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- PDB-3hyf: Crystal structure of HIV-1 RNase H p15 with engineered E. coli lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hyf
タイトルCrystal structure of HIV-1 RNase H p15 with engineered E. coli loop and active site inhibitor
要素Reverse transcriptase/RNaseH
キーワードHYDROLASE / RNase H / HIV-1 / di-valent metal nucleic acid cleavage mechanism / di-valent metal coordination / Aspartyl protease / DNA integration / DNA recombination / Endonuclease / Multifunctional enzyme / Nuclease / Nucleotidyltransferase / Protease / RNA-directed DNA polymerase / Transferase / Magnesium / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / magnesium ion binding / proteolysis ...DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / magnesium ion binding / proteolysis / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease HI / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / RNase H / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) ...Ribonuclease HI / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / RNase H / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Chem-ON1 / Ribonuclease HI / Reverse transcriptase/RNaseH
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lansdon, E.B. / Kirschberg, T.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: RNase H active site inhibitors of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase: design, biochemical activity, and structural information.
著者: Kirschberg, T.A. / Balakrishnan, M. / Squires, N.H. / Barnes, T. / Brendza, K.M. / Chen, X. / Eisenberg, E.J. / Jin, W. / Kutty, N. / Leavitt, S. / Liclican, A. / Liu, Q. / Liu, X. / Mak, J. ...著者: Kirschberg, T.A. / Balakrishnan, M. / Squires, N.H. / Barnes, T. / Brendza, K.M. / Chen, X. / Eisenberg, E.J. / Jin, W. / Kutty, N. / Leavitt, S. / Liclican, A. / Liu, Q. / Liu, X. / Mak, J. / Perry, J.K. / Wang, M. / Watkins, W.J. / Lansdon, E.B.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/RNaseH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5907
ポリマ－16,9211
非ポリマー6686
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.717, 90.326, 113.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-116-

HOH

21A-606-

HOH

31A-608-

HOH

41A-609-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/RNaseH


分子量: 16921.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: pol, Reverse Transcriptase (amino acids 427-560) / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q72547, UniProt: P0A7Y4, ribonuclease H

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非ポリマー , 5種, 195分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION / RNase HI / Ribonuclease H / RNase H


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ON1 / 2-(3,4-dichlorobenzyl)-5,6-dihydroxypyrimidine-4-carboxylic acid


分子量: 315.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8Cl2N2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.0M MgSO4, 100mM sodium acetate pH 4.6, 5mM manganese chloride, 5mM TCEP, 1.5mM inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月2日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.1 Å / Num. all: 26856 / Num. obs: 26856 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 37.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1019 / % possible all: 76.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
AMoRE位相決定
CNX2005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1HRH

1hrh


解像度: 1.7→29.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 78272.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1050 4.8 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 22030 96.1 %-
all-22881 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.5694 Å2 / ksol: 0.396692 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.19 Å20 Å20 Å2
2---6.18 Å20 Å2
3----2.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1135 0 38 189 1362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.62
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.212.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 168 5 %
Rwork0.247 3192 -
obs--89 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.pprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2on1.paron1.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.parwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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