PDB-3i4d: Photosynthetic reaction center from rhodobacter sphaeroides 2.4.1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i4d

タイトル

Photosynthetic reaction center from rhodobacter sphaeroides 2.4.1

要素

(Reaction center protein ...) x 3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / PIGMENT-PROTEIN COMPLEX / PURPLE BACTERIA / RHODOBACTER SPHAEROIDES / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / Bacteriochlorophyll / Chlorophyll / Chromophore / Electron transport / Iron / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Reaction center / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Fujii, R. / Adachi, S. / Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W. / Koshihara, S. / Hashimoto, H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the carotenoid bound to the reaction centre from Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 revealed by time-resolved X-ray crystallography
著者: Fujii, R. / Adachi, S. / Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W. / Koshihara, S. / Hashimoto, H.

履歴

登録	2009年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i4d.cif.gz	241 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i4d.ent.gz	188.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i4d_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i4d_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	3i4d_validation.xml.gz	53.5 KB	表示
CIF形式データ	3i4d_validation.cif.gz	71.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i4d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1s00-2 4h99-d 2uwu-d 1ds8-2 1dv3-2 1aij-2 1dv6-1 1ds8-1 1qov-d 4rcr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (15) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Reaction center protein L chain

M: Reaction center protein M chain

H: Reaction center protein H chain

ヘテロ分子

112 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.800, 138.800, 184.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-538- HOH

-
Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

#1: タンパク質	Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y8
#2: タンパク質	Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit 分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y9
#3: タンパク質	Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y7

