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万見
- PDB-3i3c: Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i3c
タイトルCrystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain
要素Chromobox protein homolog 5
キーワードTRANSCRIPTION / CBX5 / Chromo Shadow Domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Centromere / Nucleus / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / histone methyltransferase complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / histone deacetylase complex / ribonucleoprotein complex binding / heterochromatin / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / transcription repressor complex ...chromocenter / histone methyltransferase complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / histone deacetylase complex / ribonucleoprotein complex binding / heterochromatin / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / transcription repressor complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / heterochromatin formation / kinetochore / histone deacetylase binding / nuclear envelope / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. ...Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromobox protein homolog 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Li, Z. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. ...Amaya, M.F. / Li, Z. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. / Ouyang, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain
著者: Li, Z. / Li, Y. / Amaya, M.F. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. / Ouyang, H.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 5
B: Chromobox protein homolog 5
C: Chromobox protein homolog 5
D: Chromobox protein homolog 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8646
ポリマ－33,8184
非ポリマー462
水63135
1
A: Chromobox protein homolog 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4782
ポリマ－8,4551
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chromobox protein homolog 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4782
ポリマ－8,4551
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Chromobox protein homolog 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4551
ポリマ－8,4551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Chromobox protein homolog 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4551
ポリマ－8,4551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.660, 126.587, 31.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 14 - 65 / Label seq-ID: 14 - 65

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Chromobox protein homolog 5 / Heterochromatin protein 1 homolog alpha / HP1 alpha / Antigen p25


分子量: 8454.536 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX5, HP1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45973
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97959 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→40 Å / Num. obs: 11761 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 2.002 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.48-2.595.30.249961.62183.9
2.59-2.695.60.20810531.724190.3
2.69-2.826.10.19311861.859199.4
2.82-2.966.50.16111831.867199.9
2.96-3.156.90.12712041.9461100
3.15-3.396.90.10811711.9631100
3.39-3.736.80.09211992.1441100
3.73-4.276.70.08812192.335199.8
4.27-5.386.60.07412402.057199.9
5.38-406.30.09313102.249197.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 25.022 / SU ML: 0.255 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 569 4.9 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.268 11716 96.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.31 Å2 / Biso mean: 25.056 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.22 Å20 Å20 Å2
2---5.28 Å20 Å2
3---11.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1762 0 2 35 1799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.9782433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9325224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.0022685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.51915314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.943157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6021.51142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08121808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9513663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0054.5625
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 346 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
ATIGHT POSITIONAL0.060.05
BTIGHT POSITIONAL0.060.05
CTIGHT POSITIONAL0.080.05
DTIGHT POSITIONAL0.050.05
ATIGHT THERMAL0.190.5
BTIGHT THERMAL0.150.5
CTIGHT THERMAL0.140.5
DTIGHT THERMAL0.140.5
LS精密化 シェル解像度: 2.483→2.548 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 30 -
Rwork0.363 627 -
all-657 -
obs--75.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.88625.42922.88167.48275.775310.6687-0.21440.90090.8473-0.86980.02490.7234-0.9183-0.15940.18950.2930.0776-0.05290.38020.02350.2079-27.35332.692-7.581
212.6978-2.0159-0.63418.57150.08145.0533-0.07010.0268-0.45760.0105-0.03160.29580.2198-0.25820.10170.20650.0073-0.00080.2742-0.03950.2351-26.59124.305-2.406
314.5374-1.3938-17.89410.53433.764422.4452-0.1861.2292-1.16571.2075-1.0769-0.20650.4262-1.81421.2630.70050.13230.13311.18990.41781.0569-27.07311.740.797
420.65444.735-6.5638.1123-6.464827.9761-0.0305-1.8735-0.74620.9893-0.3162-1.14930.16491.04050.34670.61820.0621-0.03920.47760.06450.2124-9.597-1.797.122
511.5958-0.7445-1.18959.2536-0.31244.3698-0.1287-0.09330.1398-0.084-0.0410.18130.2771-0.00570.16970.41410.0180.05570.1686-0.00720.357-11.0991.91-4.765
66.6880.4523-2.30249.5545-1.28853.3772-0.20860.14860.17080.18120.04090.5264-0.0626-0.18260.16770.3650.0160.0570.2195-0.01850.4493-17.6610.593-4.028
79.1754-1.6431-0.47779.692-0.40135.9251-0.05290.2191-0.0294-0.1564-0.174-0.43-0.38550.55690.22690.3596-0.0885-0.02050.32920.01460.4351-11.387-13.601-3.658
89.08541.1703-0.04199.9724-1.84314.0578-0.43290.29470.2675-0.3381-0.0754-0.1928-0.3504-0.00850.50830.3678-0.03580.00050.28280.03770.4322-16.927-13.75-3.829
93.2272-5.36090.313529.13922.51440.4868-0.0916-0.4976-0.30340.8432-0.02251.26260.0867-0.18090.11410.36690.1607-0.05020.7816-0.11640.7304-28.078-14.0430.28
109.4413-2.977-0.01910.3494-1.90857.8545-0.00720.2520.75170.0462-0.4256-0.3049-0.60780.3780.43290.1471-0.0771-0.02450.45340.06670.4603-43.26832.632-3.08
1110.70940.27252.04966.304-0.11934.27220.0764-0.0248-0.16360.1049-0.2849-0.25830.21490.44120.20850.222-0.0015-0.0260.42880.03670.3383-45.2627.443-2.988
1215.1769-1.6139-3.7328.31720.8021.1958-0.11920.6189-1.0526-0.8606-0.5350.34960.0617-0.22820.65420.60660.07660.04390.3099-0.07480.6534-49.27817.368-7.498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2A25 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3A70 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4B14 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5B18 - 53
6X-RAY DIFFRACTION6B54 - 73
7X-RAY DIFFRACTION7C14 - 29
8X-RAY DIFFRACTION8C30 - 68
9X-RAY DIFFRACTION9C69 - 72
10X-RAY DIFFRACTION10D14 - 29
11X-RAY DIFFRACTION11D30 - 68
12X-RAY DIFFRACTION12D69 - 72

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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