PDB-3i3o: 2.06 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i3o

タイトル

2.06 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehydrogenase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' in complex with NAD-acetone

要素

Short chain dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.06 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehydrogenase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' in complex with NAD-acetone
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i3o.cif.gz	466.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i3o.ent.gz	384.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3i3o_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i3o_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	3i3o_validation.xml.gz	97.7 KB	表示
CIF形式データ	3i3o_validation.cif.gz	134.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/3i3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/3i3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ydeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ijr-1 3ijr-2 5u8p-1 2vwt-d 3r3s-d 1bdb-1 2y93-1 3svr-d 4eds-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP02499

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (4)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (3)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (2)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Short chain dehydrogenase

B: Short chain dehydrogenase

C: Short chain dehydrogenase

D: Short chain dehydrogenase

E: Short chain dehydrogenase

F: Short chain dehydrogenase

G: Short chain dehydrogenase

H: Short chain dehydrogenase

ヘテロ分子

260 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short chain dehydrogenase

B: Short chain dehydrogenase

C: Short chain dehydrogenase

D: Short chain dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Short chain dehydrogenase

F: Short chain dehydrogenase

G: Short chain dehydrogenase

H: Short chain dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.757, 168.156, 107.194
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Short chain dehydrogenase 分子量: 31676.662 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌) 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS0712, BA_0748, GBAA0748, GBAA_0748 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: Q81UV8, UniProt: A0A6L8PL20*PLUS

#1: タンパク質

Short chain dehydrogenase

分子量: 31676.662 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)
株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS0712, BA_0748, GBAA0748, GBAA_0748 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: Q81UV8, UniProt: A0A6L8PL20*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1234分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-NAE / NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE ACETONE ADDUCT 分子量: 719.488 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₁N₇O₁₅P₂
#4: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein was mixed at 1:1 v/v ratio with 30% PEG 2000 MME, 0.1M Na Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月4日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射	モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 148152 / Num. obs: 148152 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 22.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1YDE

1yde

解像度: 2.06→29.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 8.362 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20538	7388	5 %	RANDOM
R_work	0.16105	-	-	-
all	0.16326	139804	-	-
obs	0.16326	139804	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.228 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→29.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16766	0	389	1210	18365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	17967
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.664	1.989	24525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3	29078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.631	5	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.939	26.152	790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.364	15	2977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.213	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	20297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.803	1.5	11194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.26	1.5	4575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.342	2	18144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.562	3	6773
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.899	4.5	6381
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.06→2.113 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	522	-
R_work	0.198	10175	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0403	-0.5373	0.875	0.7564	0.5037	2.0997	-0.0564	-0.4244	-0.0349	0.2475	0.1267	-0.3062	0.1201	0.2159	-0.0703	0.2984	0.0082	-0.0219	0.2368	0.0581	0.2625	107.782	43.2756	72.2813
2	1.5295	-0.187	-0.2803	1.912	0.3101	1.7347	-0.1261	-0.049	-0.2017	0.1827	0.0622	-0.0265	0.2166	-0.0183	0.0639	0.0607	-0.0048	0.0447	0.0256	-0.0134	0.0756	97.1552	36.2006	57.2262
3	4.7719	1.8851	0.3694	3.251	0.153	1.5348	-0.0512	-0.0268	-0.2995	0.0316	-0.0024	-0.4509	0.1735	0.2367	0.0535	0.0359	0.0351	0.0313	0.0656	0.0061	0.1321	117.942	50.2917	52.8419
4	1.813	0.0878	-0.2473	2.1106	-0.229	0.9418	-0.0571	0.0801	-0.0007	-0.107	-0.0296	0.0138	0.0505	-0.063	0.0867	0.0237	-0.0089	0.0199	0.0456	-0.0137	0.0283	99.5955	52.1869	50.2439
5	6.1209	-3.4844	-2.4659	3.3407	2.5756	2.0083	0.0304	-0.368	0.0993	0.0957	0.3053	-0.4581	0.0796	0.2142	-0.3357	0.2672	-0.0002	-0.0611	0.3419	0.0646	0.3577	113.463	51.1332	70.6555
6	1.0345	0.4653	0.532	2.5948	0.1025	2.4084	-0.0358	-0.091	-0.0059	0.2366	-0.0393	-0.0841	0.0861	-0.0026	0.0751	0.0443	0.0081	0.0105	0.0471	-0.0076	0.0325	95.177	55.3542	63.8924
7	1.4926	-0.0099	0.4822	0.2003	-0.0753	2.7744	0.058	0.2782	0.094	-0.2013	-0.0447	0.1595	0.0886	-0.2528	-0.0134	0.2763	-0.0361	-0.063	0.3965	-0.0539	0.2883	68.9433	63.6934	53.9178
8	1.6313	0.3976	-0.0296	2.7391	0.373	1.3045	-0.0742	0.0582	-0.1419	0.0998	-0.0248	0.354	0.0744	-0.166	0.099	0.0306	-0.0168	0.0466	0.1054	-0.018	0.0936	72.2196	63.976	72.0078
9	1.106	0.3403	-0.4702	2.5769	-1.7171	3.5108	0.0142	0.0369	0.0838	0.2103	0.0364	0.2196	-0.107	-0.0856	-0.0506	0.0183	-0.0014	0.0218	0.0669	-0.0163	0.0426	80.313	76.6875	68.4868
10	1.5743	-0.0783	0.0402	2.7639	-1.059	1.82	0.0101	0.0852	-0.0483	-0.0147	0.0117	0.0071	0.1286	0.0581	-0.0217	0.0154	0.003	0.0063	0.0522	-0.015	0.0175	89.3077	70.3624	63.8375
11	4.2742	-2.2343	-1.0675	2.9248	1.5009	3.7712	0.0282	0.528	0.1653	-0.2451	-0.1204	0.1749	-0.3478	-0.2578	0.0922	0.1326	-0.0169	-0.0565	0.3401	0.0271	0.2457	72.5349	70.7284	48.604
12	1.43	0.5466	0.1972	1.921	-0.0007	2.3636	-0.0678	0.1794	-0.0297	-0.1139	-0.0165	0.0872	0.1237	-0.1397	0.0843	0.018	-0.0094	0.0063	0.0785	-0.0242	0.024	86.0205	59.6051	57.5648
13	2.6629	-0.7763	1.5738	0.3128	-0.6601	2.5228	-0.1855	-0.4384	0.2279	0.1856	0.0743	-0.0899	-0.0999	0.2309	0.1112	0.3206	-0.0188	-0.0364	0.3758	-0.0566	0.3847	113.5052	93.3078	68.5681
14	1.8637	-0.4485	-0.2822	2.3474	0.1305	1.4936	0.03	-0.0357	0.2963	0.036	0.0328	-0.2459	-0.1683	0.0442	-0.0629	0.0252	-0.0012	0.0139	0.0423	0.0058	0.0858	102.9176	100.2459	53.9785
15	2.2108	0.9489	-1.2581	3.1784	-1.7585	6.8015	0.1151	-0.188	0.1764	0.249	0.05	-0.0105	-0.1913	0.0619	-0.1651	0.0332	-0.0008	0.015	0.054	-0.0329	0.0363	92.2638	85.5799	73.2525
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 130
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6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	248 - 288
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12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	245 - 288
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	131 - 155
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25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	10 - 37
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	H	155 - 225
47	X-RAY DIFFRACTION	47	H	226 - 251
48	X-RAY DIFFRACTION	48	H	252 - 288

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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