-
非ポリマー , 16種, 626分子

#4: 化合物	ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A 分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄MgN₄O₆
#5: 化合物	ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₆N₄O₆
#6: 化合物	ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) 分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₉H₉₀O₄
#7: 化合物	ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1 / ユビキノン1 分子量: 250.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈O₄
#8: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#9: 化合物	ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#10: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#11: 化合物	ChemComp-HT3 / (2R,3S)-heptane-1,2,3-triol 分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₃
#12: 化合物	ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 148.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₃
#13: 化合物	... ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#14: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#15: 化合物	ChemComp-SPO / SPHEROIDENE / (13Z)-3,4-ジデヒドロ-1,2,7′,8′-テトラヒドロ-1-メトキシ-ψ,ψ-カロテン分子量: 568.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₆₀O
#16: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#17: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#18: 化合物	ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL 分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈₁H₁₅₆O₁₇P₂ / コメント: リン脂質*YM
#19: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1M Potassium Phosphate, 90mM Sodium Chloride, 3% w/v Heptanetriol, 2% w/v Hexanetriol, 3% w/v Dioxane, 0.05% w/v LDAO, 10mM TRIS-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW14A / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月13日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→30.254 Å / Num. all: 130897 / Num. obs: 130897 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 33.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 9061 / % possible all: 67.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→30.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 6.921 / SU ML: 0.085
Isotropic thermal model: TLS AND ISOTROPIC RESTRAINED REFINEMENT
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20658	6134	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18124	-	-	-
all	0.18253	117829	-	-
obs	0.18124	117829	90.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	0.18 Å²	0 Å²
2-	-	0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→30.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6464	0	1228	553	8245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	8073
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	5747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.922	2.094	10933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.037	3.003	13697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.479	5	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.91	22.57	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.383	15	999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.895	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	8281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	5837
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.203	0.2	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	3716
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.066	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.21	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.273	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.976	1.5	4141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.305	1.5	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.626	2	6637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.58	3	3989
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.531	4.5	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.063 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	305	-
R_work	0.25	6070	-
obs	-	6070	64.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0005	0.1702	-0.3081	0.906	-0.2586	0.7865	0.0267	0.0265	0.034	-0.0249	0.0271	-0.0136	-0.0834	-0.0801	-0.0538	-0.1778	0.0492	0.0202	-0.0605	0.0259	-0.1393	-13.7493	-60.1733	64.8743
2	6.2871	3.3	7.7522	2.8561	7.3369	19.0595	-0.0639	-0.1852	0.8963	-0.2804	-0.5207	0.3538	-0.6085	-1.037	0.5846	-0.0007	-0.0018	0.001	-0.0013	0.0018	-0.0009	-10.9004	-36.6542	48.735
3	13.1258	3.2777	-3.14	10.4284	-4.849	2.4705	-0.0389	-0.1473	1.2643	1.0163	0.2311	0.5184	-0.5359	-0.0954	-0.1922	0.0001	0.0007	0.001	0.0001	0.0003	0.0001	-9.4068	-43.2063	76.8893
4	24.4974	-6.6055	-5.9707	16.6897	13.9279	11.6327	0.0167	0.0778	0.0891	-0.2152	-0.0307	-0.1347	-0.0554	0.0484	0.014	0.0001	0	0.0001	0.0002	0.0001	0	-4.3372	-62.4355	81.333
5	44.5224	4.1144	28.3712	17.3778	5.5689	18.59	0.0082	-0.03	0.0232	0.2353	-0.048	0.0415	0.1181	-0.0272	0.0398	0.0002	-0.0002	0	0.0003	0.0002	0.0002	-1.4055	-66.4852	80.8844
6	42.8198	-24.4953	18.5282	16.6495	-15.0715	15.6027	0.0088	0.1312	0.0563	-0.1283	0.0496	-0.8855	-0.0025	0.278	-0.0584	0	0.0002	-0.0003	-0.0001	0.0008	-0.0006	1.6427	-55.6734	70.9871
7	64.4127	-14.4441	-36.8142	20.7393	22.8277	33.1749	0.0099	-0.1661	0.2993	0.0853	0.0705	-0.0539	-0.0947	0.0387	-0.0804	-0.001	-0.0004	0.0005	0.0002	-0.0006	0.0003	11.6747	-62.4174	72.5927
8	16.3361	-1.6978	23.7774	11.1482	14.9417	62.2436	0.0044	-0.0235	-0.11	0.0642	-0.0205	0.1252	0.1706	-0.1041	0.0161	0.0003	-0.0003	-0.0001	0.0005	0	0.0001	-12.9152	-80.7738	63.9232
9	45.8172	-23.6586	2.7633	12.2166	-1.4269	0.1667	-0.0154	-0.0456	0.0843	0.0008	0.0062	-0.0514	0.0512	-0.0798	0.0092	-0.0003	0.0003	-0.0001	0	-0.0001	0.0004	6.7648	-59.691	74.6338
10	6.4423	-3.2248	1.9599	6.8316	9.5241	21.7479	-0.0066	-0.0008	-0.0854	0.0036	-0.0068	0.0417	0.1998	-0.1114	0.0134	0.0001	-0.0001	0	0.0001	0	0	-26.717	-64.9342	51.8355
11	12.7497	-12.1208	8.6379	25.2118	-28.9296	37.2079	-0.002	0.1559	-0.1775	-0.1249	0.0358	-0.1562	0.1196	0.1343	-0.0338	0.0002	0.0003	0	0.0001	0.0002	0	10.8578	-82.8382	54.7057
12	46.1287	14.2429	19.5613	12.4577	2.6174	9.7484	0.0284	-0.211	0.1995	0.1896	-0.0348	0.1161	-0.147	-0.0292	0.0064	0.0001	0	-0.0001	0.0003	-0.0003	0.0002	0.0769	-54.3322	84.8222
13	26.25	-30.8239	-7.9989	37.5109	17.0084	46.5053	0.0079	0.0381	0.0516	-0.0886	0.0391	-0.1157	-0.1068	0.1575	-0.047	0.0004	-0.0003	0.0001	0.0004	-0.0003	0.0005	5.8497	-52.7597	78.6681
14	52.8868	15.889	44.7326	24.7822	13.2546	37.8374	-0.0016	0.1537	-0.0216	-0.1648	0.0563	-0.1081	-0.0408	0.0878	-0.0547	0.0002	-0.0003	-0.0001	0.0006	0	0.0002	7.48	-31.3413	63.9336
15	72.7442	-59.1425	31.1668	54.0463	-14.7479	32.168	0.0315	0.1003	0.1414	-0.0944	-0.0763	-0.0773	0.0373	-0.0692	0.0448	0.0004	0.0005	0.0003	0.0008	0.0005	0.0005	-10.0405	-22.5111	47.1104
16	5.6398	-0.1162	-4.3762	56.8982	-17.8224	9.0351	0.0001	0.0438	-0.0029	-0.0137	0.0032	-0.2186	-0.0162	0.1781	-0.0032	0.0001	0	0.0002	0	0.0002	0.0004	15.0572	-85.8628	62.8213
17	22.4856	19.9193	-6.8349	24.588	-16.6546	18.2624	-0.0134	0.0473	-0.1435	-0.1124	-0.0146	-0.1043	0.142	0.0448	0.028	0.0002	0	0.0002	0.0001	0	0.0002	-6.1587	-68.9987	39.9003
18	13.6991	-3.6528	-32.5556	2.6304	9.2119	77.5378	-0.0101	0.0053	0.1073	-0.145	-0.1221	0.3186	-0.1152	-0.1519	0.1322	0.0002	0.0002	0.0001	0.0006	0	0	-31.1908	-46.9302	53.0418
19	3.279	11.6716	-1.7193	66.5862	6.7015	7.466	0.0115	-0.2164	-0.0474	0.2851	-0.007	0.0928	0.0034	-0.0771	-0.0044	0.0005	-0.0001	0.0001	0	-0.0001	0.0002	-21.0089	-31.2892	68.0491
20	30.3435	28.5606	-0.818	36.4384	14.2348	23.5824	0.0662	-0.205	-0.57	0.0785	0.0482	0.1309	0.3439	-0.1501	-0.1144	0.0001	-0.0002	0.0003	0.0002	0	-0.0001	-10.2014	-74.7851	55.7571
21	14.0366	12.6553	-18.6256	22.4564	-5.6127	36.03	0.004	0.0235	0.0426	-0.0155	0.0127	0.0884	-0.0574	-0.0797	-0.0168	0.0001	0.0001	0	0.0003	0.0001	0.0002	-27.9037	-42.6961	53.0387
22	71.1595	27.2698	7.4583	11.9531	2.9477	1.9917	-0.0054	0.1442	-0.0671	-0.1085	0.0444	-0.0376	0.0557	0.0263	-0.0389	0	-0.0001	0.0001	0.0004	-0.0005	0.0004	-9.71	-59.1216	39.065
23	48.5987	-33.6957	2.0908	58.6791	-19.0734	8.8846	0.0191	0.048	-0.0011	-0.0977	-0.0344	0.0018	0.0256	0.0118	0.0153	0.0006	0.0003	-0.0001	0.0004	-0.0001	0.0002	-17.8595	-52.9186	27.6829
24	65.9243	20.7866	42.152	26.9592	3.5579	31.5947	0.0219	-0.0837	-0.0252	0.0885	-0.026	0.0731	0.0076	-0.08	0.0041	0.0003	-0.0002	0.0001	0.0007	-0.0004	0.0003	-15.231	-68.8467	53.3358

