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万見
- PDB-3i35: Human SH3 domain of protein LASP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i35
タイトルHuman SH3 domain of protein LASP1
要素LIM and SH3 domain protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Actin-binding / Cytoskeleton / Ion transport / LIM domain / Metal-binding / Phosphoprotein / SH3 domain / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion transmembrane transporter activity / cortical actin cytoskeleton / monoatomic ion transport / actin filament binding / postsynapse / cadherin binding / focal adhesion / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lasp1, SH3 domain / : / Nebulin repeat / Nebulin repeat / Nebulin repeat profile. / NEBU / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type ...Lasp1, SH3 domain / : / Nebulin repeat / Nebulin repeat / Nebulin repeat profile. / NEBU / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LIM and SH3 domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Siponen, M.I. / Roos, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Siponen, M.I. / Roos, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kotzsch, A. / Kragh Nielsen, T. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Schutz, P. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Human SH3 domain of protein LASP1
著者: Siponen, M.I. / Roos, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / ...著者: Siponen, M.I. / Roos, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kotzsch, A. / Kragh Nielsen, T. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Schutz, P. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIM and SH3 domain protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6151
ポリマ－6,6151
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.348, 23.235, 44.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.47, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 LIM and SH3 domain protein 1 / LASP-1 / MLN 50


分子量: 6615.074 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LASP1, MLN50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 pRARE / 参照: UniProt: Q14847
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M tri-Na citrate dihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→40.5 Å / Num. obs: 11077 / % possible obs: 27 % / Observed criterion σ(F): 5.4 / Observed criterion σ(I): 5.3 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル最高解像度: 1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.505 / Num. unique all: 742 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RAYONICSMX-225データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→23.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.548 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22243 523 5 %RANDOM
Rwork0.20222 ---
all0.20328 ---
obs0.20328 9922 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.22 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.071 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→23.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数446 0 0 36 482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021478
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.02294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.928656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0093715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.186562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.84125.35728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7151570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.157153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2440.229
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3110.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3930.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2151.5315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3161.5122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6232478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5443207
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3574.5177
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 38 -
Rwork0.232 719 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.902 Å / Origin y: 22.486 Å / Origin z: 10.269 Å
111213212223313233
T-0.0449 Å2-0.0091 Å20.0047 Å2--0.0004 Å2-0.0107 Å2---0.0756 Å2
L4.2973 °2-1.1565 °20.5132 °2-1.7998 °2-1.273 °2--3.6822 °2
S0.1466 Å °-0.0696 Å °0.0205 Å °0.0061 Å °-0.1051 Å °0.0664 Å °0.0345 Å °0.1124 Å °-0.0414 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 29
2X-RAY DIFFRACTION1A31 - 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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