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万見
- PDB-3i39: NI,FE-CODH-320 MV+CN state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i39
タイトルNI,FE-CODH-320 MV+CN state
要素Carbon monoxide dehydrogenase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYANIDE / CLUSTER C / IRON / IRON-SULFUR / MEMBRANE / METAL-BINDING / NICKEL / Cell inner membrane / Cell membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / : / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(3)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Jeoung, J.-H. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of cyanide inhibition of Ni, Fe-containing carbon monoxide dehydrogenase
著者: Jeoung, J.H. / Dobbek, H.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2127
ポリマ－69,1921
非ポリマー1,0206
水16,033890
1
X: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子

X: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,42314
ポリマ－138,3842
非ポリマー2,03912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6950 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area38640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.279, 75.834, 71.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細-X,Y,-Z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase 2 / CODH 2


分子量: 69191.891 Da / 分子数: 1 / 変異: K3R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
株: Z-2901 / 遺伝子: CHY_0085, cooS2, cooSII / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSSETTA DE3
参照: UniProt: Q9F8A8, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)

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非ポリマー , 6種, 896分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-WCC / FE(3)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER CUBANE


分子量: 354.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3NiS4
#5: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 890 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.09 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月16日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→35 Å / Num. all: 119149 / Num. obs: 116242 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / Net I/σ(I): 14.12
反射 シェル解像度: 1.36→1.4 Å / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.36→30.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.063 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19019 5757 5 %RANDOM
Rwork0.15375 ---
obs0.15557 109407 97.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.413 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å2-0 Å2-0.68 Å2
2--0.36 Å2-0 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→30.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4670 0 24 890 5584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225218
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9861.9927262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4938597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg75758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.69325.174201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04415915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9591528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0250.0215957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0320.02934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8441.53386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1521.51377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.95425530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.49931797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.6234.51557
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.233310
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.6132
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.684310
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.395 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 417 -
Rwork0.265 7948 -
obs--96.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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