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 281
2	X-RAY DIFFRACTION	1	M	1 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	1	H	10 - 248
4	X-RAY DIFFRACTION	1	M	601 - 603
5	X-RAY DIFFRACTION	1	L	602 - 604
6	X-RAY DIFFRACTION	1	M	401
7	X-RAY DIFFRACTION	1	L	402
8	X-RAY DIFFRACTION	1	M	500
9	X-RAY DIFFRACTION	1	M	501
10	X-RAY DIFFRACTION	1	L	502 - 503
11	X-RAY DIFFRACTION	1	H	700 - 752
12	X-RAY DIFFRACTION	1	M	701 - 742
13	X-RAY DIFFRACTION	1	L	703 - 753
14	X-RAY DIFFRACTION	1	H	261 - 550
15	X-RAY DIFFRACTION	1	M	308 - 551
16	X-RAY DIFFRACTION	1	L	282 - 553
17	X-RAY DIFFRACTION	2	M	600
18	X-RAY DIFFRACTION	3	M	800
19	X-RAY DIFFRACTION	4	H	901
20	X-RAY DIFFRACTION	5	L	902
21	X-RAY DIFFRACTION	6	M	903
22	X-RAY DIFFRACTION	7	L	904
23	X-RAY DIFFRACTION	8	L	905
24	X-RAY DIFFRACTION	9	H	906
25	X-RAY DIFFRACTION	10	M	907
26	X-RAY DIFFRACTION	11	L	908
27	X-RAY DIFFRACTION	12	H	909
28	X-RAY DIFFRACTION	13	H	910
29	X-RAY DIFFRACTION	14	M	911
30	X-RAY DIFFRACTION	15	M	912
31	X-RAY DIFFRACTION	16	L	913
32	X-RAY DIFFRACTION	17	L	914
33	X-RAY DIFFRACTION	18	L	915
34	X-RAY DIFFRACTION	19	M	916
35	X-RAY DIFFRACTION	20	L	917
36	X-RAY DIFFRACTION	21	M	918
37	X-RAY DIFFRACTION	22	L	919
38	X-RAY DIFFRACTION	23	L	920
39	X-RAY DIFFRACTION	24	L	921

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

-
非ポリマー , 16種, 626分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

-非ポリマー , 16種, 626分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

-
非ポリマー , 16種, 626分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)