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- PDB-3i5c: Crystal structure of a fusion protein containing the leucine zipp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i5c
タイトルCrystal structure of a fusion protein containing the leucine zipper of GCN4 and the GGDEF domain of WspR from Pseudomonas aeruginosa
要素Fusion of General control protein GCN4 and WSPR response regulator protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / c-di-GMP / GGDEF / leucine zipper
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation ...negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / Oxidative Stress Induced Senescence / phosphorelay signal transduction system / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleotide binding / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / : / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. ...: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / : / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / General control transcription factor GCN4 / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Navarro, M.V.A.S. / De, N. / Sondermann, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Determinants for the activation and autoinhibition of the diguanylate cyclase response regulator WspR.
著者: De, N. / Navarro, M.V. / Raghavan, R.V. / Sondermann, H.
履歴
登録2009年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion of General control protein GCN4 and WSPR response regulator protein
B: Fusion of General control protein GCN4 and WSPR response regulator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4357
ポリマ－45,6492
非ポリマー2,7865
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.813, 92.813, 133.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Fusion of General control protein GCN4 and WSPR response regulator protein


分子量: 22824.746 Da / 分子数: 2 / 断片: GCN4 leucine zipper fused with GGDEF domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA3702, wspR, GCN4 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: Q9HXT9
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Magnesium formate dihydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9771 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9771 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 43985 / Num. obs: 43941 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 18.1 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 55.1
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.606 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→31.868 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / FOM work R set: 0.807 / SU ML: 1.7 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3119 7.33 %random
Rwork0.22 39421 --
obs0.223 42540 96.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.733 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 113.09 Å2 / Biso mean: 38.862 Å2 / Biso min: 17.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.793 Å20 Å2-0 Å2
2--2.793 Å2-0 Å2
3----5.585 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→31.868 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 185 292 3538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0464530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2771316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9401-1.97040.31731210.2451568X-RAY DIFFRACTION87
1.9704-2.00270.27411300.24631648X-RAY DIFFRACTION91
2.0027-2.03720.30691340.23961687X-RAY DIFFRACTION92
2.0372-2.07430.30571280.24061708X-RAY DIFFRACTION94
2.0743-2.11420.29221420.23311731X-RAY DIFFRACTION95
2.1142-2.15730.27491510.22251727X-RAY DIFFRACTION96
2.1573-2.20420.22851250.23371773X-RAY DIFFRACTION96
2.2042-2.25550.31421430.23471781X-RAY DIFFRACTION97
2.2555-2.31180.3011380.23191754X-RAY DIFFRACTION97
2.3118-2.37430.33091440.23261789X-RAY DIFFRACTION98
2.3743-2.44420.27121330.23061796X-RAY DIFFRACTION97
2.4442-2.5230.26631540.22441784X-RAY DIFFRACTION98
2.523-2.61320.28761230.2371832X-RAY DIFFRACTION99
2.6132-2.71770.32761460.24941824X-RAY DIFFRACTION99
2.7177-2.84140.27371460.23071822X-RAY DIFFRACTION99
2.8414-2.99110.29061380.24251849X-RAY DIFFRACTION99
2.9911-3.17830.26011480.23171845X-RAY DIFFRACTION100
3.1783-3.42340.25321400.21761864X-RAY DIFFRACTION100
3.4234-3.76750.24391710.20171846X-RAY DIFFRACTION100
3.7675-4.31150.21841670.1881865X-RAY DIFFRACTION100
4.3115-5.42760.20121450.18221931X-RAY DIFFRACTION100
5.4276-31.87270.23291520.21511997X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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