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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hxn | ||||||
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タイトル | The structure of human carbonmonoxyhemoglobin complex to IHP at 2.0 angstrons resolution. | ||||||
![]() | (Hemoglobin subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | OXYGEN TRANSPORT / HEMOGLOBIN / INOSITOL HEXAPHOSPHATE / CARBON MONOXIDE. / Disease mutation / Glycation / Glycoprotein / Heme / Iron / Metal-binding / Phosphoprotein / Transport / Hypotensive agent / Pyruvate / S-nitrosylation / Vasoactive | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Colombo, M.F. / Seixas, F.A.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of human carbonmonoxyhemoglobin complex to IHP at 2.0 Angstrons resolution 著者: Seixas, F.A.V. / Colombo, M.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3hhbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BLOOD / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 229分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CMO.gif)
![](data/chem/img/IHP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CMO.gif)
![](data/chem/img/IHP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-CMO / #5: 化合物 | ChemComp-IHP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: CARBONMONOXYHEMOGLOBIN:IHP 1:1, CRYSTALLIZED IN 27% PEG 3350 BUBBLED IN CO- , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月24日 |
放射 | モノクロメーター: Si CRYSTAL WITH ASSIMETRIC CUT. 7.25 ASSIMETRIC ANGLE, CONDENSED MODE. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 32661 / Num. obs: 26293 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.06 Å / Num. unique all: 2073 / Rsym value: 0.166 / % possible all: 88.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3HHB - HEMOGLOBIN (DEOXY) 解像度: 2→10 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: Average Isotropic B Value for Main Chain Atoms.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.783 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.328 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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