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- PDB-3hxa: Crystal Structure of DCoH1Thr51Ser -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hxa
タイトルCrystal Structure of DCoH1Thr51Ser
要素Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
キーワードLYASE / alpha and beta structure / Nucleus / Tetrahydrobiopterin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Phenylalanine metabolism / 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / L-phenylalanine metabolic process / phenylalanine 4-monooxygenase activity / regulation of protein binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / transcription coactivator activity / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding ...Phenylalanine metabolism / 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / L-phenylalanine metabolic process / phenylalanine 4-monooxygenase activity / regulation of protein binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / transcription coactivator activity / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional coactivator/pterin dehydratase / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase superfamily / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rho, H.Y. / Jones, C.N. / Rose, R.B.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of DCoH1Thr51Ser
著者: Rho, H.Y. / Jones, C.N. / Rose, R.B.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of DCoH, a bifunctional, protein-binding transcriptional coactivator
著者: Endrizzi, J.A. / Cronk, J.D. / Wang, W. / Crabtree, G.R. / Alber, T.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Biochemical and structural basis for partially redundant enzymatic and transcriptional functions of DCoH and DCoH2
著者: Rose, R.B. / Pullen, K.E. / Bayle, J.H. / Crabtree, G.R. / Alber, T.
履歴
登録2009年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
B: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
C: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
D: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
E: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
F: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
G: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
H: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,53424
ポリマ－96,0298
非ポリマー1,50516
水9,440524
1
A: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
B: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
C: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
D: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,67511
ポリマ－48,0144
非ポリマー6617
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
2
E: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
F: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
G: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
H: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,85913
ポリマ－48,0144
非ポリマー8459
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.805, 103.805, 193.629
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase / PHS / 4-alpha-hydroxy-tetrahydropterin dehydratase / Phenylalanine hydroxylase-stimulating protein ...PHS / 4-alpha-hydroxy-tetrahydropterin dehydratase / Phenylalanine hydroxylase-stimulating protein / Pterin carbinolamine dehydratase / PCD / Dimerization cofactor of hepatocyte nuclear factor 1-alpha / Dimerization cofactor of HNF1 / DCoH


分子量: 12003.576 Da / 分子数: 8 / 変異: T51S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GST-FUSION / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dcoh, Pcbd, PCBD/DCoH, Pcbd1 / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P61459, 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, Ammonium Sulfate, PEG 200, Glycerol, pH 7.5, Hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→81.54 Å / Num. obs: 111375 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 2.958
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.98.20.9210.8129054156950.92196.6
1.9-2.019.70.571.2146377151410.5798.7
2.01-2.159.70.3282.1138188143150.32899
2.15-2.329.70.2192.9129545134190.21999.6
2.32-2.559.80.1693.7121502124330.16999.8
2.55-2.85100.1254.3112804113100.125100
2.85-3.2910.30.1054.810259099930.105100
3.29-4.0210.60.0995.19030985230.099100
4.02-5.6910.80.0835.57255766880.083100
5.69-81.5410.40.0864.34022338580.086100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.1.9データスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 5521 4.9 %
Rwork0.211 --
obs-111045 98.8 %
溶媒の処理Bsol: 57.222 Å2
原子変位パラメータBiso max: 73.94 Å2 / Biso mean: 32.07 Å2 / Biso min: 11.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.29 Å2-0.342 Å20 Å2
2---2.29 Å20 Å2
3---4.581 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6305 0 88 524 6917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.198
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8762
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8082.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5gol.paramgol.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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