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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hze | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ycf54 protein from Thermosynechococcus elongatus, Northeast Structural Genomics Consortium Target TeR59 | ||||||
![]() | Ycf54 protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / TeR59 / Q8DIT2_SYNEL | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterised protein family Ycf54 / Ycf54 protein / Ycf54-like superfamily / Ycf54 protein / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / Ycf54 protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target TeR59 著者: Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13674.159 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: BP-1 / 遺伝子: tll1499, ycf54 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.26M NaH2PO4, 0.14M K2HPO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 133729 / Num. obs: 1028186 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 13357 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 52.944 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.171 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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