[日本語] English
万見
- PDB-3hze: Crystal Structure of Ycf54 protein from Thermosynechococcus elong... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hze
タイトルCrystal Structure of Ycf54 protein from Thermosynechococcus elongatus, Northeast Structural Genomics Consortium Target TeR59
要素Ycf54 protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / TeR59 / Q8DIT2_SYNEL
機能・相同性Uncharacterised protein family Ycf54 / Ycf54 protein / Ycf54-like superfamily / Ycf54 protein / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / Ycf54 protein
機能・相同性情報
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target TeR59
著者: Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ycf54 protein
B: Ycf54 protein
C: Ycf54 protein
D: Ycf54 protein
E: Ycf54 protein
F: Ycf54 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1407
ポリマ－82,0456
非ポリマー951
水6,666370
1
A: Ycf54 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6741
ポリマ－13,6741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ycf54 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6741
ポリマ－13,6741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ycf54 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7692
ポリマ－13,6741
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ycf54 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6741
ポリマ－13,6741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Ycf54 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6741
ポリマ－13,6741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Ycf54 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6741
ポリマ－13,6741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.432, 86.075, 123.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Ycf54 protein


分子量: 13674.159 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: tll1499, ycf54 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q8DIT2
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.26M NaH2PO4, 0.14M K2HPO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 133729 / Num. obs: 1028186 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 13357 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / σ(F): 4209 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 5347 4.7 %
Rwork0.207 --
obs-107096 93.8 %
溶媒の処理Bsol: 52.944 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 24.171 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.225 Å20 Å20 Å2
2---3.046 Å20 Å2
3---3.272 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5360 0 5 370 5735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.263
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3512
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.5282.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る