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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hzo | ||||||
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タイトル | Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis - the structure solved from the tetragonal crystal form | ||||||
![]() | protein Rv0554, putative Bromoperoxidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Oxidoreductase / Peroxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() bromide peroxidase activity / glycerolipid catabolic process / triacylglycerol lipase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Johnston, J.M. / Baker, E.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis 著者: Johnston, J.M. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32254.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: bpoC, MT0580, Rv0554 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O06420, UniProt: P9WNH1*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-MLA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 % |
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結晶化 | 温度: 291 K 詳細: 95% (0.1 M NaAc pH 4.92, 5% MPD, 10% Ethylene glycol) and 5 % Tascimate pH8.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 21551 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 20.444 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 79.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 27.03 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
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