PDB-3i07: Crystal structure of a putative organic hydroperoxide resistance ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i07

タイトル

Crystal structure of a putative organic hydroperoxide resistance protein from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961

要素

Organic hydroperoxide resistance protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CSGID / Organic hydroperoxide resistance / NIAID / Structural Genomics / National Institute for Allergy and Infectious Disease (NIAID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

response to oxidative stress / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Nocek, B. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution structural studies of the organic hydroperoxide resistance protein from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
著者: Nocek, B. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3i07.ent.gz	59.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3i07_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i07_full_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i07	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3eerS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lus-d 6ed0-d 4axv-d 5hw3-d 3eer-1 1n2f-d 1ldi-d 6mjn-2 2z9z-d 6eb4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01325

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Organic hydroperoxide resistance protein

B: Organic hydroperoxide resistance protein

ヘテロ分子

31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.026, 76.154, 79.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Organic hydroperoxide resistance protein 分子量: 15342.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: VC_A1006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KKU4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	THERE IS UNKNOWN DENSITY FEATURES CLOSE TO THE CATALYTIC CYSTEIN RESIDUES, WHICH HAS BEEN MODELED ...THERE IS UNKNOWN DENSITY FEATURES CLOSE TO THE CATALYTIC CYSTEIN RESIDUES, WHICH HAS BEEN MODELED AS GLYCEROL RESIDUES (301,302).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 Cesium chloride 0.1 M MES 30% Jeffamine M-600, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 37820 / Num. obs: 35847 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 23.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 995 / % possible all: 52.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EER

