3494	-1.0091	0.1051	0.0423	0.0275	0.0248	0.0508	0.0237	0.031	22.6911	-5.5253	-2.7945
8	2.7699	7.117	7.0881	18.29	18.2149	18.1402	-0.1196	-0.0559	0.094	-0.3183	-0.1214	0.2394	-0.3158	-0.1277	0.2411	0.0138	-0.0284	-0.0008	0.1146	-0.0142	0.0045	9.2206	20.4851	22.061
9	37.2249	-19.5031	4.3922	10.4039	-2.0717	0.8017	-0.3058	-0.4444	-0.8283	0.0809	0.2835	0.5336	-0.1334	0.0126	0.0223	0.0496	-0.017	-0.0202	0.0204	0.0399	0.0877	27.6272	4.8182	58.1965

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 213
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	307 - 515
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	607 - 813
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	901
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	902
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	903
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	2001
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2002
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2003

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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