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万見
- PDB-3i2j: Cocaine Esterase, wild type, without a ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i2j
タイトルCocaine Esterase, wild type, without a ligand
要素Cocaine esterase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cocaine esterase / cocaine catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / dipeptidyl-peptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding domain-like ...alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Difference fourier / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Tesmer, J.J.G. / Nance, M.R.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2010
タイトル: Structural analysis of thermostabilizing mutations of cocaine esterase.
著者: Narasimhan, D. / Nance, M.R. / Gao, D. / Ko, M.C. / Macdonald, J. / Tamburi, P. / Yoon, D. / Landry, D.M. / Woods, J.H. / Zhan, C.G. / Tesmer, J.J. / Sunahara, R.K.
履歴
登録2009年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cocaine esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,29511
ポリマ－63,7101
非ポリマー58510
水11,205622
1
A: Cocaine esterase
ヘテロ分子

A: Cocaine esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,59022
ポリマ－127,4202
非ポリマー1,17020
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area5720 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area38980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.801, 105.801, 222.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-808-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cocaine esterase


分子量: 63710.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (バクテリア)
株: MB1 / 遺伝子: cocE / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 gold (DE3)
参照: UniProt: Q9L9D7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10mM Tris pH 7.5, 25 mM NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器日付: 2007年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 49966 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.07110.5861100
2.07-2.15110.4331100
2.15-2.25110.3341100
2.25-2.37110.2841100
2.37-2.52110.231100
2.52-2.71110.1881100
2.71-2.99110.1411100
2.99-3.4210.80.104199.9
3.42-4.3110.30.084199.9
4.31-309.80.073199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: Difference fourier
開始モデル: PDB: 1JU3

1ju3


解像度: 2.01→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / SU B: 2.491 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 2531 5.1 %RANDOM
Rwork0.16748 ---
obs0.16748 49838 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.523 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.11 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4383 0 29 622 5034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0215003
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.9566889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0325668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7423.684228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.97515758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8121540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.22225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5111.53257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84925164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.21232005
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9334.51724
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.006→2.058 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.199 3533 -
Rfree-0 -
obs--98.28 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.808 Å / Origin y: 64.846 Å / Origin z: -0.254 Å
111213212223313233
T-0.026 Å20.0147 Å20.0257 Å2--0.0729 Å20.0064 Å2---0.0253 Å2
L0.547 °20.1752 °20.2184 °2-0.4987 °20.0292 °2--0.5379 °2
S0.0399 Å °-0.0491 Å °0.015 Å °0.0444 Å °-0.0319 Å °0.0782 Å °0.0611 Å °-0.0347 Å °-0.0079 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 575
2X-RAY DIFFRACTION1A588 - 595
3X-RAY DIFFRACTION1A596 - 597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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