3eer

解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.785 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.9 / σ(I): 1.9 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18454	1785	5 %	RANDOM
R_work	0.16531	-	-	-
obs	0.16626	34011	95.11 %	-
all	-	35796	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2118	0	24	275	2417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.425	1.966	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.917	3	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.864	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.642	25.632	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.046	15	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.466	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.728	1.5	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.227	1.5	618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.219	2	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.071	3	750
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.221	4.5	662
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.542 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	104	-
R_work	0.231	1696	-
obs	-	-	65.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2755	-0.7769	1.6346	10.0748	2.4104	5.1824	0.1682	0.0408	0.5117	0.1998	-0.1745	-1.2981	0.3002	0.7284	0.0063	0.1115	0.0268	0.0179	0.1571	0.0623	0.2544	3.374	1.397	-23.772
2	17.8543	-6.7529	-2.414	4.7799	0.4317	2.8343	0.363	0.3182	-0.2867	-0.3243	-0.3097	0.1968	0.3149	0.1378	-0.0533	0.1376	0.0019	-0.0254	0.0526	-0.0086	0.0656	-8.448	-2.419	-27.057
3	0.6582	-1.0873	-0.0544	1.9622	-0.0846	1.1588	0.0166	0.0513	-0.1749	0.014	-0.088	0.4364	-0.0876	-0.1327	0.0714	0.0291	0.0081	0.0195	0.1189	-0.0277	0.2274	-18.291	17.741	-25.582
4	6.5311	0.3396	3.4584	9.1942	2.5199	14.3083	0.2018	0.2051	-0.6626	-0.166	-0.1055	0.7739	0.266	-0.4992	-0.0963	0.0211	-0.0213	-0.0184	0.1115	-0.0335	0.2419	-22.819	7.599	-26.384
5	1.2865	-2.5327	0.0387	14.0466	6.6791	5.0858	-0.1003	-0.2776	-0.1935	-0.0077	0.0641	0.3459	-0.0993	-0.4173	0.0362	0.1484	0.0082	0.0844	0.1839	0.0052	0.1696	-22.741	15.377	-19.913
6	7.0437	-5.0844	4.7165	7.0094	-1.3156	4.4688	-0.6653	-0.5773	0.3079	0.2287	0.4643	-0.2327	-0.5979	-0.3723	0.201	0.168	0.1055	0.0013	0.1739	-0.0333	0.0916	-15.726	28.598	-13.149
7	7.7121	-1.663	-0.9294	4.758	-1.728	3.9572	0.1254	-0.0682	0.3378	0.0915	0.1778	0.4472	-0.3032	-0.3368	-0.3032	0.0775	0.0431	0.0239	0.0937	0.0017	0.1662	-18.816	22.424	-14.196
8	0.8116	0.1472	0.4985	2.9729	-1.4746	1.3917	-0.0322	-0.0256	-0.0084	0.0576	0.0284	0.1239	-0.0142	-0.0905	0.0038	0.0674	0.0189	0.0136	0.0723	-0.0053	0.0733	-10.413	11.901	-12.893
9	1.0659	-1.1183	0.1081	5.7203	-2.4885	1.2552	0.0296	0.0274	-0.1026	-0.0156	-0.008	0.1663	0.0096	0.0013	-0.0217	0.1205	0.0015	0.0363	0.0583	0.0089	0.0931	-6.499	-2.112	-8.533
10	4.4978	-1.2203	-3.2494	8.4509	1.0448	6.602	0.1412	0.0241	-0.1668	-0.1833	-0.0297	0.2225	-0.2854	-0.108	-0.1116	0.0921	-0.004	0.0194	0.0425	0.0117	0.0762	-6.093	-11.126	-5.032
11	3.7692	-0.3166	2.6708	13.3474	-3.239	3.6862	0.1499	-0.3761	-0.327	0.6705	0.0522	0.5907	0.185	-0.1542	-0.2021	0.127	0.0052	0.0511	0.0674	0.0305	0.0966	-12.212	0.067	-1.274
12	0.9882	2.0593	-1.7683	5.0504	-4.4616	5.0031	0.0997	-0.1024	0.1051	0.2834	-0.0504	0.1249	-0.1785	0.1038	-0.0493	0.0868	0.0095	0.0172	0.0589	-0.0109	0.0778	-4.364	20.274	-11.231
13	4.7475	6.5566	-1.6864	14.2239	-6.2927	9.0419	-0.1309	0.0702	-0.036	-0.2084	-0.0055	-0.3677	-0.0346	0.3669	0.1364	0.0605	-0.0025	-0.0023	0.0347	-0.0106	0.0665	1.449	27.053	-19.975
14	0.1921	0.8866	-0.9186	5.68	-4.2538	4.4399	0.0081	0.0117	0.0191	0.2192	0.0248	0.0026	-0.0642	-0.0703	-0.0329	0.0971	0.0079	-0.0057	0.0968	0.0005	0.092	-3.237	13.183	-7.917
15	10.9538	-2.6746	0.9295	9.5652	-5.1084	8.3526	-0.1817	0.1107	0.113	-0.0169	0.385	0.0389	-0.0169	-0.4131	-0.2033	0.3006	-0.0706	0.0171	0.1034	0.0195	0.0112	-3.226	-0.778	3.862
16	3.2413	0.5824	-1.5488	9.6641	-1.409	16.337	-0.0673	-0.264	-0.0339	0.5864	-0.2312	-0.5289	-0.5689	0.36	0.2985	0.1864	-0.0161	-0.0045	0.0733	0.0474	0.1138	2.757	-2.852	0.095
17	2.1627	-2.728	1.6759	7.2312	-0.5545	1.9411	0.0545	-0.0102	0.1368	0.0403	-0.1084	-0.3254	0.0749	-0.0645	0.0539	0.1017	0.0019	-0.0074	0.0699	0.0067	0.0791	1.85	0.889	-9.019
18	1.6053	1.0468	0.0844	2.4327	1.2851	2.2626	0.0247	0.0702	-0.0027	0.1339	-0.0345	-0.0946	0.1901	0.0002	0.0099	0.0926	0.0019	0.0019	0.0613	0.007	0.0786	-1.846	5.386	-16.493
19	0.7418	0.1784	-1.4964	1.4438	-2.0747	9.4436	0.0383	-0.0309	-0.0414	0.1984	-0.0577	-0.1368	-0.264	0.3086	0.0194	0.0658	-0.0169	-0.0176	0.0737	-0.0044	0.0972	3.38	11.846	-11.769
20	9.4343	6.3791	-6.362	10.2269	-6.5779	14.9208	0.3077	-0.629	-0.4151	0.5126	-0.6484	-0.7542	0.0565	1.0107	0.3407	0.1796	-0.0181	-0.0783	0.1278	0.0427	0.0669	1.27	6.281	1.363
21	6.6266	-6.7244	-2.846	6.8615	2.7512	1.725	-0.1043	-0.1294	0.0512	0.162	0.0557	-0.0793	-0.184	0.3067	0.0486	0.1332	-0.1106	-0.0238	0.1886	0.0222	0.1261	6.403	20.335	-19.004
