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- PDB-3hxy: Crystal Structure of catalytic fragment of E. coli AlaRS in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hxy
タイトルCrystal Structure of catalytic fragment of E. coli AlaRS in complex with AMPPCP, Ala-AMP and PCP
要素Alanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / Aminoacyl-tRNA synthetase / Protein biosynthesis / Nucleotide-binding / amino acid-binding / ATP-binding / Metal-binding / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Ser-tRNA(Ala) deacylase activity / peptide lactyltransferase (ATP-dependent) activity / 合成酵素 / alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / DNA-binding transcription repressor activity / tRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription ...Ser-tRNA(Ala) deacylase activity / peptide lactyltransferase (ATP-dependent) activity / 合成酵素 / alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / DNA-binding transcription repressor activity / tRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD ...Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5AL / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID / Alanine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Guo, M. / Yang, X.-L. / Schimmel, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Paradox of mistranslation of serine for alanine caused by AlaRS recognition dilemma.
著者: Guo, M. / Chong, Y.E. / Shapiro, R. / Beebe, K. / Yang, X.L. / Schimmel, P.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月15日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,35310
ポリマ－49,9241
非ポリマー1,4299
水7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.355, 108.745, 118.985
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alanyl-tRNA synthetase / Alanine-tRNA ligase / AlaRS


分子量: 49924.055 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Catalytic fragment residues 2-442 / 変異: H104L, Q108L, E112L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: alaS, lovB, b2697, JW2667 / プラスミド: pET20b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CondonPlus / 参照: UniProt: P00957, alanine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 7種, 404分子

#2: 化合物 ChemComp-5AL / 5'-O-[(R)-{[(2S)-2-aminopropanoyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]adenosine / Alanyl Adenylate / L-アラニン5′-アデニリル


分子量: 418.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N6O8P
#3: 化合物 ChemComp-MDN / METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID / メチレンビスホスホン酸


分子量: 176.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH6O6P2
#4: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / 2,2′-ジチオビスエタノ-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#7: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M Potassium Nitrate, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 27449 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 65.368
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.27-2.35100.085199.9
2.35-2.4510.10.076199.9
2.45-2.5610.20.0691100
2.56-2.6910.30.061100
2.69-2.8610.30.0531100
2.86-3.0810.30.0481100
3.08-3.3910.20.0411100
3.39-3.8810.20.031100
3.88-4.8910.10.0271100
4.89-509.50.021199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→41.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.205 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS LIGANDS 5AL, MDN, ACP OCCUPY THE SAME SITE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22737 1374 5 %RANDOM
Rwork0.18095 ---
obs0.1833 26016 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å20 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3----0.54 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.263 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→41.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3515 0 84 395 3994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0021.9695000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.715444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.82423.526190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96415608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.821533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3640.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022845
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.31904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.52528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.5573
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1360.53
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.531
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.56122238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.66933519
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.81421635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.00831479
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.329 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 105 -
Rwork0.193 1877 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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