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- PDB-3hx1: Crystal structure of the Slr1951 protein from Synechocystis sp. N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hx1
タイトルCrystal structure of the Slr1951 protein from Synechocystis sp. Northeast Structural Genomics Consortium Target SgR167A
要素Slr1951 protein
キーワードStructural Genomics / Unknown function / P74513_SYNY3 / Slr1951 / Adenylate cyclase-like protein / NESG / SgR167A / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Slr1951 protein from Synechocystis sp.
著者: Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Slr1951 protein
B: Slr1951 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4492
ポリマ－30,4492
非ポリマー00
水82946
1
A: Slr1951 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2251
ポリマ－15,2251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Slr1951 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2251
ポリマ－15,2251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.130, 56.130, 290.868
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細Monomer according to aggregation screening.

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要素

#1: タンパク質 Slr1951 protein


分子量: 15224.563 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-123 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: slr1951 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: P74513
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8
詳細: 40 % PEG 1000, 0.1M potassium phosphate monobasic, 0.1M TrisHCl, pH 8.0, Microbatch under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97931, 0.97907, 0.91162
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979311
20.979071
30.911621
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 17900 / Num. obs: 17793 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1753 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXDE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→37.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 234852.875 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 802 5.1 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs-15877 89.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.346 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.66 Å20 Å20 Å2
2---11.66 Å20 Å2
3---23.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1647 0 0 46 1693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 102 4.9 %
Rwork0.308 1977 -
obs-2079 70 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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