22	15.964	3.9362	-2.3667	3.2276	-1.3058	4.7228	0.041	-0.0851	0.3262	0.1689	-0.0705	0.0149	-0.3706	0.2094	0.0295	0.1299	-0.003	0.001	0.0448	-0.0098	0.0679	-3.468	26.375	-10.977
23	2.865	5.0713	-1.5535	19.8904	-3.2298	2.8712	0.0345	-0.0559	-0.0945	0.3275	-0.0907	-0.1426	0.001	-0.0945	0.0561	0.0656	0.0063	0.0428	0.0873	0.001	0.0615	-12	12.203	-5.937
24	4.3553	1.5559	-0.9852	19.2288	3.3185	6.4549	-0.0468	-0.1622	-0.2172	0.4408	0.0203	0.2035	0.5812	-0.4375	0.0265	0.0933	-0.0295	0.0398	0.1429	0.0167	0.1049	-17.715	6.127	-7.393
25	3.6358	6.4126	1.0308	24.326	12.8848	9.7137	0.0828	-0.0263	0.4558	-0.0639	-0.4474	1.0833	-0.1866	-0.4063	0.3646	0.1023	0.1379	0.0266	0.3324	-0.0456	0.2178	-20.908	14.63	-8.23
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27	3.2504	4.4294	0.5076	11.8413	4.9198	3.1594	-0.1083	0.0063	-0.0865	0.1632	-0.0272	0.0913	0.2187	-0.0353	0.1355	0.1682	-0.0998	0.0251	0.1043	0.0614	0.1406	-18.599	-2.348	-18.5
28	3.8318	-1.4059	1.2441	13.8085	-0.6963	10.0967	0.0714	0.005	-0.2218	0.0008	-0.06	0.3303	0.2968	-0.2506	-0.0114	0.0587	-0.0502	0.0307	0.0885	-0.0032	0.0929	-14.29	5.774	-19.036
29	0.7956	1.2248	0.7252	2.4353	0.3628	1.6945	0.0408	-0.0722	0.0437	0.0294	-0.0894	0.058	0.0894	-0.1015	0.0486	0.0596	-0.0202	0.0207	0.0874	-0.0007	0.0938	-11.553	13.023	-22.633
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33	1.4648	-2.7231	1.8833	5.2409	-3.1244	3.2751	0.1568	0.0434	-0.0615	-0.2458	-0.0722	0.1221	0.3046	0.0136	-0.0846	0.0833	-0.0005	-0.0155	0.0637	0.0056	0.0934	-5.854	1.545	-24.999
34	4.9326	-6.0416	3.7691	14.2329	-5.2243	7.3854	-0.0418	0.0543	0.1159	0.1331	-0.015	-0.3235	0.2939	0.2964	0.0568	0.0855	0.0007	-0.0084	0.043	-0.0053	0.062	-0.602	-1.428	-20.207
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37	1.1118	0.9601	-0.6411	1.1154	0.0456	1.6552	0.0241	0.0246	-0.084	-0.0955	0.0015	-0.1241	-0.2126	-0.0714	-0.0256	0.1172	0.0148	0.0307	0.0782	0.0146	0.095	-2.212	23.532	-33.504
38	1.2697	0.4421	-0.34	4.1484	1.05	2.568	0.0153	-0.0098	0.0217	-0.0139	-0.0659	-0.0606	-0.0983	-0.0137	0.0505	0.0518	-0.005	-0.0049	0.0595	0.0062	0.0738	-2.912	18.346	-22.198
39	4.2926	-1.297	5.3774	0.968	-2.1535	7.2267	0.2562	0.1908	-0.1363	-0.2152	-0.1192	-0.0242	0.4515	0.2945	-0.1369	0.0839	0.0256	0.0064	0.0868	-0.0006	0.1203	0.52	11.109	-27.782
40	9.3804	-1.0041	5.1393	1.5534	-2.7355	6.1202	-0.1719	0.2375	0.1317	0.0535	0.0151	-0.0664	-0.1592	0.0806	0.1568	0.1412	-0.0175	-0.0032	0.0801	0.0003	0.0637	-6.713	16.77	-39.207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 11
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	12 - 25
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	26 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	31 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	36 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	44 - 50
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	51 - 61
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	62 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	71 - 77
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	78 - 82
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	83 - 91
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	92 - 97
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	98 - 104
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	105 - 110
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	111 - 116
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	117 - 122
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	123 - 130
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	131 - 138
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	139 - 145
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	-2 - 4
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	5 - 10
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	11 - 18
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	19 - 27
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	28 - 33
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	34 - 39
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	40 - 48
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	49 - 53
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	54 - 58
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	59 - 70
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	71 - 77
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	78 - 83
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	84 - 92
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	93 - 98
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	99 - 108
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	109 - 113
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	114 - 122
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	123 - 130
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	131 - 137
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	138 - 145

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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