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万見
- PDB-3i86: Crystal structure of the P60 Domain from M. avium subspecies para... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i86
タイトルCrystal structure of the P60 Domain from M. avium subspecies paratuberculosis antigen MAP1204
要素Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / ALPHA AND BETA PROTEIN / HYPOTHETICAL CYSTEINE PROTEASE
機能・相同性Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / ISOPROPYL ALCOHOL / NLPC_P60 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ramyar, K.X. / Lingle, C.K. / McWhorter, W.J. / Bouyain, S. / Bannantine, J.P. / Geisbrecht, B.V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Atypical structural features of two P60 family members from Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis
著者: Ramyar, K.X. / Lingle, C.K. / McWhorter, W.J. / Bouyain, S. / Bannantine, J.P. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2009年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8063
ポリマ－29,7462
非ポリマー601
水81145
1
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8731
ポリマ－14,8731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9332
ポリマ－14,8731
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.107, 97.107, 97.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 14872.784 Da / 分子数: 2 / 断片: P60 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
株: K-10 / 遺伝子: MAP1204, MAP_1204 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q740Y8, gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% PEG 3350, 18% 2-propanol, 0.1M NaHEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→43.43 Å / Num. obs: 12254 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 5.6 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 39.333 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rsym value: 0.199 / Net I/σ(I): 14.09
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.856 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1213 / Rsym value: 0.856 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GT2

3gt2


解像度: 2.4→43.428 Å / SU ML: 1.11 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHT / σ(F): 1.34 / σ(I): 3.9 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: USED PHENIX.REFINE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2796 585 4.8 %RANDOM
Rwork0.2203 ---
obs0.2232 12189 99.61 %-
all-12236 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.938 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.428 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 4 45 2091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.212818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.995751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.64080.2981460.24832849X-RAY DIFFRACTION99
2.6408-3.02280.33111520.23762873X-RAY DIFFRACTION100
3.0228-3.80810.2921280.21882900X-RAY DIFFRACTION100
3.8081-43.43470.20821590.17692982X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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