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- PDB-3hxk: Crystal Structure of a sugar hydrolase (YeeB) from Lactococcus la... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hxk
タイトルCrystal Structure of a sugar hydrolase (YeeB) from Lactococcus lactis, Northeast Structural Genomics Consortium Target KR108
要素Sugar hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha-beta protein. / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / serine-type peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Sugar hydrolase
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Zhao, L. / Everett, J.K. ...Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a sugar hydrolase (YeeB) from Lactococcus lactis, Northeast Structural Genomics Consortium Target KR108
著者: Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar hydrolase
B: Sugar hydrolase
C: Sugar hydrolase
D: Sugar hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,1014
ポリマ－128,1014
非ポリマー00
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area38280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.391, 150.425, 218.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Sugar hydrolase


分子量: 32025.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
株: Il1403 / 遺伝子: L427, L42784, LL0430, yeeB / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q9CID4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法, under oil / pH: 9.1
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1 M TRIS (pH 9.1), 29% PEG400, and 0.1M (Mg)2SO4. , microbatch, under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 38946 / Num. obs: 36064 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 54.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3883 / Rsym value: 0.211 / % possible all: 74.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2 & XtalView精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnBthen SOLVE/RESOLVE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 350784.812 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 3177 9.7 %RANDOM
Rwork0.256 ---
all0.258 35848 --
obs0.257 32873 91.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.319 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 70.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.28 Å20 Å20 Å2
2---11.63 Å20 Å2
3---25.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8080 0 0 61 8141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 225 8.7 %
Rwork0.344 2374 -
obs-2599 72.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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