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- PDB-3hyt: Structural Basis of GDP Release and Gating in G Protein Coupled F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hyt
タイトルStructural Basis of GDP Release and Gating in G Protein Coupled Fe2+ Transport
要素Ferrous iron transport protein B
キーワードMETAL TRANSPORT / iron transport / G protein / Cell inner membrane / Cell membrane / GTP-binding / Ion transport / Iron / Membrane / Nucleotide-binding / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion import across plasma membrane / ferrous iron transmembrane transporter activity / DNA damage response / GTP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGO / Fe(2+) transporter FeoB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Maher, M.J. / Jormakka, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of GDP release and gating in G protein coupled Fe(2+) transport.
著者: Guilfoyle, A. / Maher, M.J. / Rapp, M. / Clarke, R. / Harrop, S. / Jormakka, M.
履歴
登録2009年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein B
B: Ferrous iron transport protein B
C: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1759
ポリマ－89,1423
非ポリマー2,0336
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area31840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.000, 46.410, 120.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ferrous iron transport protein B / FeoB


分子量: 29713.939 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: feoB, b3409, JW3372 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33650
#2: 化合物 ChemComp-AGO / 2-amino-9-(5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-3-O-{[2-(methylamino)phenyl]carbonyl}-beta-D-erythro-pentofuranosyl-2-ulose)-1,9-dihydro-6H-purin-6-one


分子量: 653.327 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N7O14P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG, 100mM MgCl2, 1mM mant-GMPPNP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.72→50 Å / % possible obs: 96.7 %
反射 シェル解像度: 2.72→2.82 Å / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0063精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→45.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 33.805 / SU ML: 0.32 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29398 1115 5.1 %RANDOM
Rwork0.22696 ---
obs0.23045 20674 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.272 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→45.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5476 0 129 103 5708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg12.0157771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4945727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.96225.129232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.41315939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4761534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2671.53635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.49325806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.44532059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7984.51962
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.736→2.807 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 46 -
Rwork0.316 1241 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39260.31090.40810.99370.12631.00260.0482-0.1311-0.06020.0974-0.03120.07330.0306-0.1124-0.0170.015-0.00440.0090.01610.00390.01-27.448912.5723-8.9
20.6794-0.06940.40091.2593-0.7080.61020.0360.0051-0.07440.01190.0120.0285-0.0163-0.0076-0.0480.05060.0075-0.00470.0017-0.00270.0166-6.27610.7081-4.2794
31.3496-0.10570.18740.8831-0.43531.79050.060.10460.0573-0.0565-0.0741-0.1042-0.03040.17060.01410.00830.00350.01020.0230.00860.01493.30518.5916-28.1335
41.8593-0.8656-1.89661.0720.66283.5071-0.18360.00450.1621-0.14010.2318-0.15440.1404-0.0043-0.04820.1026-0.08580.00330.0872-0.02260.02920.68214.233-52.1781
52.0580.0522-1.01841.0328-0.0742.376-0.02660.34250.1647-0.06640.08460.1238-0.1462-0.1449-0.0580.0199-0.0008-0.00990.13520.05320.0312-29.122722.8124-44.6201
62.86221.05090.52461.80640.31560.84120.05710.2246-0.10270.10330.00030.1282-0.0383-0.089-0.05730.01030.01120.01060.0979-0.03190.0365-46.34187.4016-34.1086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 171
2X-RAY DIFFRACTION2A172 - 260
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4B172 - 260
5X-RAY DIFFRACTION5C2 - 171
6X-RAY DIFFRACTION6C172 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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